| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939372 | 197 (1.030) | 15 (0.080) | 9/154 | NT | 7.5% | intergenic (‑231/+132) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1939415 | 178 (0.970) | intergenic (‑274/+89) | hsdM_2/splF | Type I restriction enzyme EcoKI M protein/Serine protease SplF | |||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
ATTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGATTGGCTTTGATGCATATTAAATAATGCAATATATATTAATAAATGTTAGTT > USA300TCH1516_ALE/1939282‑1939461 | taattaaaacttagacattcacccaatcctgacaaaatatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcaaa < 1:495254‑M1/3‑1 (MQ=255)aTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAA < 2:3081358‑M1/91‑1 (MQ=255)aTTTTATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAA < 2:2869879‑M1/91‑1 (MQ=255) tttATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATGTTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAAc > 2:2327857/1‑91 (MQ=255) ttATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAAcc > 2:1536638/1‑91 (MQ=255) ttATAGAAATGTTGTAGCTTTCAAATGCTTTCAAAATCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAAcc > 2:333621/1‑91 (MQ=255) 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aatatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGt > 2:52713‑M1/54‑91 (MQ=255) atatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAGCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGtt > 2:196709‑M1/53‑91 (MQ=255) atatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAGCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGtt > 2:2120523‑M1/53‑91 (MQ=255) atatactataactaacatttattaatatatattgcattatttaatatgcatcAAAGCCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGtt > 2:2602660‑M1/53‑91 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTg < 2:1463281/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTg < 1:1324628/91‑1 (MQ=255) aTCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAACCAATCAACAATTGAGTTGGTGAAAATCAATCGTTGa < 1:3021200/91‑1 (MQ=255) tCATTTATATTCTTAATGATGTCAAAAAGTTGTTCATTCATACATAAATAAAaccaatcaacgattgattttcaccaactcaattgttgat < 1:2921711‑M1/91‑40 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |