| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1507967 = | 183 (0.960) | 25 (0.160) | 15/128 | NT | 17.2% | intergenic (‑392/+83) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1508010 = | 95 (0.630) | intergenic (‑435/+40) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GAAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1507877‑1508057 | cgaacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataa > 2:715693‑M1/90‑91 (MQ=255) gaacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaa < 1:2280585‑M1/3‑1 (MQ=255) gaacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaa > 2:3395234‑M1/89‑91 (MQ=255) aaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaaa > 1:3522418/1‑91 (MQ=255) aacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaaa < 1:3781229‑M1/4‑1 (MQ=255) aacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaaa > 1:186925‑M1/88‑91 (MQ=255) tataATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaaaaa > 2:816781/1‑91 (MQ=255) ataATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAg > 2:1228361/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:2413478/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:3135263/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:1595316/1‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa > 2:1019936/1‑91 (MQ=255) atgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGa < 1:1637503‑M1/7‑1 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc > 2:3817878‑M1/84‑91 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc > 1:2743700‑M1/84‑91 (MQ=255) gaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACt > 2:1851269‑M1/83‑91 (MQ=255) gaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACt > 1:2388830‑M1/83‑91 (MQ=255) ttCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGGCATATCCAAATACGCAAAAAGACTa > 1:3602983/1‑91 (MQ=255) ttCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTa > 1:1298266/1‑91 (MQ=255) tCTTTATACTCTATTTATTAATCAAATATATATCTATCAAAATTCGACTTATTTATTCACTCTCACATATCCAAATACACAAAAAAACTAt < 2:359355/91‑1 (MQ=255) attacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAt > 2:596762‑M1/81‑91 (MQ=255) ttacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAtt > 2:3304624‑M1/80‑91 (MQ=255) acatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTc < 1:3735572‑M1/14‑1 (MQ=255) tataCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGTCTATTTCt < 1:1202436/91‑1 (MQ=255) tataCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCt < 2:2767441/91‑1 (MQ=255) tataCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCt < 2:2063851/91‑1 (MQ=255) atgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTa < 2:262314‑M1/16‑1 (MQ=255) atgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTa > 1:2036688‑M1/76‑91 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc > 2:1556148/1‑91 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc < 1:3418315/91‑1 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc < 2:1865489/91‑1 (MQ=255) ctctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCt < 1:258505/91‑1 (MQ=255) ctctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCt < 1:3580667/91‑1 (MQ=255) tctATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTatcga < 2:499932/91‑5 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt < 1:3816852/91‑1 (MQ=255) ttGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTAt > 2:2517694/1‑91 (MQ=255) tGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATc > 1:131865/1‑91 (MQ=255) ttAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGAt < 2:972546/91‑1 (MQ=255) tAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATa > 2:2333514/1‑91 (MQ=255) tAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATa > 1:509851/1‑91 (MQ=255) tatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAg > 1:1008606‑M1/62‑91 (MQ=255) tatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAg > 1:2221617‑M1/62‑91 (MQ=255) aTCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGa > 1:1246760/1‑91 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 1:3460486/91‑1 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa > 2:2154271/1‑91 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 1:2451581/91‑1 (MQ=255) 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atcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTc > 2:1967121‑M1/54‑91 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTc > 1:2552949/1‑91 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTc < 1:482334/91‑1 (MQ=255) tcccatttttaaaaaggataagattttatgagaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATATCTAGCTTGTATCGAGAGAAATAGTCt > 2:1089055‑M1/53‑91 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAATAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCt > 2:3061522/1‑91 (MQ=255) ccccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAGAAGACTATTTCTACCTTGGATCGATAGAAATAATCt > 2:3442692‑M1/53‑91 (MQ=255) tatctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttt > 2:2267838/1‑91 (MQ=255) atctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCtttt < 2:3521190/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |