| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858406 | 132 (0.690) | 16 (0.110) | 10/126 | NT | 12.2% | intergenic (‑33/+41) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858419 | 127 (0.850) | intergenic (‑46/+28) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
CATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAT > USA300TCH1516_ALE/1858316‑1858496 | tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATTCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 2:2639199/1‑91 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg < 2:2688750/91‑1 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 2:2528698/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGt < 2:359645/91‑1 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:894412/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 2:42814/1‑91 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:3398754/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaac < 1:2300727/91‑1 (MQ=255) ctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca > 1:2099854‑M1/67‑91 (MQ=255) ctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca > 2:3151918‑M1/67‑91 (MQ=255) tataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac > 2:3843056‑M1/65‑91 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 2:3399760/91‑1 (MQ=255) gtgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATGACAAATGCACTTAAATAAGTAACAAcc < 2:2122419/91‑1 (MQ=255) tgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAAGAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt < 2:2212349/91‑1 (MQ=255) tgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt > 1:1880554/1‑91 (MQ=255) tttATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatt < 1:3242468‑M1/91‑17 (MQ=255) tagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 2:1048989‑M1/58‑91 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta < 1:2039384‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaag > 2:1866601‑M2/1‑84 (MQ=255) tttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagt > 2:3787179‑M2/1‑83 (MQ=255) tttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagt > 1:598170‑M2/1‑83 (MQ=255) aactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGt > 2:514236‑M1/54‑91 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtg < 2:26724‑M2/91‑10 (MQ=255) actgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTg > 1:2342216‑M1/53‑91 (MQ=255) actgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTg > 1:1594523‑M1/53‑91 (MQ=255) ttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgca < 1:413342‑M1/91‑25 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcat > 1:783836‑M2/1‑79 (MQ=255) gatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCAt > 1:267623‑M1/50‑91 (MQ=255) aaTGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTTTGTTATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAAGCTCatttaagtgcatt < 2:3708715‑M2/91‑14 (MQ=255) ttCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgtt > 2:1084950‑M2/1‑74 (MQ=255) aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt > 2:2857530‑M1/44‑91 (MQ=255) cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta < 2:2342944/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATCTGTttaattat > 2:2100480/1‑91 (MQ=255) tCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatt > 2:1426992/1‑91 (MQ=255) tatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa > 1:3837795‑M1/35‑91 (MQ=255) ttttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaat > 1:2820694/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatt < 2:40632/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta > 1:3462054/1‑91 (MQ=255) gcatgctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTtaattattaattat > 2:1606693/4‑91 (MQ=255) ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt < 1:2405770/91‑1 (MQ=255) ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACATAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt > 1:1121834/1‑91 (MQ=255) gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat < 2:1442852/91‑1 (MQ=255) ctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATc > 2:1546521/1‑91 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 1:729418/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 2:3494447/91‑1 (MQ=255) gcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTa > 2:2827023/1‑91 (MQ=255) gataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct > 1:1656413‑M1/20‑91 (MQ=255) tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAg < 1:333077/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa > 1:2966591/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa < 1:1247401/91‑1 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg < 1:2249461/91‑1 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat > 1:3550154/1‑91 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat > 2:1330552/1‑91 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat < 2:631037/91‑1 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaat < 1:1303997‑M2/91‑52 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCTTTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 2:3199712/91‑1 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 1:461499/91‑1 (MQ=255) tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg < 1:1171975/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 2:740270/1‑91 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTCAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc < 2:3408038/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:1070967/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 2:3089028/91‑1 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 1:2626525/91‑1 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 1:311221/91‑1 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt > 1:680489/1‑91 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt < 1:2555522/91‑1 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt > 1:3292456/1‑91 (MQ=255) ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg > 1:1759703‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg < 1:1438131‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg > 1:2746616‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGc > 2:294126‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGCACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacatta > 1:740127‑M1/1‑12 (MQ=255) TGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCa < 2:176934‑M1/91‑1 (MQ=255) gCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaa < 1:1102344‑M2/91‑69 (MQ=255) cACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaa < 2:119166‑M1/91‑83 (MQ=255) cACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaa > 1:782101‑M1/1‑9 (MQ=255) cACTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaa > 2:544887‑M1/1‑9 (MQ=255) CACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGt > 1:1536733‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGtt < 2:355915‑M1/91‑1 (MQ=255) caTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:1121834‑M1/3‑91 (MQ=255) cTTAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaa < 1:2890787‑M1/91‑85 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:2966671‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:181444‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:3301942‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg < 1:92342‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaat < 1:3154825‑M2/91‑73 (MQ=255) ttAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaat < 2:2850009‑M2/91‑73 (MQ=255) TTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGc > 1:3238724‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGc < 1:2186936‑M1/91‑1 (MQ=255) tAAATgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaataa > 2:708950‑M1/1‑5 (MQ=255) tAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaata < 2:2371879‑M2/91‑74 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:3667498‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:2266671‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaTgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataa < 1:658036‑M1/91‑88 (MQ=255) aaTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaa < 1:1980269‑M2/91‑76 (MQ=255) aTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaac < 2:3739732‑M2/91‑77 (MQ=255) aTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaac < 2:1777836‑M2/91‑77 (MQ=255) ATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACa < 2:821684‑M1/91‑1 (MQ=255) tgaggttgttacttatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattagaaaataaaca > 1:520650‑M1/1‑1 (MQ=255) TAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAt < 1:389860‑M1/91‑1 (MQ=255) | CATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAT > USA300TCH1516_ALE/1858316‑1858496 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |