| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 170 (0.890) | 26 (0.170) | 14/132 | NT | 14.1% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 176 (1.120) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAG > USA300TCH1516_ALE/1394861‑1395041 | ttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtttg > 1:687584/1‑91 (MQ=255)ttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtttg < 1:803414/91‑1 (MQ=255)ttCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAtgtttg < 2:2745241/91‑1 (MQ=255) tATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttg < 2:211170‑M2/91‑4 (MQ=255) tATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttg < 1:1685145‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 1:301491‑M2/1‑87 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 1:223089‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATg > 2:504516/1‑91 (MQ=255) tAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATgg > 1:1147813/1‑91 (MQ=255) tAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTCTTGGTATTTTTTATgg > 2:3711830/1‑91 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCt < 2:2555363/91‑1 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt > 1:2000621/1‑91 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt > 1:2488720/1‑91 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt > 1:2198477/1‑91 (MQ=255) atatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtat < 1:2957718/91‑1 (MQ=255) tatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtata > 2:3817660/1‑91 (MQ=255) atGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATaa < 1:2255760/91‑1 (MQ=255) tGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAAt < 2:3806009/91‑1 (MQ=255) tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt > 1:1870699/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 1:852623/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 2:462490/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 2:11110/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAGTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt > 1:2994535/1‑91 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATAACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt > 2:3293732/1‑91 (MQ=255) aaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGtt < 1:2895227/91‑1 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttattacttattcaactattttattactt < 1:2749555‑M2/91‑40 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 2:2289601/1‑91 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTCTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 2:3405821/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCTATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACa < 2:2847350/91‑1 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttataacttattcaactattttattactttctt < 2:950227‑M2/91‑44 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 1:1334103/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:1231526/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAAAACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt < 2:3498082/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt < 2:1781946/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 2:1433841/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt < 1:2575043/91‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATAGGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt < 1:1781696/91‑1 (MQ=255) aaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 1:1031422/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGa < 2:1403825/91‑1 (MQ=255) aTAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAt < 1:470072/91‑1 (MQ=255) aGTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTa < 1:2359571/91‑1 (MQ=255) gTTGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTAt < 2:2061821/91‑1 (MQ=255) ttGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATc > 1:327136/1‑91 (MQ=255) tGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCa > 1:3501225/1‑91 (MQ=255) tGAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCa < 2:1066600/91‑1 (MQ=255) gAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAg > 1:3187144/1‑91 (MQ=255) gAATAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTAGGCAGTTACATTTATGATTATCAg < 2:833978/91‑1 (MQ=255) aaTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 2:2807878/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 2:84881/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca > 1:1472033/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca > 2:3529855/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca > 2:1080758/1‑91 (MQ=255) aGTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACAt > 1:3584441/1‑91 (MQ=255) gTAAT‑AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacct < 1:3729702‑M2/91‑61 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |