New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1366496 | 163 (0.860) | 12 (0.070) | 7/152 | NT | 6.8% | intergenic (+72/‑85) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1366530 | 175 (0.970) | intergenic (+106/‑51) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
AAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1366407‑1366586 | aaaaaaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACt < 1:3247235/91‑1 (MQ=255) ataaaTCAAGTTGTTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTg < 2:1685533/89‑1 (MQ=255) aaaaaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTg > 2:2381026/1‑91 (MQ=255) aaTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAAt > 2:1072915/1‑91 (MQ=255) aTCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATg < 1:852374/91‑1 (MQ=255) tCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGt < 2:1414239/91‑1 (MQ=255) cAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtt < 2:376315/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGttt < 2:2583959/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtttt > 2:2466763/1‑91 (MQ=255) aGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGtttt > 1:2315997/1‑91 (MQ=255) gTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtc > 1:3761880/1‑91 (MQ=255) gTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtc > 1:1470559/1‑91 (MQ=255) gTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtc > 1:196671/1‑91 (MQ=255) tGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTtctc < 1:3782612/91‑1 (MQ=255) 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tttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGa > 2:506152/1‑91 (MQ=255) tttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGa < 2:2338567/91‑1 (MQ=255) ttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaa > 2:1819348/1‑91 (MQ=255) ttCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaa > 1:1406361/1‑91 (MQ=255) tCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaaa < 1:1849497/91‑1 (MQ=255) tCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaaa > 2:725369/1‑91 (MQ=255) tCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGaaa < 2:2777477/91‑1 (MQ=255) cGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAAc < 2:2298588/91‑1 (MQ=255) cGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAAc < 1:2541715/91‑1 (MQ=255) cGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAAc > 2:2060983/1‑91 (MQ=255) cGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAAc > 2:3451852/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGCTCATTTACAATATCAATCAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGTATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACAtt < 2:3370495/91‑1 (MQ=255) cTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACtgaatgtttccttattaatatgagaaaacattc < 2:2873476‑M1/91‑34 (MQ=255) cTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTc < 1:3270836/91‑1 (MQ=255) ttAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACtgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcag < 1:1298338‑M1/91‑36 (MQ=255) tAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagt < 1:2240894‑M1/91‑37 (MQ=255) tAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgt > 1:263604‑M2/1‑89 (MQ=255) tAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgt > 1:2280141‑M2/1‑89 (MQ=255) aGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagtt < 2:3173908‑M1/91‑38 (MQ=255) aGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgtt > 1:3477472‑M2/1‑88 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAGACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:3183430‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACcgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagttt < 1:908794‑M1/91‑39 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt < 2:152761‑M2/91‑5 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt < 2:1611982‑M2/91‑5 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:2873916‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:2297301‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:3638061‑M2/1‑87 (MQ=255) cccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGtttt > 1:801374/1‑91 (MQ=255) cccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGtttt < 1:2340072/91‑1 (MQ=255) cccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGtttt < 1:2908796/91‑1 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGttttt < 1:1668242/91‑1 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGttttt < 1:2430861/91‑1 (MQ=255) aTTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTaa < 2:3876476/91‑1 (MQ=255) ttACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAAtt < 2:1549307/91‑1 (MQ=255) aCAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTg < 2:2896585/91‑1 (MQ=255) aCAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTg > 1:857581/1‑91 (MQ=255) aCAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTg < 1:2484166/91‑1 (MQ=255) cAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGc < 2:2680749/91‑1 (MQ=255) tatCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAtt < 1:3590218/91‑1 (MQ=255) tatCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAtt < 1:1611982/91‑1 (MQ=255) atCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCAttt > 1:1265151/1‑91 (MQ=255) cAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTaa < 1:2047351/91‑1 (MQ=255) aaaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑t < 1:3485088/91‑1 (MQ=255) aaaCAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAaa‑ta < 2:2055504/91‑1 (MQ=255) aCAATGTACAGTATATACGAATGAAATAAACTGAATGTTTTCTGATATTAATAACGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAGAaa‑taat < 2:3615515/91‑1 (MQ=255) aaTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTa > 1:570334/1‑91 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAg < 2:121907/91‑1 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAg < 1:1702523/91‑1 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAg > 1:1448914/1‑91 (MQ=255) tGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGt < 2:3408226/91‑1 (MQ=255) aCAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGtttt > 1:3157132/1‑91 (MQ=255) aCAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGtttt > 1:1078399/1‑91 (MQ=255) aGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAACTAATTA‑TTTTTa < 2:3009662/91‑1 (MQ=255) aGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTa < 1:2060983/91‑1 (MQ=255) tatataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAACTAATTA‑TTTTTaaa < 2:2670780/91‑1 (MQ=255) taCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAgggg < 1:1819348/91‑1 (MQ=255) 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aaCTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGa < 2:559936/91‑1 (MQ=255) aaCTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGa > 2:2160765/1‑91 (MQ=255) aCTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAATAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGaa < 1:722101/91‑1 (MQ=255) aCTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGaa < 1:3348812/91‑1 (MQ=255) ccgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagtttatagcattcgtatatactgtacattgttttattgatattgtaaatgggctaa > 2:3063112‑M1/1‑1 (MQ=255) ccgaatgtttccttattaatatgagaaaacattcagtttatagcattcgtatatactgtacattgttttattgatattgtaaatgggctaa < 2:1325041‑M1/91‑91 (MQ=255) | AAAAAATCAAGTTGGTAAAATCAAATTTCGTACTTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAA‑TAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAAA > USA300TCH1516_ALE/1366407‑1366586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |