| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1355713 = | 213 (1.120) | 18 (0.110) | 12/138 | NT | 9.9% | intergenic (+3/+51) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1355761 = | 143 (0.870) | intergenic (+51/+3) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
ACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGCATCATCTACA > USA300TCH1516_ALE/1355671‑1355851 | acggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat > 1:2581995‑M1/42‑91 (MQ=255) gTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata < 2:3143352/91‑1 (MQ=255) cggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata > 1:2774919‑M1/41‑91 (MQ=255) cggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata > 1:2774874‑M1/41‑91 (MQ=255) cggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata > 2:1591334‑M1/41‑91 (MQ=255) tATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTatat < 1:1334759/91‑1 (MQ=255) gggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATAtt > 1:2172795‑M1/39‑91 (MQ=255) aTTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATAtt > 1:2803055/1‑91 (MQ=255) ttAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 2:3877177/1‑91 (MQ=255) tAAGGATGCAATCGAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAGTTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAg < 1:3885279/91‑1 (MQ=255) aGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGtt < 2:2194950/91‑1 (MQ=255) aGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGtt < 2:1092502/91‑1 (MQ=255) attaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttttt > 2:271492‑M1/32‑91 (MQ=255) tGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTa > 1:369712/1‑91 (MQ=255) tGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTa < 1:754424/91‑1 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTCTTATATTAGTTTTTAt > 2:2973901/1‑91 (MQ=255) cAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATc < 2:1126664/91‑1 (MQ=255) aaTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATca > 1:1672620/1‑91 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac < 1:2093741/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac < 2:948426/91‑1 (MQ=255) tCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttttt > 2:690559/1‑85 (MQ=255) tCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcaca < 2:1034088/91‑1 (MQ=255) tCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcaca < 2:2775469/91‑1 (MQ=255) ccAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacac < 2:1855186/91‑1 (MQ=255) ccAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacac < 1:378893/91‑1 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca > 1:1925102/1‑91 (MQ=255) cAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcacaca > 1:3752281/1‑91 (MQ=255) cttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACaa > 2:2164020‑M1/23‑91 (MQ=255) agagAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACaa < 1:887859/91‑1 (MQ=255) aaCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttt > 2:1928921/1‑91 (MQ=255) aaCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttt > 1:960836/1‑91 (MQ=255) aaCAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTATATATCACACAAGatt > 2:3320510/1‑91 (MQ=255) cAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttttt > 1:3325895/1‑91 (MQ=255) cAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGttttt < 1:1002114/91‑1 (MQ=255) aataaataATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGtttttt < 2:37175/91‑1 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt > 1:1538542/1‑91 (MQ=255) aaataaTTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAAt < 1:715566/91‑1 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg > 2:3667643/1‑91 (MQ=255) aataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATg > 2:2699148/1‑91 (MQ=255) ataatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTCTTTATCACACAAGTTTTTTAATGc < 1:2134193/91‑1 (MQ=255) taatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCATTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCa < 1:312032/91‑1 (MQ=255) aatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCaa < 2:2786192/91‑1 (MQ=255) aatTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCaa < 1:579570/91‑1 (MQ=255) atTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACTAGTTTTTTAATGCAAc < 1:3588637/91‑1 (MQ=255) atTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAc > 1:1320111/1‑91 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:1069698/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAAcc < 1:188387/91‑1 (MQ=255) aGAAAAAGCAAGTCAGAACGCAGTTGAACACATGTGTTACGAATTGCTTTAATATTAGTTGTTATCACACAAGTTTTGTAATGCAACCCCg < 2:2826074/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGt > 1:923415/1‑91 (MQ=255) ataaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGt > 1:2584088‑M2/51‑91 (MQ=255) ataaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTAT‑‑CACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGa > 2:3399616‑M2/51‑91 (MQ=255) taaaagcaattcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTg > 2:1698751‑M2/50‑91 (MQ=255) tAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTg > 2:1316006‑M1/2‑91 (MQ=255) AAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGAt < 1:1603398‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa > 2:3365770‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATa < 2:798061‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg < 2:232447‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 2:571211‑M1/1‑91 (MQ=255) AGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAg > 1:759970‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 2:1464841‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGc > 1:2697368‑M1/1‑91 (MQ=255) CAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCTACCCCGTGATAGCa < 2:132038‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCa < 2:885692‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaa > 1:3274880‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaa < 1:1255327‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaa > 2:181435‑M1/1‑91 (MQ=255) AATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaa > 1:2216169‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaaa > 2:2506910‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaaa < 1:3260000‑M1/91‑1 (MQ=255) ATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaaa < 2:21681‑M1/91‑1 (MQ=255) TTCTTAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCGGTGATAGCaaaa > 1:3001461‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCTGTGATAGCaaaa > 1:3001011‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCaaaa < 1:653132‑M1/91‑1 (MQ=255) tcgtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAAc > 2:2103982‑M2/40‑91 (MQ=255) TCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAgcaaacc < 2:2726828‑M1/91‑3 (MQ=255) TCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCGTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAAc > 2:2898526‑M1/1‑91 (MQ=255) gtaacacatgtattcaactgcgttatgaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTc > 1:1837510‑M2/38‑91 (MQ=255) aTAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTc < 2:3169218/91‑1 (MQ=255) 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aTGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAg < 1:1695735/91‑1 (MQ=255) tgtgTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGc > 1:943526/1‑91 (MQ=255) tgtgTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGc < 1:597246/91‑1 (MQ=255) ttACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCATGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCtttt > 2:3830547/1‑91 (MQ=255) gaattgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAg < 2:1320111‑M2/80‑1 (MQ=255) ttgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGcat < 1:3435802‑M2/83‑1 (MQ=255) ttgcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGcat > 2:243206‑M2/9‑91 (MQ=255) gcttttATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGATAGCAAAACTCATATGTAGATAATACAGCTTTTTCAGcatca > 2:3246880‑M2/7‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |