New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1366496 | 163 (0.860) | 12 (0.070) | 7/152 | NT | 6.8% | intergenic (+72/‑85) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1366530 | 175 (0.970) | intergenic (+106/‑51) | rpsN2/guaC | Alternate 30S ribosomal protein S14/GMP reductase |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TTTAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGCTATTTAAAGTGAAAATATTTGATTACGAAGATATTCAATTAATACCTA > USA300TCH1516_ALE/1366440‑1366620 | ttAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGg < 2:1325041‑M2/91‑2 (MQ=255) tAGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgt > 1:2280703‑M2/1‑89 (MQ=255) aGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgtt > 1:3477512‑M2/1‑88 (MQ=255) aGCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgtt > 2:1083858‑M2/1‑88 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAGACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:3183430‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:2297301‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt < 2:1611982‑M2/91‑5 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:2297715‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:2873916‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 1:281223‑M2/1‑87 (MQ=255) gCCCATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGgttt > 2:3638061‑M2/1‑87 (MQ=255) cccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGtttt > 1:801374/1‑91 (MQ=255) ccATTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGttttt < 1:2430861/91‑1 (MQ=255) aTTTACAATATCAATAAAACAATGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTaa < 2:3876476/91‑1 (MQ=255) 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aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg < 2:2908280/91‑1 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg > 1:1448914/1‑91 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg < 2:121982/91‑1 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg > 2:2231180/1‑91 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg > 1:1630460/1‑91 (MQ=255) aTGTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAg < 1:1702489/91‑1 (MQ=255) gTACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGtt > 1:1471788/1‑91 (MQ=255) tACAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGttt < 2:632304/91‑1 (MQ=255) aCAGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGtttt > 1:3157132/1‑91 (MQ=255) aGTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTa > 2:872900/1‑91 (MQ=255) gTATATACGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTaa > 2:154031/1‑91 (MQ=255) atataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAg < 1:2461441/91‑1 (MQ=255) atataCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAg < 2:3155905/91‑1 (MQ=255) aCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGc > 1:2343783/1‑91 (MQ=255) aCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGc < 1:1168475/91‑1 (MQ=255) aCGAATGCTATAAACTGAATGTTTTCTCATATTAATAAGGAAACATTCGGTTTTTAATTTGCATTTAAAAATAATTAGTTTTTAAAGGGGc < 2:1950636/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |