| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1525192 = | 179 (0.940) | 11 (0.070) | 7/138 | NT | 6.8% | intergenic (‑265/+57) | asnS/dinG_1 | Asparagine‑‑tRNA ligase/putative ATP‑dependent helicase DinG |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1525239 = | 149 (0.910) | intergenic (‑312/+10) | asnS/dinG_1 | Asparagine‑‑tRNA ligase/putative ATP‑dependent helicase DinG | |||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAAT > USA300TCH1516_ALE/1525102‑1525282 | ttgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaatttattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagta < 1:3079642‑M1/1‑1 (MQ=255)taataaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACcaaacaa > 2:823033/1‑91 (MQ=255)taataaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACcaaacaa > 2:1826410/1‑91 (MQ=255) tgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaa < 2:1894167‑M1/2‑1 (MQ=255) tgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaa < 2:2815575‑M1/2‑1 (MQ=255) tgaaaattatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaa < 2:3007224‑M1/2‑1 (MQ=255) aataaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACcagacaaa > 2:3140971/1‑91 (MQ=255) taaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACaaaaa < 1:1021333/91‑1 (MQ=255) taaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACaaaaa < 2:1452788/91‑1 (MQ=255) taaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACaaaaa > 1:1616921/1‑91 (MQ=255) aaaagtatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtaaaa > 2:3150515‑M1/88‑91 (MQ=255) aaGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAAtt > 1:1559177/1‑91 (MQ=255) ttatcgtcagaaaaaaggcgacattcaacagtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCt < 2:2577743‑M1/8‑1 (MQ=255) ccTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCtt < 1:2530084/91‑1 (MQ=255) 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tattaGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGaa > 1:2009757/1‑91 (MQ=255) tattaGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGaa > 1:1723374/1‑91 (MQ=255) attaGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAAc < 2:1035015/91‑1 (MQ=255) taGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACAt > 1:768701/1‑91 (MQ=255) taGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACAt > 1:3462173/1‑91 (MQ=255) taGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACAt < 1:2154607/91‑1 (MQ=255) aGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATa < 2:663210/91‑1 (MQ=255) aGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATa < 1:2770970/91‑1 (MQ=255) aGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATa > 2:2293657/1‑91 (MQ=255) aGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATa > 1:3867410/1‑91 (MQ=255) gTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAg > 2:1607933/1‑91 (MQ=255) tATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGc < 2:3872998/91‑1 (MQ=255) tGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAATATAGcac > 2:3456138/1‑91 (MQ=255) aaGGTCGTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCAcat > 2:3294550/1‑91 (MQ=255) aaGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAACATTCTTGTAACAGAACATAGCAcat > 1:3618292/1‑91 (MQ=255) aGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCAcatg > 2:2974496/1‑91 (MQ=255) 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agtttggaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACAtgtcatgtca > 1:961786‑M1/55‑91 (MQ=255) tttGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTcac > 1:1740479/1‑91 (MQ=255) ttGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTcaca < 2:92260/91‑1 (MQ=255) ttggaaaattattaagacaaattaaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACaa > 2:1416132‑M1/52‑91 (MQ=255) gtgCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAg < 2:2428973/91‑1 (MQ=255) gaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGaa > 1:1476210‑M1/49‑91 (MQ=255) gaaaattattaagacaaattcaaaaaaagaaaaagtgaaatacaaagtAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGaa > 1:2040789‑M1/49‑91 (MQ=255) gCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGaa < 2:2483586/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |