BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	2021493 =	136 (0.820)	13 (0.080)	6/140	NT	9.2%	intergenic (+52/+208)	queE_2/USA300HOU_RS10190	7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase

Only 100 of 234 total aligned reads displayed.

CGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATA  >  USA300TCH1516_ALE/2021403‑2021583

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 gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt                                                                                           >  1:1141462/1‑91 (MQ=255)

 gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGCCTCCGCATAtt                                                                                           >  1:3522131/1‑91 (MQ=255)

  tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt                                                                                          <  1:3850597/91‑1 (MQ=255)

     tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa                                                                                       >  1:3468211/1‑91 (MQ=255)

     tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGAGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa                                                                                       <  1:550269/91‑1 (MQ=255)

      atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt                                                                                      >  1:313082/1‑91 (MQ=255)

      atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt                                                                                      <  1:2073974/91‑1 (MQ=255)

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             aacaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatta                                                                               <  2:1966435/91‑1 (MQ=255)

                aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa                                                                            >  2:2189687/1‑91 (MQ=255)

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                 acCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaa                                                                           >  2:1097481/1‑91 (MQ=255)

                  ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa                                                                          >  2:2955729/1‑91 (MQ=255)

                  ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa                                                                          >  2:3488648/1‑91 (MQ=255)

                  ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa                                                                          >  1:366965/1‑91 (MQ=255)

                   cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat                                                                         >  1:710993/1‑91 (MQ=255)

                   cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat                                                                         <  1:302388/91‑1 (MQ=255)

                    acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata                                                                        <  1:917035/91‑1 (MQ=255)

                    acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata                                                                        <  1:918858/91‑1 (MQ=255)

                     caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa                                                                       >  1:1588361/1‑91 (MQ=255)

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                              cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt                                                              <  1:863048/91‑1 (MQ=255)

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                                                                           agtagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAg                 >  2:384714/1‑91 (MQ=255)

                                                                           agtagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAg                 >  2:845524/1‑91 (MQ=255)

                                                                             tagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGa               <  1:681769/91‑1 (MQ=255)

                                                                             tagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGa               <  2:1149706/91‑1 (MQ=255)

                                                                              agtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGAc              <  1:2438049/91‑1 (MQ=255)

                                                                              agtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATACGAc              >  1:3488410/1‑91 (MQ=255)

                                                                               ttctccgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACt             <  2:1025580‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                               gtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACt             <  2:405463/91‑1 (MQ=255)

                                                                                tctccgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTa            >  2:2053208‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                tctccgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTa            >  2:2889987‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                  tccgcataTTTTAATGCTATTATAAAAAAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAAt          <  2:520463‑M2/83‑1 (MQ=255)

                                                                                    cgcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATCTAATAGGACTAATAg        >  2:2845237‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                     gcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGt       >  1:163470‑M2/6‑91 (MQ=255)

                                                                                     gcataTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGt       >  1:2154359‑M2/6‑91 (MQ=255)

                                                                                        taTTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCta    <  2:893948‑M2/89‑1 (MQ=255)

CGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATA  >  USA300TCH1516_ALE/2021403‑2021583

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.