| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1836934 = | 131 (0.690) | 31 (0.200) | 12/132 | NT | 22.1% | intergenic (+18/+132) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1836982 = | 111 (0.710) | intergenic (+66/+84) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase | |||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1837024 | ttgtaatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaa > 2:2119770‑M1/91‑91 (MQ=255) ataATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:503256‑M1/1‑91 (MQ=255) taATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA > 1:2407005‑M1/1‑91 (MQ=255) taATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAA > 2:669658‑M1/1‑91 (MQ=255) gtaatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaaaa < 2:1996335‑M1/3‑1 (MQ=255) aaTTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 2:3108566‑M1/1‑91 (MQ=255) atttgattgttgttttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAAt > 1:3229880‑M1/87‑91 (MQ=255) aatttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAAt > 2:2660330‑M1/87‑91 (MQ=255) atttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATg < 1:210508‑M1/6‑1 (MQ=255) tttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGc > 1:1594013‑M1/85‑91 (MQ=255) tgatgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 1:1440787‑M1/1‑91 (MQ=255) tgatgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 2:1890970‑M1/1‑91 (MQ=255) tgatgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC < 2:423278‑M1/91‑1 (MQ=255) tgatgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTCAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGC > 2:3481368‑M1/1‑91 (MQ=255) ttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGcc < 1:122598‑M1/8‑1 (MQ=255) ttgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGcc < 1:2234925‑M1/8‑1 (MQ=255) tgattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCa > 2:885342‑M1/83‑91 (MQ=255) tgaACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 2:2202750‑M1/91‑1 (MQ=255) gattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaa > 2:2648449‑M1/82‑91 (MQ=255) gattgttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaa < 1:3623871‑M1/10‑1 (MQ=255) gttgtttgacagcataacttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCaagaag < 2:3525595‑M1/14‑1 (MQ=255) cTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 1:3467876‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG > 2:2339161‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 2:826274/91‑1 (MQ=255) tAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGAc < 1:444380/91‑1 (MQ=255) acacGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACAtt < 1:3005017/91‑1 (MQ=255) aCAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACAtt < 1:3070072/91‑1 (MQ=255) aaGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTgg < 2:2521764/91‑1 (MQ=255) aGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGa > 2:3307177/1‑91 (MQ=255) aGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGa < 2:3163634/91‑1 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaag > 1:3589285‑M1/1‑82 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAt > 2:56048/1‑91 (MQ=255) gTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAt > 1:3683998/1‑91 (MQ=255) ttGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAtt > 2:1561401/1‑91 (MQ=255) ttGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGAtt > 2:708260/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCCAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:1327081/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:796436/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc > 1:2200891/1‑91 (MQ=255) ggTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTAc < 1:2541916/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt > 2:122598/1‑91 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt < 1:2684441/91‑1 (MQ=255) tGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACAGTACAGTCATAACCAATTTATGTAAGTTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACtt > 1:3094065/1‑91 (MQ=255) gAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTc > 1:2290035/1‑91 (MQ=255) aaTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTcc > 1:1105221/1‑91 (MQ=255) aTACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCa < 1:3568240/91‑1 (MQ=255) ttgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAt > 1:1729056‑M1/60‑91 (MQ=255) tACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAt < 1:1561632/91‑1 (MQ=255) tgtagtgaatgattgagccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 2:127744‑M1/59‑91 (MQ=255) tgtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAtt > 2:1961667‑M1/59‑91 (MQ=255) gtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg > 2:2176734‑M1/58‑91 (MQ=255) gtagtgaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTg > 1:3179134‑M1/58‑91 (MQ=255) aaTCAAATTGTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtc < 1:3711440‑M1/91‑22 (MQ=255) agtgaatgattgaaccaaaggtgtcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGGAGACATTGGATTACTTCCATTGct > 1:56938‑M1/56‑91 (MQ=255) tCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGctt > 2:2787142‑M2/1‑88 (MQ=255) tCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGctt < 2:1363276‑M2/91‑4 (MQ=255) gaatgattgaaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttct > 2:1470744‑M1/53‑91 (MQ=255) aaaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttct < 2:358204‑M2/91‑6 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt > 1:93200‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt > 1:1190468‑M2/1‑85 (MQ=255) aaTTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttctt < 1:2012721‑M2/91‑7 (MQ=255) ttttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttgg < 2:3881496‑M1/91‑29 (MQ=255) tttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggc > 1:2175371‑M2/1‑82 (MQ=255) ttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga > 1:2426502/1‑62 (MQ=255) ttCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAagaaga < 2:2426502/62‑1 (MQ=255) tCACACCTGAATTGACGGTACAGGCCTAAACAATTTATGTAAATTCAACATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCAGTGCTACTTGGCaa > 2:3202874/1‑90 (MQ=255) tCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcat > 2:1664077‑M2/1‑80 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 2:1651431‑M2/91‑13 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 2:2021302‑M2/91‑13 (MQ=255) cacaACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGcttcttggcatt < 1:851483‑M2/91‑13 (MQ=255) aaccaaaggtttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCAtttt > 1:2061271‑M1/44‑91 (MQ=255) gAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCat < 1:1761664/91‑1 (MQ=255) aaTTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCatt > 1:1070268/1‑91 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattatt < 2:1593970/91‑1 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattatt < 1:1904370/91‑1 (MQ=255) tGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCattatt < 2:1771137/91‑1 (MQ=255) ttcatattgagttacaatgaaattaataatgaaAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCAttatta > 2:2812080‑M1/34‑91 (MQ=255) gACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCAttatta < 1:669658/91‑1 (MQ=255) cGGTACAGGCAGGAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAAt < 2:3707160/91‑1 (MQ=255) ggTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAAtt > 1:1814389/1‑91 (MQ=255) aCAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCa < 2:2590673/91‑1 (MQ=255) cAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATAGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCAt > 2:1697079/1‑91 (MQ=255) aGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCAtt < 2:2012721/91‑1 (MQ=255) tCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCAttttt > 2:1845728/1‑72 (MQ=255) tCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCAttttt < 1:1845728/72‑1 (MQ=255) aTAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACGTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTaa < 2:2995737/91‑1 (MQ=255) tAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAAc > 1:2483882/1‑91 (MQ=255) aCAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCa < 1:2928052/91‑1 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:261404/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 1:1491951/1‑91 (MQ=255) aTTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAata > 2:331575/1‑91 (MQ=255) tttATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAatat > 2:130581/1‑91 (MQ=255) tttATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAatat < 1:1577110/91‑1 (MQ=255) aTGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaa < 1:1139958/91‑1 (MQ=255) tGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGaaa < 1:1524069/91‑1 (MQ=255) gTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAAc > 2:1181708/1‑91 (MQ=255) aTTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCttt < 1:3319682/91‑1 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 1:102968/91‑1 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 2:503256/91‑1 (MQ=255) cAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGt < 2:1585305/91‑1 (MQ=255) aaaaTGCCAAGAAGcaatggaagtaatccaatgtcttcttggcattttgaatttacataaattgtttatgactgtaccgtcaattcagttg < 2:2734238‑M1/91‑78 (MQ=255) | TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGACATTGGATTACTTCCATTGCTTCTTGGCATTTTTTCATTATTAATTTCATTGTAACTCAATATGAAACCTTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1837024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |