| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 141 (0.740) | 31 (0.190) | 14/140 | NT | 19.3% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 136 (0.820) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
CTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2021372‑2021552 | tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga > 2:965869‑M1/82‑91 (MQ=255)tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga > 2:2052972‑M1/82‑91 (MQ=255)tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga < 2:1157775‑M1/10‑1 (MQ=255)tagtcctattaaatgccctttattatttaagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGgaga > 1:3830945‑M1/82‑91 (MQ=255)cTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA < 1:754867‑M1/91‑1 (MQ=255)cTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA > 1:3227758‑M1/1‑91 (MQ=255) tATCCGAATATGGATGTTAAAGATATGGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGaa < 2:3362008/91‑1 (MQ=255) ccGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCa < 2:1218224/91‑1 (MQ=255) ccGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCa < 1:1103686/91‑1 (MQ=255) cGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCAc < 1:1018761/91‑1 (MQ=255) gAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActactt > 2:1677441‑M1/1‑85 (MQ=255) aaTATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACtt > 2:1621720/1‑91 (MQ=255) atatGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACttt < 1:433281/91‑1 (MQ=255) tatGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTa > 1:3423789/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATc > 1:632749/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaa > 1:3585127‑M1/1‑76 (MQ=255) ttttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATa < 1:146982/91‑1 (MQ=255) ttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagt < 2:2350459‑M1/91‑18 (MQ=255) aaaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgc < 2:2827339‑M1/91‑20 (MQ=255) aaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgct < 1:1798360‑M1/91‑21 (MQ=255) aaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgct < 1:230590‑M1/91‑21 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:1169743‑M2/91‑2 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttc < 2:3585073‑M1/91‑23 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttc < 1:1099566‑M1/91‑23 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc > 2:859424‑M2/1‑89 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttct < 1:497871‑M1/91‑24 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct < 2:3515270‑M2/91‑4 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct > 1:1371345‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctcc < 2:1326650‑M1/91‑26 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 2:2798882‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:1056503‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:1002704‑M1/91‑27 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc < 1:369995‑M2/91‑8 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgca < 1:2088512‑M1/91‑29 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccaca < 1:746256‑M1/91‑29 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTCGtctccgca < 2:124315‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca > 1:1740807‑M2/1‑83 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca < 2:1829893‑M2/91‑9 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattgattgttttttattttataatagcattgaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCa > 2:2944909‑M1/54‑91 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATGAGTAGTCTCCGCa > 2:2244393‑M1/54‑91 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 1:3808899‑M2/91‑11 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 1:2019038‑M2/91‑11 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata > 2:651425‑M2/1‑81 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 2:2023301‑M2/91‑11 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt < 2:513017/91‑1 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt < 1:2997953/91‑1 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt > 1:1141462/1‑91 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGCCTCCGCATAtt > 1:3521919/1‑91 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt < 1:3850597/91‑1 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt < 1:1077848/91‑1 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt < 2:960679/91‑1 (MQ=255) tatGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGAGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTaa < 1:550269/91‑1 (MQ=255) atGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAAt > 1:313082/1‑91 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc > 1:1618090/1‑91 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:3867972/91‑1 (MQ=255) aaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatt > 1:2597744/1‑91 (MQ=255) aacaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatta < 2:1966435/91‑1 (MQ=255) acCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaa > 2:1342596/1‑91 (MQ=255) acCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaa > 2:1097234/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:708408/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:3488648/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 1:366965/1‑91 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:917035/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:918919/91‑1 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa > 1:1590706/1‑91 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtata < 1:1231963‑M2/91‑35 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa < 2:3262432/91‑1 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa > 2:1779800/1‑91 (MQ=255) aTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATaaaaa > 2:2504921/1‑91 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 2:634801/1‑91 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 2:3662145/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat < 2:2601227/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 2:2438049/1‑91 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:1260997/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:1995784/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTg > 2:3120260/1‑91 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:992838/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg > 1:1783703/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |