| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 170 (0.890) | 26 (0.170) | 14/132 | NT | 14.1% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 176 (1.120) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 | gTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAA < 1:2234273‑M1/91‑1 (MQ=255) cGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATg < 1:2652123/91‑1 (MQ=255) aTACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGaa > 2:3853974/1‑90 (MQ=255) tACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATAACt > 1:3486610/1‑91 (MQ=255) aCAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACta > 2:815913/1‑91 (MQ=255) cAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAGATACCAATGACtat < 2:1769085/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACtat < 2:3130514/91‑1 (MQ=255) aaTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGGTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACtata < 2:3815351/91‑1 (MQ=255) aTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTatat > 2:3324990/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtg < 1:1127923/91‑1 (MQ=255) gTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtt > 2:2477589/1‑91 (MQ=255) gTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtt > 2:1362954/1‑91 (MQ=255) tttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAAcaaacatatagtc < 1:1848085‑M1/91‑14 (MQ=255) ttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtttg > 2:1989539/1‑91 (MQ=255) 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tGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAAt < 2:3806009/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt < 1:2987001/91‑1 (MQ=255) atatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGt > 1:401762/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt > 1:1870699/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 2:462904/1‑91 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 2:541653/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATAACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt > 2:3293732/1‑91 (MQ=255) gaaagTAAT‑AAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGtt > 2:97537/1‑91 (MQ=255) aaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGtt < 1:2895227/91‑1 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattact < 1:2749555‑M1/91‑53 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa > 1:2252900/1‑91 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa > 2:1878414/1‑91 (MQ=255) attaatacAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTAGATGGTATTTTTAATGCTGCTTATAACGCAGCGCAGTTAc > 2:1104763/3‑91 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTCTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 2:3405821/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACa < 2:2848078/91‑1 (MQ=255) aataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAtt > 1:300494/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttataacttattcaactattttattactttctt < 2:949823‑M2/91‑44 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:1231526/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAAAACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt < 2:3498082/91‑1 (MQ=255) taaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTa < 2:2717698/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt < 1:2575054/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 2:1433841/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 1:1031422/1‑91 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATg < 2:2649964/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGa < 1:1251517/91‑1 (MQ=255) gTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTAt < 2:2061821/91‑1 (MQ=255) tGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCa < 2:1066600/91‑1 (MQ=255) gAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAg < 2:2739503/91‑1 (MQ=255) aaTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 2:2429303/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 2:2807878/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 2:84881/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca > 2:3529855/1‑91 (MQ=255) 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caacaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccata < 1:3175987‑M1/91‑89 (MQ=255) aaTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt > 2:414809/1‑91 (MQ=255) aaTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt > 1:774848/1‑91 (MQ=255) aaTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt > 1:3565212/1‑91 (MQ=255) aTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAttt > 1:1480169/1‑91 (MQ=255) aTGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAttt > 1:674693/1‑91 (MQ=255) | GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |