| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1404080 | 172 (0.900) | 15 (0.090) | 9/148 | NT | 9.3% | intergenic (+218/‑274) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1404111 | 132 (0.750) | intergenic (+249/‑243) | ysdC_1/trpE | Putative aminopeptidase YsdC/Anthranilate synthase component 1 | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1403990‑1404171 | attaatctcggtgttagttcacatcatccactaactttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagacaccac > 1:1999842‑M1/86‑91 (MQ=255)attaatatcggtgttagttcacatcatccactaactttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagacaccac < 1:3021522‑M1/6‑1 (MQ=255) aGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTCAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACg > 2:2626350/1‑91 (MQ=255) cACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGt < 1:633681/91‑1 (MQ=255) aCGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTa < 2:596427/91‑1 (MQ=255) aCGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTa < 2:2302521/91‑1 (MQ=255) aCGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTa > 1:3661536/1‑91 (MQ=255) gagatatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACATTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGGGGCACCACGGTAAc < 2:2709467/88‑1 (MQ=255) ccATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAAcg < 2:1055801/91‑1 (MQ=255) cATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAAcgc < 1:451240/91‑1 (MQ=255) atatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAAcgcg < 2:1406679/91‑1 (MQ=255) atatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAAcgcg < 1:3863280/91‑1 (MQ=255) atatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAAcgcg < 1:3535772/91‑1 (MQ=255) tatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGt < 2:3425605/91‑1 (MQ=255) tatCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGt > 1:2126959/1‑91 (MQ=255) atCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTc < 1:527231/91‑1 (MQ=255) cTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCt < 1:1221934/91‑1 (MQ=255) tgtgAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAGAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTa < 2:2265452/91‑1 (MQ=255) tgtgAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTa < 1:2198471/91‑1 (MQ=255) tgAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACa > 2:1293859/1‑91 (MQ=255) aaTTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAgg < 2:1145866/91‑1 (MQ=255) atcatccactatctttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaagagaCACCACA‑TAACGCGTCCTTACAGGtata > 2:2969858‑M1/64‑91 (MQ=255) tcatccactaactttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACA‑TAACGCGTCCTTACAGGTatat > 2:3743066‑M1/63‑91 (MQ=255) tcatccactaactttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACA‑TAACGCGTCCTTACAGGTatat > 2:525286‑M1/63‑91 (MQ=255) ggACTTTGGAAATCAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGtata > 1:2973132/1‑91 (MQ=255) ggACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGtata > 1:2799675/1‑91 (MQ=255) gACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTatat < 2:421323/91‑1 (MQ=255) gACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTatat < 1:1653436/91‑1 (MQ=255) atccactaactttctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACA‑TAACGCGTCCTTACAGGTATATGc > 1:854062‑M1/61‑91 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg < 2:2072713/91‑1 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg < 1:1376537/91‑1 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg < 1:489964/91‑1 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg > 1:1117969/1‑91 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg < 2:3636937/91‑1 (MQ=255) aCTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATg < 1:3391233/91‑1 (MQ=255) tttGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACataacgcatatacctgtaaggacgcgt < 1:1032847‑M1/91‑28 (MQ=255) ttGTAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATACGCGt < 1:3057281/91‑1 (MQ=255) tGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTACATGCGtt > 1:1943116/1‑91 (MQ=255) tGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTAAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTGTATGCGtt > 2:3375444/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACataacgcatatacctgtaaggacgcgttac < 1:769410‑M1/91‑31 (MQ=255) ggAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTa > 1:2450897/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTa > 1:2727480/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGACACCACataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccg < 2:2418884‑M1/91‑33 (MQ=255) aaaaCAAGTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATg > 2:3256015‑M2/1‑90 (MQ=255) aaCAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACGAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtg > 1:3869346‑M2/1‑88 (MQ=255) aCAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtgg < 2:2427870‑M2/91‑5 (MQ=255) aCAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtgg < 2:1772539‑M2/91‑5 (MQ=255) tctgttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtggtg > 2:2110911‑M1/49‑91 (MQ=255) aaTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtggtg > 2:2815141‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtggtg > 2:3697961‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGgtgt < 2:440918/91‑1 (MQ=255) aTTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGACACCACataacgcatatacctgtaaggaggcgttaccgtggtgc < 1:3304603‑M1/91‑39 (MQ=255) ttGAATGAGTTTTGAAAGTGAGCATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTAt < 1:3117224/83‑1 (MQ=255) ttGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTAt > 2:3117224/1‑83 (MQ=255) ttgctacctttaattaactactacattttgtctaaataaaaagaCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtt > 1:958010‑M1/45‑91 (MQ=255) gAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTCACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtt > 2:3883890/1‑91 (MQ=255) aTGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCtttt > 1:1266498/1‑91 (MQ=255) tGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCttttt < 1:284094/91‑1 (MQ=255) aGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttat > 2:3696414/1‑91 (MQ=255) gTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttatt > 2:3021522/1‑91 (MQ=255) gTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTtttatt > 2:1877202/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCCTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAg < 1:3364978/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGa > 2:476862/1‑91 (MQ=255) aaGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaa < 1:3428379/91‑1 (MQ=255) aaGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaa < 2:1603905/91‑1 (MQ=255) gTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaaaa > 1:823429/1‑91 (MQ=255) gTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACaaaa < 1:3562558/91‑1 (MQ=255) tGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAAt > 1:3810823/1‑91 (MQ=255) aaCATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATgt < 2:2135627/91‑1 (MQ=255) gAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGtagtag < 2:1111678/91‑1 (MQ=255) aaTTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTagtagt < 1:1293859/91‑1 (MQ=255) aTTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGtt < 1:295652/91‑1 (MQ=255) tATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtggtgccaccttagttaacatcattcatgttcactt < 2:714406‑M2/91‑38 (MQ=255) tGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGttaatt < 2:1444483/91‑1 (MQ=255) tAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTaaa > 1:2356913/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGt > 1:2238088/1‑91 (MQ=255) cTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGt < 2:3548240/91‑1 (MQ=255) tAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTa < 1:1852218/91‑1 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc < 1:1456425/91‑1 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc > 1:2160739/1‑91 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc > 1:2603716/1‑91 (MQ=255) aGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGc < 1:2476603/91‑1 (MQ=255) tGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAAc < 1:1010762/91‑1 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATgtggtgtcaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaat < 2:1398595‑M2/91‑54 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAg < 2:1789068/91‑1 (MQ=255) gCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGGAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAg > 1:3501610/1‑91 (MQ=255) caccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaatt > 1:189318‑M1/1‑6 (MQ=255) caccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaatt > 2:1830061‑M1/1‑6 (MQ=255) CACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGa > 2:1708074‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGaa < 1:1810420‑M1/91‑1 (MQ=255) ccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaattgt > 1:2394850‑M1/1‑4 (MQ=255) ccacataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaattgt < 2:1772516‑M1/91‑88 (MQ=255) CACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAg > 1:2626662‑M1/1‑91 (MQ=255) acataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaattgttt < 1:1191225‑M1/91‑90 (MQ=255) ACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGt > 1:573141‑M1/1‑91 (MQ=255) cataacgcatatacctgtaaggacgcgttaccgtggtgccaccttagttaacataattcatgttcactttcaaaactcattcaattgtttt > 2:3255286‑M1/1‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGACAGtt < 2:1922665‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGtt > 2:224873‑M1/1‑91 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGtt < 2:800048‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTG‑TGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTa < 2:675307‑M1/91‑1 (MQ=255) | TAGCACGCCATATCTTGTGAATTGGACTTTGGAAAACAATTGAATGAGTTTTGAAAGTGAACATGAATTATGTTAACTAAGGTGGCACCACGGTAACGCGTCCTTACAGGTATATGCGTTATGTGGTGTCTTTTTATTTAGACAAAATGTAGTAGTTAATTAAAGGTAGCAACAGAAAGTTA > USA300TCH1516_ALE/1403990‑1404171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |