| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660749 = | 221 (1.160) | 12 (0.070) | 11/142 | NT | 6.2% | coding (560/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1660775 = | 166 (0.980) | coding (534/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TGTTCAAAACTAAAATGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAATATTATTGTGTATGTTGCCGGTG > USA300TCH1516_ALE/1660659‑1660839 | ttagataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaa < 1:1186122‑M1/1‑1 (MQ=255)ttagataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaa > 2:1040177‑M1/91‑91 (MQ=255)tGTTCAAAACTAAAATGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCta > 1:583140/1‑91 (MQ=255)tGTTCAAAACTAAAATGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCta > 1:63904/1‑91 (MQ=255) tagataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaa > 1:1067079‑M1/90‑91 (MQ=255) tagataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaa > 1:3725214‑M1/90‑91 (MQ=255) tagataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaa > 1:1970491‑M1/90‑91 (MQ=255) agataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaat > 2:2327859‑M1/89‑91 (MQ=255) agataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaat > 2:2646006‑M1/89‑91 (MQ=255) tCAAAACTAAAATGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCtaata < 2:3538845/91‑1 (MQ=255) gataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaata < 2:2146131‑M1/4‑1 (MQ=255) gataaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaata > 2:1696898‑M1/88‑91 (MQ=255) taaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaataat > 2:2254128‑M1/86‑91 (MQ=255) taaatatatgcagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaataat < 1:695213‑M1/6‑1 (MQ=255) 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aaaaTGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACa > 2:3770684/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACa > 1:1312846/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACa > 1:3672157/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATc < 1:2000457/91‑1 (MQ=255) aTGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATcc > 2:505615/1‑91 (MQ=255) tGTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCg > 1:2164524/1‑91 (MQ=255) cagaaattttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaAATAATTTTACATCCg > 2:3260049‑M1/76‑91 (MQ=255) gTAAAAACATCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAATCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGa < 2:3380643/91‑1 (MQ=255) 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aaCAGCGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAat > 1:175400/1‑91 (MQ=255) ttcaccggcaacatacacaataatatttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaAATAATTTTACATCCGAAAAatta > 1:3297481‑M1/68‑91 (MQ=255) gATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTa < 1:2830470/91‑1 (MQ=255) gATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAACTATTTa > 2:1130872/1‑91 (MQ=255) tGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTaaa < 2:2298379/91‑1 (MQ=255) tGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTaaa > 2:1736564/1‑91 (MQ=255) tAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAata > 2:3465542/1‑91 (MQ=255) aaCAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTATCCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAatat < 1:3084064/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |