| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1858390 = | 128 (0.670) | 23 (0.150) | 13/126 | NT | 16.8% | intergenic (‑17/+57) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1858437 = | 127 (0.850) | intergenic (‑64/+10) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 | tcgtggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaagtcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaaa < 1:3873477‑M1/2‑1 (MQ=255) tggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaatgattaataattaAACaa < 1:785556‑M1/5‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAA > 2:927288‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAA < 1:3658258‑M1/91‑1 (MQ=255) ggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACaaa < 2:2047915‑M1/6‑1 (MQ=255) ggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACaaa < 2:2166631‑M1/6‑1 (MQ=255) ggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACaaa > 2:2756326‑M1/86‑91 (MQ=255) aagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATg > 2:3058467‑M1/84‑91 (MQ=255) aagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATg > 2:540033‑M1/84‑91 (MQ=255) agtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGc < 2:2001981‑M1/9‑1 (MQ=255) aGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCA < 2:2674275‑M1/91‑1 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 2:1398321‑M1/81‑91 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc < 2:2742766‑M1/11‑1 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 2:3505008‑M1/81‑91 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAC > 1:2618‑M1/1‑91 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAC < 2:3191507‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTA < 2:81582‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTA < 2:3675073‑M1/91‑1 (MQ=255) aaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTa > 2:674996‑M1/78‑91 (MQ=255) ttCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAA < 2:1923102‑M1/91‑1 (MQ=255) aattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTaa < 2:2318695‑M1/15‑1 (MQ=255) attacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTaaa > 1:1299068‑M1/76‑91 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATTCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 2:2639199/1‑91 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 2:2528698/1‑91 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg < 2:2688750/91‑1 (MQ=255) aaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGt > 2:1499428‑M1/71‑91 (MQ=255) tGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTa < 1:2682961/91‑1 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:804060/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 2:42741/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 2:1227957/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa < 1:432406/91‑1 (MQ=255) gctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttccagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaac > 1:2513644‑M1/68‑91 (MQ=255) aTAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaac < 2:3101374/91‑1 (MQ=255) ctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca > 1:1748598‑M1/67‑91 (MQ=255) ctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca > 1:2099854‑M1/67‑91 (MQ=255) ctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca > 2:3151918‑M1/67‑91 (MQ=255) tataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac > 2:3843056‑M1/65‑91 (MQ=255) gtgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAAcc < 1:2340397/91‑1 (MQ=255) gtgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAAcc > 2:2249461/1‑91 (MQ=255) gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc < 1:1888311/91‑1 (MQ=255) tgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa > 1:1310974‑M2/1‑90 (MQ=255) gtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttat < 2:1777836‑M1/91‑16 (MQ=255) gtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCat < 1:2374056‑M2/91‑3 (MQ=255) ttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattt < 1:658036‑M2/91‑5 (MQ=255) tagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 2:2110198‑M1/58‑91 (MQ=255) tagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 2:1048989‑M1/58‑91 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta < 1:2039384‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaa < 2:2850009‑M1/91‑20 (MQ=255) tttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagt > 2:3787179‑M2/1‑83 (MQ=255) tttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagt > 1:598170‑M2/1‑83 (MQ=255) tttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagt > 1:1146269‑M2/1‑83 (MQ=255) actgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTg > 1:1594523‑M1/53‑91 (MQ=255) tttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgc < 1:1102344‑M1/91‑24 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcat < 2:1551045‑M2/91‑13 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcat > 1:740127‑M2/1‑79 (MQ=255) tGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttg > 2:3722424‑M2/1‑76 (MQ=255) aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt > 2:2857530‑M1/44‑91 (MQ=255) cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta < 1:1981758/91‑1 (MQ=255) ttATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatt < 2:3398754/91‑1 (MQ=255) tATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatta < 2:715370/91‑1 (MQ=255) tatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa > 1:3837795‑M1/35‑91 (MQ=255) aTTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa < 2:3031575/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaat > 1:2820694/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatt < 2:40632/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatt > 2:3274255/1‑91 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta > 2:1104636/1‑91 (MQ=255) tgctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattta > 1:69973/1‑91 (MQ=255) gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat < 2:1442852/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 2:3494447/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 1:729418/91‑1 (MQ=255) gataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct > 1:1656413‑M1/20‑91 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct > 1:2859148/1‑91 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct > 2:599577/1‑91 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct < 2:2369730/91‑1 (MQ=255) tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAg < 1:331833/91‑1 (MQ=255) tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACCCTAg > 1:3237647/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa < 1:1247401/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa > 1:3692910/1‑91 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg < 1:2249461/91‑1 (MQ=255) tataTCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGt > 2:294447/1‑91 (MQ=255) tataTCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGt < 1:3396143/91‑1 (MQ=255) atatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGta > 2:1163682/1‑91 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat < 2:631037/91‑1 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat > 2:1330552/1‑91 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat > 1:3550154/1‑91 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 1:3465603/91‑1 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 1:461499/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 1:294126/1‑91 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc < 2:3407978/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 2:740700/1‑91 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:1070967/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:92263/91‑1 (MQ=255) tcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTa > 1:342299/1‑91 (MQ=255) cctATAACAAATGCACTTAAATCAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTACTCATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt > 2:358227/1‑91 (MQ=255) cctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt < 2:2384530/91‑1 (MQ=255) ctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATg > 1:2572098/1‑91 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 2:474641/91‑1 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 1:311221/91‑1 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt > 1:3292456/1‑91 (MQ=255) aaCAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaa > 2:1084950‑M1/1‑17 (MQ=255) | CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |