New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660749 = | 221 (1.160) | 12 (0.070) | 11/142 | NT | 6.2% | coding (560/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
? | USA300TCH1516_ALE | 1660775 = | 166 (0.980) | coding (534/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAATATTATTGTGTATGTTGCCGGTGAAAATTTCTGCATATATTTATCTAAA > USA300TCH1516_ALE/1660685‑1660865 | cGATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTAttt > 1:1721853/1‑91 (MQ=255) gATGTAATAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTa < 1:1933826/91‑1 (MQ=255) gATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTa < 1:2830470/91‑1 (MQ=255) gATGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTa > 1:2146131/1‑91 (MQ=255) tGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTaaa < 2:2298379/91‑1 (MQ=255) tGTAACAATTCGATACCATTCACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTaaa > 2:1736564/1‑91 (MQ=255) 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ttCACCATTTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTTATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAAc < 2:2829487/91‑1 (MQ=255) atttgtaaatgtcttaatatggttatgtatgattttatatttaaataattttacatccgaaaaattattTAAATATAAAATCATACATAAc < 2:3693531‑M2/22‑1 (MQ=255) cACCATGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCa < 2:3034821/91‑1 (MQ=255) aTGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATAtt < 1:3465542/91‑1 (MQ=255) aTGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATAtt < 2:2650073/91‑1 (MQ=255) tGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTa > 2:957598/1‑91 (MQ=255) tGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTa > 2:2890427/1‑91 (MQ=255) tGTACGACATTAAAATGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTa > 2:2326254/1‑91 (MQ=255) 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aaaTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACaa > 1:2408835/1‑91 (MQ=255) aaaTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCAAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACaa > 2:2188646/1‑91 (MQ=255) aaTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTTAGACATTTACaaa > 2:1642845/1‑91 (MQ=255) aaTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACaaa < 2:1721853/91‑1 (MQ=255) aTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAat < 2:368248/91‑1 (MQ=255) aTGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAat < 1:3355994/91‑1 (MQ=255) tGCACTAACCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAata > 2:2374588/1‑91 (MQ=255) aaCCCGCCAACATCTAATAATTTTACATCCGAAAAATTATTTAAATATAAAATCATACATAACCATATTAAGACATTTACAAATATTATtg > 1:959576/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |