| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 141 (0.740) | 31 (0.190) | 14/140 | NT | 19.3% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 136 (0.820) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
AGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACT > USA300TCH1516_ALE/2021393‑2021572 | aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:1169743‑M2/91‑2 (MQ=255)aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 2:20053‑M2/91‑2 (MQ=255)aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:2891281‑M2/91‑2 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc > 2:857741‑M2/1‑89 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct > 1:1371345‑M2/1‑88 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct < 2:3515270‑M2/91‑4 (MQ=255) tAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctc < 2:914675‑M2/91‑5 (MQ=255) taagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGc > 1:3482234‑M1/55‑91 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTCGtctccgca < 2:124315‑M2/91‑9 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgca > 1:1740807‑M2/1‑83 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattgattgttttttattttataatagcattgaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCa > 2:2944909‑M1/54‑91 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCa > 2:521435‑M1/54‑91 (MQ=255) aagtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCa > 1:2723691‑M1/54‑91 (MQ=255) gtagagtactgccagcaattaattgttttttattttataatagcattaaaaTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCata > 1:1097467‑M1/52‑91 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 2:2023301‑M2/91‑11 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 1:3808899‑M2/91‑11 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 1:2019038‑M2/91‑11 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat < 2:1299856/91‑1 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat < 2:1329585/91‑1 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt < 2:513017/91‑1 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt > 1:392116/1‑91 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGCCTCCGCATAtt > 1:3521919/1‑91 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt < 1:3850597/91‑1 (MQ=255) gCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGc < 2:1917264/91‑1 (MQ=255) acaaacaaCCACAAATTATACAATTTAAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCta < 2:1371684/91‑1 (MQ=255) aaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatt > 1:2597744/1‑91 (MQ=255) aaacaaCCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatt < 1:1465658/91‑1 (MQ=255) caacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATtata < 2:2496147/91‑1 (MQ=255) ccACAAATTATCCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGCGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:1098538/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:1813916/1‑91 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 2:3488648/1‑91 (MQ=255) cacaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaat < 1:302388/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:918919/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata < 1:917036/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaata > 2:374577/1‑91 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa < 1:2262700/91‑1 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa > 1:1590706/1‑91 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtata < 1:1231963‑M2/91‑35 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa < 2:3262432/91‑1 (MQ=255) ttATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATaaaaaa > 2:2557428/1‑91 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 2:640651/1‑91 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 2:187194/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTAAAAAAAAAAAAAAAACa < 2:1628686/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAACCACTTTATCGATAAGTAACCTCCGCATATTTTAATGCTATTATCAAATAAAAAACa > 2:3385889/1‑91 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:1260997/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:1995784/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:863048/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatta > 2:2645388/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTg > 2:3120260/1‑91 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg > 1:1783703/1‑91 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:992838/91‑1 (MQ=255) aaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATAAAAAAAAAAAAAACAATTAATTGCTGGc < 2:1423979/91‑1 (MQ=255) aCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCa < 1:3433963/91‑1 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg > 2:2280572/1‑91 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg < 1:405259/91‑1 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc < 1:3617999/91‑1 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc > 2:1210014/1‑91 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCGTATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct > 1:3363449/1‑91 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:1662546/91‑1 (MQ=255) aaTTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTActc < 2:2356598/91‑1 (MQ=255) ATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACt < 1:1854857‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctc < 1:2632888‑M2/91‑64 (MQ=255) tGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctc < 1:2088512‑M2/91‑64 (MQ=255) cGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcat < 1:1056503‑M2/91‑66 (MQ=255) cGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcat < 1:1002704‑M2/91‑66 (MQ=255) CGGAGAAGCACTTTATTGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaa < 2:1203763‑M1/91‑1 (MQ=255) CGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaa < 1:1900588‑M1/91‑1 (MQ=255) GGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaaa > 1:1882221‑M1/1‑91 (MQ=255) GGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTaaa > 1:3629696‑M1/1‑91 (MQ=255) GAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaat > 2:2597744‑M1/1‑91 (MQ=255) agaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattat < 1:622979‑M2/91‑69 (MQ=255) agaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattat < 1:497871‑M2/91‑69 (MQ=255) gaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatc < 2:3587021‑M2/91‑70 (MQ=255) gaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatc < 2:3585073‑M2/91‑70 (MQ=255) gaAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatc < 1:1099566‑M2/91‑70 (MQ=255) AAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaataat < 2:2822098‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatctt < 1:1798360‑M2/91‑72 (MQ=255) gCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatcttt < 1:1308267‑M2/91‑73 (MQ=255) cACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATaaa > 2:2342854/1‑91 (MQ=255) aCTTTATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatctttaa < 2:661612‑M2/91‑75 (MQ=255) aCTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAg < 1:2530669/91‑1 (MQ=255) aCTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAg < 1:3157025/91‑1 (MQ=255) cTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAgg < 2:1052968/91‑1 (MQ=255) cTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAgg > 1:1719377/1‑91 (MQ=255) tttATCGATAAGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatctttaaaa > 1:3585073‑M2/1‑15 (MQ=255) ttATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGc < 1:3692525/91‑1 (MQ=255) ttATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGc < 1:3701035/91‑1 (MQ=255) aTAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTaa > 1:801324/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTaa > 1:1623443/1‑91 (MQ=255) aaGTAGtctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatctttaaaatccatattc > 2:1677441‑M2/1‑6 (MQ=255) aaGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATa < 1:2305609/91‑1 (MQ=255) agtagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAg > 2:384705/1‑91 (MQ=255) agtagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAg > 2:845524/1‑91 (MQ=255) tagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGa < 2:102282/91‑1 (MQ=255) tagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGa < 1:682190/91‑1 (MQ=255) tagtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGa < 1:681550/91‑1 (MQ=255) agtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGAc < 1:3152459/91‑1 (MQ=255) agtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGAc < 1:2438049/91‑1 (MQ=255) gtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACt < 2:405463/91‑1 (MQ=255) gtCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACt < 2:1170478/91‑1 (MQ=255) | AGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACT > USA300TCH1516_ALE/2021393‑2021572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |