| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2368663 = | 153 (0.800) | 20 (0.110) | 12/148 | NT | 12.8% | intergenic (‑16/+51) | rpsS/rplB | 30S ribosomal protein S19/50S ribosomal protein L2 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2368705 = | 131 (0.740) | intergenic (‑58/+9) | rpsS/rplB | 30S ribosomal protein S19/50S ribosomal protein L2 | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCTTCCTTCTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCTGAT > USA300TCH1516_ALE/2368573‑2368753 | aaacctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaac < 2:2380793‑M1/1‑1 (MQ=255)aaacctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaac < 1:1991441‑M1/1‑1 (MQ=255) ttccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCcttctt < 1:1277816/91‑1 (MQ=255) cctacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCtta > 2:2299760‑M1/88‑91 (MQ=255) ccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCttat > 2:1344083/1‑91 (MQ=255) ccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCttat > 1:322087/1‑91 (MQ=255) ccttcTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCttag > 2:3849602/1‑90 (MQ=255) tacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCttatt > 2:463108‑M1/86‑91 (MQ=255) tacgcttggtaagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcagcggacaagcttgtcgtacgtggacgtaagaaaacataatataatcaaCttatt > 2:1359197‑M1/86‑91 (MQ=255) gcttggttagaaaactcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaacttatctgg > 2:3444090‑M1/83‑87 (MQ=255) cttGAGCTTCAACTTTTTTCATTAACTGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtg < 1:3599963/91‑1 (MQ=255) tGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTAtgtg < 2:1083979/91‑1 (MQ=255) ctcTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 1:2297153/89‑1 (MQ=255) aGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 2:1260248/91‑1 (MQ=255) aGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 1:2472139/91‑1 (MQ=255) aGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcg < 1:1829111/91‑1 (MQ=255) cTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATgtgcgtg < 2:2046042/91‑1 (MQ=255) tCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCa > 1:3138935/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc > 2:2855080/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTACTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCGTCTTATTATGTGCGTGCAGCtt > 2:2946135/1‑91 (MQ=255) cTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCtt < 1:146809/91‑1 (MQ=255) actcgtcgtggtaaaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCttt < 1:705822‑M1/22‑1 (MQ=255) aattttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCttt > 2:7714/3‑91 (MQ=255) tttttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGACGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTa > 1:3178665/1‑91 (MQ=255) ttttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTaa > 2:2781044/1‑91 (MQ=255) tttCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTTCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAg < 2:3383206/91‑1 (MQ=255) tCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGcc > 2:1723129/1‑91 (MQ=255) cATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc > 1:3822000/1‑82 (MQ=255) cATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCg > 2:1739740/1‑91 (MQ=255) aTTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc > 2:2090756/1‑81 (MQ=255) aTTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc > 2:2089666/1‑81 (MQ=255) aTTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGc < 1:2089939/81‑1 (MQ=255) tAAATTCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGcac > 2:2157005/1‑91 (MQ=255) tAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGcac < 1:1373047/91‑1 (MQ=255) aaaTGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGcaca > 1:3481777/1‑91 (MQ=255) aTGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAcc < 2:807445/91‑1 (MQ=255) aTGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAcc < 1:1058694/91‑1 (MQ=255) aaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAccc > 1:2840854‑M1/57‑91 (MQ=255) aaaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACAccc > 2:323153‑M1/57‑91 (MQ=255) gCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa > 1:222299/1‑91 (MQ=255) gCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa < 2:639028/91‑1 (MQ=255) aaaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCa > 2:1996379‑M1/56‑91 (MQ=255) aaatcatcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaa > 2:1873299‑M1/55‑91 (MQ=255) tCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaca > 2:435411/1‑89 (MQ=255) tCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCaaa > 2:552198/1‑91 (MQ=255) aagcatcagacaagcgtatcgttcggggacggaagaaaaactaatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTGAGCCGCACACCCaaa > 2:3486264‑M1/54‑91 (MQ=255) cATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAAt < 2:743615/91‑1 (MQ=255) aTCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGCGCCATTTGGGCGCCTCACTTCTTCTTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCCCACCCAAATa > 1:173266/1‑91 (MQ=255) aTCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATa < 1:532839/91‑1 (MQ=255) aTCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATa < 2:3347815/91‑1 (MQ=255) tCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATaa > 2:3002398/1‑91 (MQ=255) atcagacaaacttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAg > 1:1473937‑M1/50‑91 (MQ=255) gacgaAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGt < 2:3138935/91‑1 (MQ=255) acgaAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACCCCCAAATAAGtt < 1:2967548/91‑1 (MQ=255) gaAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGa > 2:1040509/1‑91 (MQ=255) aaaGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGat > 1:1415102/1‑91 (MQ=255) aGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGc < 1:3295261/71‑1 (MQ=255) aGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGc > 2:3295261/1‑71 (MQ=255) gTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattata < 1:1235113/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatat < 1:70387/91‑1 (MQ=255) tCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatat < 1:2074988/91‑1 (MQ=255) cttatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatat > 2:831878‑M1/40‑91 (MQ=255) ccTTTTTTAATACTACTAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACTCCCAAATAAGTTGattatatt < 2:2395721/91‑1 (MQ=255) ccTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatatt < 2:76852/91‑1 (MQ=255) tatcgttcgtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGattatatta > 1:3563624‑M1/38‑91 (MQ=255) tttttAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATattatt < 1:1876459/91‑1 (MQ=255) tAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTAtttttt > 2:2528971/1‑91 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc < 1:3202023/91‑1 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc < 1:1389848/91‑1 (MQ=255) aaTACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTc > 2:272108/1‑91 (MQ=255) gtggacgtaagaaaaaataatataatcaaCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCt > 2:705822‑M1/30‑91 (MQ=255) tactacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCtt > 1:929895/1‑91 (MQ=255) actacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTa > 2:3213295/1‑91 (MQ=255) ctacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGGTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTAc < 1:3084395/91‑1 (MQ=255) ctacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTAc < 1:1595650/91‑1 (MQ=255) ctacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTAc < 1:981851/91‑1 (MQ=255) tacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACg > 1:3535305/1‑91 (MQ=255) tacGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACg < 1:733490/91‑1 (MQ=255) cGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTc > 2:28904/1‑91 (MQ=255) 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cTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGtgt > 2:198707/1‑89 (MQ=255) tCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTg > 1:2688748/1‑91 (MQ=255) ccgtcttATTATGTGCGTGCAGCTCTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTc < 2:3599192/88‑1 (MQ=255) ccTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTc > 1:2608963/1‑91 (MQ=255) ccTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTc > 1:171018/1‑91 (MQ=255) cttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCt > 1:592333/1‑91 (MQ=255) cttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCt < 2:1619137/91‑1 (MQ=255) ttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtg < 1:1104556/91‑1 (MQ=255) ttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtg < 1:1609206/91‑1 (MQ=255) ttcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtg > 1:412429/1‑91 (MQ=255) tcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtga < 1:2045840/91‑1 (MQ=255) tcttATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtga < 1:2368282/91‑1 (MQ=255) CTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCtgat < 1:3545317‑M1/91‑1 (MQ=255) | GCTTCCTTCTTGAGCTTCAACTTTTTTCATTAAATGCTCATCGACGAAAGGTCCTTTTTTAATACTACGAGCCATTTGGGCGCCTCCCTTCTTATTATGTGCGTGCAGCTTTAAGCCGCACACCCAAATAAGTTGATTATATTATTTTTTCTTACGTCCACGAACGATAAGTTTGTCTGAT > USA300TCH1516_ALE/2368573‑2368753 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |