| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160387 | 150 (0.790) | 21 (0.130) | 14/136 | NT | 13.2% | intergenic (+20/‑341) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2160400 | 148 (0.920) | intergenic (+33/‑328) | yheS/mutS_2 | putative ABC transporter ATP‑binding protein YheS/DNA mismatch repair protein MutS | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTATTTTTTTACAAATTTTAATTTTTTTATTCACAATAAAAACGCTGATATTATAGCTATCCACAGACTTATCCTAGTTACC > USA300TCH1516_ALE/2160311‑2160490 | gAACAAAAATTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATa < 2:2517603‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagtta < 1:3220805‑M2/91‑6 (MQ=255) aaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttaga < 2:2331742‑M2/91‑8 (MQ=255) aaaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttaga < 1:1809750‑M2/91‑8 (MQ=255) aaTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagag < 2:2807909‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagt < 1:164235‑M2/91‑10 (MQ=255) ttAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagtt < 2:1491617‑M2/91‑11 (MQ=255) ttAGAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATagttagagtt > 1:3291017‑M2/1‑81 (MQ=255) gtaGAACACGCGATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTGTAAAAATATACATAACTCTTACTGCAAATTCGCTATaggtagagtt > 2:1780310‑M2/2‑81 (MQ=255) gAACACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAtt < 2:69886/91‑1 (MQ=255) aaCACGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttt > 1:3824097/1‑91 (MQ=255) cacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttttt > 2:1716678/1‑91 (MQ=255) cacGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATACATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttttt > 2:2713070/1‑91 (MQ=255) cGCTATGTCTAAATGGGAAGAATTACAACAAAAACTATAAAAATATGCATAACTCTAACTGTAAAATCGCTATAGTTAGAGTTAttttttt > 1:1710520/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |