| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2021453 = | 138 (0.720) | 13 (0.080) | 6/140 | NT | 9.2% | intergenic (+12/+248) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2021493 = | 136 (0.820) | intergenic (+52/+208) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTAC > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021543 | atagactattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaat < 1:2019337‑M1/1‑1 (MQ=255) atatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT < 2:1867611‑M1/91‑1 (MQ=255) atatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:2322962‑M1/1‑91 (MQ=255) tatGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATG < 2:2606598‑M1/91‑1 (MQ=255) gactattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATg > 1:2441457‑M1/88‑91 (MQ=255) actattagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGc > 1:2154375‑M1/87‑91 (MQ=255) tGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG > 1:1209350‑M1/1‑91 (MQ=255) ctattagtcctattagatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCg > 2:2845237‑M1/86‑91 (MQ=255) gTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGG > 2:2112708‑M1/1‑91 (MQ=255) tACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGA > 1:1966435‑M1/1‑91 (MQ=255) ttagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgag > 2:3630466‑M1/83‑91 (MQ=255) tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga > 2:2052972‑M1/82‑91 (MQ=255) cTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA < 1:754867‑M1/91‑1 (MQ=255) tATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGaa < 1:420833/91‑1 (MQ=255) 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ttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAag < 2:965675/91‑1 (MQ=255) aaaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAagta > 1:1158519/1‑91 (MQ=255) attatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAagtagt > 1:997563‑M1/61‑91 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTACCGATAagtagc > 2:2576001/1‑90 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttc < 1:1099566‑M1/91‑23 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttc < 2:3585127‑M1/91‑23 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc > 2:857741‑M2/1‑89 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttct < 1:497871‑M1/91‑24 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttct < 1:622979‑M1/91‑24 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct > 1:1371404‑M2/1‑88 (MQ=255) tAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctc < 2:914675‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctcc < 2:1326650‑M1/91‑26 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:1002704‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 2:2798882‑M1/91‑27 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc < 1:369995‑M2/91‑8 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgca < 1:2088512‑M1/91‑29 (MQ=255) 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aaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatt > 1:2736164/1‑91 (MQ=255) aacaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatta < 2:1966435/91‑1 (MQ=255) acCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaa > 2:1097481/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:3488648/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:1813916/1‑91 (MQ=255) cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat > 1:710993/1‑91 (MQ=255) cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat < 1:302388/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:917036/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |