| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2014149 | 193 (1.010) | 15 (0.090) | 11/148 | NT | 7.5% | intergenic (+49/+212) | USA300HOU_RS10140/USA300HOU_RS10150 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2014182 | 192 (1.090) | intergenic (+82/+179) | USA300HOU_RS10140/USA300HOU_RS10150 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TTACAGAAGATAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTCCGGTTTTTTAATGTAAAACTATGAATGCTTTTACAAAATCTAAAATTTATATTGTT > USA300TCH1516_ALE/2014060‑2014239 | ttACAGAAGATAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCggg > 2:2723194/1‑91 (MQ=255)ttACAGAAGATAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCggg < 2:2263262/91‑1 (MQ=255)ttACAGAAGATAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCggg > 1:2943726/1‑91 (MQ=255)ttACAGAAGATAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCggg > 1:2184025/1‑91 (MQ=255) agaagaTAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGa > 1:2623229/1‑91 (MQ=255) aagaTAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAAt > 2:456678/1‑91 (MQ=255) agaTAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATg > 1:282265/1‑91 (MQ=255) aTAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGaa < 2:3381732/91‑1 (MQ=255) aTAAGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGaa < 1:2774241/91‑1 (MQ=255) aaGTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGaaaa > 2:607552/1‑91 (MQ=255) gTTACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATc > 1:2311660/1‑91 (MQ=255) tACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCaa > 1:1094721/1‑91 (MQ=255) tACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCaa < 2:1529034/91‑1 (MQ=255) tACAACGTAAACTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCaa > 1:99272/1‑91 (MQ=255) 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aCTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGAttttt > 2:3434836/1‑91 (MQ=255) aCTGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGAttttt > 1:2128840/1‑91 (MQ=255) tGTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTAc > 1:1001413/1‑91 (MQ=255) gTATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTAct > 2:680225/1‑91 (MQ=255) tATGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTActc > 1:919143/1‑91 (MQ=255) atgatAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTActct < 2:1079300/87‑1 (MQ=255) tGCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTg < 2:2603189/91‑1 (MQ=255) gCTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGt > 1:1544003/1‑91 (MQ=255) gCTAAATAATTTCAAGGTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGt < 2:3708543/91‑1 (MQ=255) cTAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACACCCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTc > 2:3716407‑M2/1‑90 (MQ=255) tAAATAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGacagagtaaaaatcgttttgattttcattctgccc < 1:1177124‑M1/91‑36 (MQ=255) aaaTAATTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTccg < 1:1913142‑M2/91‑4 (MQ=255) aataatTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGacagagtaaaaatcgttttgattttcattctgcccgg < 1:1658635‑M1/91‑38 (MQ=255) aataatTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTccgg > 1:2684404‑M2/1‑87 (MQ=255) aataatTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGGCAGAATGAAAATCAAAACGATTTTTACTCTGTccgg > 2:2061959‑M2/1‑87 (MQ=255) taatTTCAAGTTATTATTCACTAAAGTTAATCTATAAAAAATGAACAACCGGacagagtaaaaatcgttttgattttcattctgcccggtt < 2:2868477‑M1/91‑40 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |