| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858406 | 132 (0.690) | 16 (0.110) | 10/126 | NT | 12.2% | intergenic (‑33/+41) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1858419 | 127 (0.850) | intergenic (‑46/+28) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
GTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1858329‑1858509 | gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc < 1:1888311/91‑1 (MQ=255) atgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa > 1:6477‑M1/61‑91 (MQ=255) tagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 2:2110198‑M1/58‑91 (MQ=255) tagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAttt > 2:1048989‑M1/58‑91 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCattta < 1:2039384‑M2/91‑6 (MQ=255) agcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaaaaattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTa > 1:3869313‑M1/57‑91 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaag < 1:2890787‑M2/91‑8 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtg < 2:119166‑M2/91‑10 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtg > 1:782101‑M2/1‑82 (MQ=255) ttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtg < 1:2212824‑M2/91‑10 (MQ=255) actgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTg > 1:2342216‑M1/53‑91 (MQ=255) actgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTg > 1:2428265‑M1/53‑91 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcat > 1:740127‑M2/1‑79 (MQ=255) tGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttg < 1:40632‑M2/91‑16 (MQ=255) aatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt > 2:2857530‑M1/44‑91 (MQ=255) cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta < 2:1448237/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattat > 1:912401/1‑91 (MQ=255) aTTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa < 2:3031575/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaa < 1:3249570/91‑1 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatt < 2:40632/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta > 2:1104636/1‑91 (MQ=255) gcatgctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTtaattattaattat > 2:1606693/4‑91 (MQ=255) gttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTaattattaattatt < 1:1093422/91‑1 (MQ=255) ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt > 1:516579/1‑91 (MQ=255) ttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattt > 1:3476596/1‑91 (MQ=255) tgctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttattta > 1:69973/1‑91 (MQ=255) gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat < 2:3795699/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 1:729418/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 2:3494447/91‑1 (MQ=255) gcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTa > 2:2827023/1‑91 (MQ=255) cGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTAc < 2:2332219/91‑1 (MQ=255) gTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTAct < 1:3186473/91‑1 (MQ=255) gataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct > 1:1656413‑M1/20‑91 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct < 2:2369730/91‑1 (MQ=255) aTTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa < 1:1606693/91‑1 (MQ=255) tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAg < 1:331833/91‑1 (MQ=255) tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACCCTAg > 1:3237647/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGTATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa > 2:2656686/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa > 1:2966591/1‑91 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa > 1:3692910/1‑91 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg > 1:2851533/1‑91 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAg > 2:3165358/1‑91 (MQ=255) gTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATGATTTATCTACTCTAGAAg < 2:2681955/91‑1 (MQ=255) tataTCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGt < 1:3395923/91‑1 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat < 2:631037/91‑1 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaat < 1:1303997‑M2/91‑52 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 1:461499/91‑1 (MQ=255) tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg < 1:1171975/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 2:740270/1‑91 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc < 2:3407978/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:1116121/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAAGATTTATCTAGTCTAGATGTATAGCt > 2:3363165/1‑91 (MQ=255) tcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTa > 1:342299/1‑91 (MQ=255) tcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTa < 2:203455/91‑1 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 2:474641/91‑1 (MQ=255) tataACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGa < 1:2626525/91‑1 (MQ=255) ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg > 1:1759703‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTg > 1:2746616‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGc > 2:294126‑M1/1‑91 (MQ=255) AAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCa < 1:3136918‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCAt < 2:1852676‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCAt > 1:2105115‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATc < 1:1530559‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCa < 2:176934‑M1/91‑1 (MQ=255) GCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAg < 2:2494469‑M1/91‑1 (MQ=255) CACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGt > 1:1536733‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGtt > 1:2668400‑M1/1‑91 (MQ=255) ACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGtt < 2:355915‑M1/91‑1 (MQ=255) cTTAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaa < 2:14409‑M2/91‑72 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 1:934800‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTg > 2:2966671‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaat < 1:2285317‑M2/91‑73 (MQ=255) ttAAATAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaat < 2:2850009‑M2/91‑73 (MQ=255) TTAACTAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGc > 1:3239388‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:3667498‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGCGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCt < 2:2266434‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTa < 2:141492‑M1/91‑1 (MQ=255) AAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTa > 1:1221420‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaa < 1:1980269‑M2/91‑76 (MQ=255) aTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaac < 2:3739732‑M2/91‑77 (MQ=255) aTAAGTAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaac < 2:1777836‑M2/91‑77 (MQ=255) ATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACa < 2:821684‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGGATCAGTTGCTACAt > 2:3294488‑M1/1‑91 (MQ=255) aGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatta > 2:2708165/1‑91 (MQ=255) aGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatta > 1:1063539/1‑91 (MQ=255) aGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGAATCAGTTGCTACatta > 2:3717911/1‑91 (MQ=255) gTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattat > 1:2683129/1‑91 (MQ=255) tAACCACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTCTTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTACTACattatt > 2:2100975/1‑91 (MQ=255) tAACAACCTCatttaagtgcatttgttataggaggatatacaaatgacgcagcaacaaaatgataaaagaacattaaaaaataaacacact < 2:523581‑M2/91‑82 (MQ=255) tAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattatt > 2:24031/1‑91 (MQ=255) tAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattatt > 2:1390820/1‑91 (MQ=255) acaacCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattatt > 2:706296/1‑89 (MQ=255) acaacCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACattatt < 1:706262/89‑1 (MQ=255) caacCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACAttattact > 2:1172361/1‑89 (MQ=255) aacCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCt < 2:1109201/91‑1 (MQ=255) acCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCtt < 1:42741/91‑1 (MQ=255) ccTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCttt > 1:2396502/1‑91 (MQ=255) ccTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCttt < 2:1155476/91‑1 (MQ=255) cTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTg < 1:3767787/91‑1 (MQ=255) cATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTa > 1:3109991/1‑91 (MQ=255) | GTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTA > USA300TCH1516_ALE/1858329‑1858509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |