New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1933839 = | 213 (1.120) | 10 (0.060) | 7/142 | NT | 5.5% | coding (1409/3816 nt) | USA300HOU_RS09605 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1933862 = | 158 (0.940) | coding (1386/3816 nt) | USA300HOU_RS09605 | hypothetical protein |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TAATTTAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCTTAA > USA300TCH1516_ALE/1933749‑1933929 | tgtgagtactgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatatta < 1:914488‑M1/1‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTTATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTatcaaaatcaaa < 1:3710686/91‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTatcaaaatcaaa < 1:447122/91‑1 (MQ=255) aaTTTAGTTGATTAAATTCCGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTatcaaaatcaaa > 2:3391790/1‑91 (MQ=255) tgagtactgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAAt < 1:2589236‑M1/3‑1 (MQ=255) tgagtactgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAAt > 2:2194320‑M1/89‑91 (MQ=255) tttAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAAtt < 2:674772/91‑1 (MQ=255) ttAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAAttt < 1:1345607/91‑1 (MQ=255) tAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTa < 1:1418130/91‑1 (MQ=255) gtactgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTa > 2:3540059‑M1/86‑91 (MQ=255) gtactgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTa > 2:1296285‑M1/86‑91 (MQ=255) actgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTATc > 2:2384919‑M1/84‑91 (MQ=255) ctgtgtaaataaatttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTATCt < 2:587502‑M1/9‑1 (MQ=255) ctgtgtaaataaatttaagaaatttgaccaaactataagtgttgcagagatatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTATCt > 2:499201‑M1/83‑91 (MQ=255) gATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTc > 2:1640606/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTc > 1:10279/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTc > 1:2123419/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTc > 1:3020166/1‑91 (MQ=255) gATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTc > 1:2832805/1‑91 (MQ=255) aTTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCt < 2:1588072/88‑1 (MQ=255) ttAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCt < 1:3778867/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTa < 1:3377691/91‑1 (MQ=255) cTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATaa > 1:621481/1‑91 (MQ=255) tGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATaaa < 2:324913/91‑1 (MQ=255) tGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATaaa > 2:3165945/1‑91 (MQ=255) tGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATaaa < 2:3663480/91‑1 (MQ=255) tttaaggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTATCTTCCTTAGATAAAt > 2:1932793‑M1/70‑91 (MQ=255) gAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAt > 1:2458830/1‑91 (MQ=255) gAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAt > 2:1210135/1‑91 (MQ=255) gAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAt > 1:3531350/1‑91 (MQ=255) gAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAt < 1:3250942/91‑1 (MQ=255) aGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAtt > 2:1831624/1‑91 (MQ=255) aGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAAtt > 2:79684/1‑91 (MQ=255) gTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTa < 1:1986630/91‑1 (MQ=255) gTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTa > 2:2832925/1‑91 (MQ=255) tCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTaa > 1:2391488/1‑91 (MQ=255) cGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAat < 2:2890402/91‑1 (MQ=255) cGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAat > 2:2659407/1‑91 (MQ=255) ggaatttgaccaaactataagtgttgcagagctatttacaaatgttcttaagacagtaaatattAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAata > 2:2475734‑M1/65‑91 (MQ=255) aTTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTa > 2:390884/1‑91 (MQ=255) ttAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTAc > 1:3762857/1‑91 (MQ=255) ttAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTAc < 2:139061/91‑1 (MQ=255) tAATTCAACTAGTCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATCGTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACt < 2:1162228/91‑1 (MQ=255) tAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACt < 2:3039863/91‑1 (MQ=255) tAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACt < 2:2449431/91‑1 (MQ=255) aTTCAACTACTACTTTTATTACATTTTGTACAACATTAATATTTTTATCGAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGt > 2:3413289/1‑91 (MQ=255) aTTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTgg > 2:3839590/1‑90 (MQ=255) tCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCt > 2:111154/1‑91 (MQ=255) cAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCtt < 1:2568156/91‑1 (MQ=255) cTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAg < 1:1562021/91‑1 (MQ=255) cTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGCCTTAAg < 1:15540/91‑1 (MQ=255) cTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATATATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAg < 2:2552194/91‑1 (MQ=255) tAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGa < 2:1600431/91‑1 (MQ=255) aaTCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCATATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTtaataa > 2:3862423/1‑91 (MQ=255) ccTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACAt > 1:2874825/1‑91 (MQ=255) cTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACAtt > 2:1759298/1‑91 (MQ=255) ttttATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACAttt > 1:787320/1‑91 (MQ=255) tttATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTg < 1:670862/91‑1 (MQ=255) tttATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTg < 1:3874553/91‑1 (MQ=255) tttATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTg > 2:2010431/1‑91 (MQ=255) tattaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTa < 1:1545877/91‑1 (MQ=255) tattaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTa > 2:2159739/1‑91 (MQ=255) tattaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTa > 2:3054401/1‑91 (MQ=255) attaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaa < 1:1131055/91‑1 (MQ=255) attaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaa < 2:1050574/91‑1 (MQ=255) ttaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaaa < 1:3472719/91‑1 (MQ=255) ttaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaaa < 2:378036/91‑1 (MQ=255) ttaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaaa < 2:2583877/91‑1 (MQ=255) ttaCTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTaaa < 2:2713781/91‑1 (MQ=255) cTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCGAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAg < 2:80807/76‑1 (MQ=255) cTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAg < 1:979929/91‑1 (MQ=255) tttttGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGc > 2:2061872/1‑91 (MQ=255) tttttGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGc < 1:3628989/91‑1 (MQ=255) tttttGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGc > 1:1368421/1‑91 (MQ=255) ttttGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGct < 1:2224288/91‑1 (MQ=255) ttttGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGct < 2:3692957/91‑1 (MQ=255) tGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTg > 1:2282547/1‑91 (MQ=255) tACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCa < 2:775690/91‑1 (MQ=255) acaTTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAacac < 1:1187855/91‑1 (MQ=255) ttAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTta < 1:1437577/91‑1 (MQ=255) tAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTtat > 1:1993645/1‑91 (MQ=255) atatTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAg < 2:2084920/91‑1 (MQ=255) tatTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGt > 1:1111457/1‑91 (MQ=255) tatTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGt > 2:43466/1‑91 (MQ=255) aagacagtaaatattAATTTATCTAAGGAAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGttt < 1:1590719‑M1/76‑1 (MQ=255) ttttATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTg < 2:2731197/91‑1 (MQ=255) tttATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTgg < 1:1721295/91‑1 (MQ=255) ttATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGt > 1:1917227/1‑91 (MQ=255) ttATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGt < 1:1732960/91‑1 (MQ=255) tATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTc > 2:1879849/1‑91 (MQ=255) atcaaaatcaaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCa < 2:1959725/91‑1 (MQ=255) aaatattAATTTATCTAAGGAAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAAt < 1:553913‑M1/84‑1 (MQ=255) aaatcaaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAAtt > 2:23002/1‑91 (MQ=255) aaatcaaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAAtt < 1:2683244/91‑1 (MQ=255) atcaaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTcc > 1:3185168/1‑91 (MQ=255) tcaaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCt < 1:2343282/91‑1 (MQ=255) caaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCtt < 2:2156096/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCTTa < 2:1187478/91‑1 (MQ=255) AATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCTTaa < 2:3088400‑M1/91‑1 (MQ=255) AATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCTTaa > 1:3825977‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAATTTAGTTGATTAAATTCTGAGTCGTTCATTAATTCAACTAATCCTTTTATTACTTTTTGTACAACATTAATATTTTTATCAAAATCAAATTTATCTTCCTTAGATAAATTAATATTTACTGTCTTAAGAACATTTGTAAATAGCTCTGCAACACTTATAGTTTGGTCAAATTCCTTAA > USA300TCH1516_ALE/1933749‑1933929 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |