| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2349040 | 176 (0.920) | 22 (0.130) | 15/146 | NT | 11.2% | coding (915/1137 nt) | clpB_3 | Chaperone protein ClpB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2349060 | 189 (1.090) | coding (895/1137 nt) | clpB_3 | Chaperone protein ClpB | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
ATATGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAATTA > USA300TCH1516_ALE/2348950‑2349130 | atatGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGT > 1:2311516‑M1/1‑91 (MQ=255) atGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTgtgt < 1:3561268/91‑1 (MQ=255) atGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTgtgt < 1:2631975/91‑1 (MQ=255) tGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGtt > 1:1496758/1‑91 (MQ=255) gCGGTAACTATTTTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTa > 1:2220563/1‑91 (MQ=255) gCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCTTTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGttt > 2:2440080/1‑90 (MQ=255) ggTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTaaa < 1:3804087/91‑1 (MQ=255) tAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAata < 1:1928499/91‑1 (MQ=255) aCTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAAtata < 1:2473273/91‑1 (MQ=255) aTTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATaaaa > 2:2131975/1‑91 (MQ=255) tcttttttctttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAAt > 1:93496/1‑91 (MQ=255) cttttttttttttTTTTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTCTTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAACTATAAAAAtt > 2:563083/1‑91 (MQ=255) ttttttctttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAAttt < 2:830414/91‑1 (MQ=255) ttttttctttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAAttt > 2:3300434/1‑91 (MQ=255) ttttttctttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAAttt < 2:2494014/91‑1 (MQ=255) tttctttttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTGAATATAAAAATTTAAt > 2:3714001/1‑91 (MQ=255) tttttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacag < 1:1897583‑M1/91‑25 (MQ=255) tttttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacag < 1:1897780‑M1/91‑25 (MQ=255) tttttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacag < 1:3415367‑M1/91‑25 (MQ=255) tttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATacag > 2:342132‑M2/1‑87 (MQ=255) ttttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacagg < 2:2776546‑M1/91‑26 (MQ=255) ttttcATGTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacagg < 1:1958150‑M1/91‑26 (MQ=255) ttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATacagg < 1:445461‑M2/91‑6 (MQ=255) ttttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATCACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATacagg > 2:3488398‑M2/1‑86 (MQ=255) tttcATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTattaaatttttatatttaacacagga < 1:3863336‑M1/91‑27 (MQ=255) ttCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATacaggaa < 1:3047532‑M2/91‑8 (MQ=255) cATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATc > 1:2696962/1‑91 (MQ=255) cATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTATTAAATTTTTATATTTAACacaggaaga > 2:1846712‑M2/1‑82 (MQ=255) ttAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTAt < 2:226716/91‑1 (MQ=255) gagaTGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCt > 1:3588282/1‑86 (MQ=255) gagaTGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCt < 1:2141164/91‑1 (MQ=255) gagaTGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCt < 2:1023245/91‑1 (MQ=255) gagaTGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCt < 1:2446645/91‑1 (MQ=255) gatgatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAg < 2:165772/91‑1 (MQ=255) gatgatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGAGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAg < 1:3258187/91‑1 (MQ=255) atgatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGa > 2:2647382/1‑91 (MQ=255) atgatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGa < 1:3195998/91‑1 (MQ=255) tgatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGaa < 1:1804564/91‑1 (MQ=255) gatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTCTTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAACACCGGAATCTCCGCTAGaaa > 2:45892/1‑91 (MQ=255) gatAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGaaa < 1:772861/91‑1 (MQ=255) tAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAAt > 2:2336936/1‑91 (MQ=255) aGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATa > 1:2309986/1‑91 (MQ=255) aGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATa < 1:3233993/91‑1 (MQ=255) tATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATAcc > 1:2091198/1‑91 (MQ=255) ttCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGt > 1:3222127/1‑91 (MQ=255) ttCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGt < 2:2316219/91‑1 (MQ=255) tCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGtt > 1:841609/1‑91 (MQ=255) tCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGtt > 2:1115809/1‑91 (MQ=255) tCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGtt > 2:1372443/1‑91 (MQ=255) tCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGtt < 2:2754148/91‑1 (MQ=255) atttaatttaTTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTATTAAATTTTTATATTTAACacaggaagaaaagcagaaagtaatagaaaat > 1:1967990‑M2/1‑60 (MQ=255) tttaatttaTTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTgttaaatataaaaatttaatacaggaagaaaagcagaaagtaatagaaaata > 1:1003391‑M1/1‑39 (MQ=255) tttaatttaTTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTgttaaatataaaaatttaatacaggaagaaaagcagaaagtaatagaaaata > 1:1003359‑M1/1‑39 (MQ=255) tttaatttaTTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTtctc < 2:3353867/91‑1 (MQ=255) 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tgtgTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAAt < 1:1714596/91‑1 (MQ=255) tgtgTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAAt < 2:2499408/91‑1 (MQ=255) tgtgTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAAt > 1:3300904/1‑91 (MQ=255) tgtgTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAAt > 1:2797086/1‑91 (MQ=255) tGTattaaatttttatatttaacacaggaagaaaagcagaaagtaatagaaaataaattaaatgaaatactatcatctctaaatgaaaaag < 1:1267487‑M1/91‑89 (MQ=255) tattaaatttttatatttaacacaggaagaaaagcagaaagtaatagaaaataaattaaatgaaatactatcatctctaaatgaaaaagaa < 1:3660940‑M1/91‑91 (MQ=255) | ATATGCGGTAACTATTCTTTTTTCTTTTTCATTTAGAGATGATAGTATTTCATTTAATTTATTTTCTATTACTTTCTGCTTTTCTTCCTGTGTTAAATATAAAAATTTAATACAGGAATCTATTCTAGAAAATACCGGTTCTCCAATATTAACTATTGCTTCTTCAATACTATTAAAATTA > USA300TCH1516_ALE/2348950‑2349130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |