| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 150 (0.790) | 21 (0.130) | 14/136 | NT | 13.2% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 148 (0.920) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
AAAAACAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACT > USA300TCH1516_ALE/2160297‑2160477 | aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAACAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg > 1:3118841/1‑91 (MQ=255) aaaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTg > 1:1971433/1‑91 (MQ=255) aaaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGt > 1:3404866/1‑91 (MQ=255) aaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTa < 1:2560961/91‑1 (MQ=255) aaCAAGATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTa < 2:3764112/91‑1 (MQ=255) gATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTGACTGTAAAATc > 1:3513582/1‑91 (MQ=255) gATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATc > 1:3251946/1‑91 (MQ=255) gATAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATc < 2:1895650/91‑1 (MQ=255) tAGCGAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGc < 2:3050213/91‑1 (MQ=255) aaCAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATag > 2:100948‑M2/1‑89 (MQ=255) ctgtggatagctataatatcagcgtttttattgtgaataaaaaaattaaaatttgtaaaaaaATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGtt > 1:1119106‑M1/63‑91 (MQ=255) aaaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttag < 1:1331673‑M1/91‑20 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 2:2807909‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagt < 2:1943690‑M1/91‑23 (MQ=255) 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cGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATGCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttttttt > 1:1710520/1‑91 (MQ=255) gCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTa < 1:2964756/91‑1 (MQ=255) aTGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatattttt < 1:3026497‑M1/91‑36 (MQ=255) tGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatattttta < 1:1249577‑M1/91‑37 (MQ=255) tGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACaaa > 1:2240693/1‑91 (MQ=255) tGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACaaa > 1:1767243/1‑91 (MQ=255) gTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTatagcgattttacagttagagttatgtatatttttat < 2:1932107‑M1/91‑38 (MQ=255) cgtttttattgtgaataaaaaaattagaatgtgtaaaaaaACAACTCTAAGTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAaattt > 2:3409483‑M1/41‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |