| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383757 | 136 (0.710) | 28 (0.170) | 15/136 | NT | 18.7% | intergenic (‑76/+41) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383774 | 128 (0.790) | intergenic (‑93/+24) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAC > USA300TCH1516_ALE/2383667‑2383847 | ttgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGc > 2:324660‑M1/80‑91 (MQ=255)ttgagcaagttaaaccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGc < 2:1400093‑M1/12‑1 (MQ=255) tATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAg > 1:3158023/1‑91 (MQ=255) aTCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGt < 1:2750853/91‑1 (MQ=255) tCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTc > 2:2900021/1‑91 (MQ=255) cacaGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCt > 2:3698193/1‑91 (MQ=255) ccgcgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTa > 2:209573‑M1/66‑91 (MQ=255) aGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGTCAGTCTTAt > 1:3713945/1‑91 (MQ=255) aGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTAt > 2:2066916/1‑91 (MQ=255) gTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATg > 2:3780051/1‑91 (MQ=255) tACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcattt < 1:1656392‑M1/91‑18 (MQ=255) tACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 2:3403826/1‑91 (MQ=255) cgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 1:462693‑M1/63‑91 (MQ=255) cgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 1:2322799‑M1/63‑91 (MQ=255) cgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 2:764881‑M1/63‑91 (MQ=255) aCTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttg < 1:747380‑M1/91‑19 (MQ=255) tttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGc > 1:1863337‑M1/61‑91 (MQ=255) cTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgc < 2:1161866‑M1/91‑20 (MQ=255) cTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgc < 1:898558‑M1/91‑20 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg > 1:3431120‑M2/1‑88 (MQ=255) ggcccccACTTACACTAGAGTCAAAAATATGCAACTCGACCGTTCTATAGTGTATAAAATAAGCTGAACGCAAATGACAGTCGTAGGAGct < 2:174870/89‑2 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:3659327‑M2/1‑86 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt < 1:3450713‑M2/91‑6 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:1497270‑M2/1‑86 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc < 1:2117345‑M2/91‑7 (MQ=255) acaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaataggtgaacgactgAGATCTGAACGCAAATGCCAGTCTTATGAGCGTTc > 2:1977323‑M1/57‑91 (MQ=255) cccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttca < 1:992078‑M1/91‑25 (MQ=255) ccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttcag < 2:1128888‑M1/91‑26 (MQ=255) tttCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagattt < 2:3149051‑M2/91‑13 (MQ=255) tCACGATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa < 1:3235890/91‑1 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttcagat < 1:973666‑M1/86‑28 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg > 2:1914383/1‑91 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 2:330357/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 2:1416206/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 1:3583057/1‑91 (MQ=255) attaaaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:2311889/5‑91 (MQ=255) atTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:2520851/1‑91 (MQ=255) tCAAAGATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAAt < 2:525891/91‑1 (MQ=255) tCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAAt < 1:2908965/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCt < 1:2189026/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCt < 1:599202/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTa < 1:3435371/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 1:2657992/1‑91 (MQ=255) tcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt > 1:2235176‑M1/34‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt < 2:1564160/91‑1 (MQ=255) tatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAtttt > 1:2120671/1‑91 (MQ=255) atTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATc < 2:3092799/84‑1 (MQ=255) ttttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCtcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatgg < 2:3520250‑M1/91‑50 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAATGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:3097280/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt < 1:1964791/91‑1 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 2:3747464/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:2549961/1‑91 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt < 2:2227273/91‑1 (MQ=255) tCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTaa < 2:648954/91‑1 (MQ=255) 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atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAGTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 2:802642/91‑1 (MQ=255) tgtAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaa < 2:2084313/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCTAATGACAGTCTTATTAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt < 1:3323103/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt > 1:3390731/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt > 2:2780754/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt < 1:1024782/90‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaattt > 1:3513774/1‑91 (MQ=255) aaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatttt < 1:2771199/91‑1 (MQ=255) 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aaCGCtcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagaggggg > 1:1497269‑M1/1‑5 (MQ=255) aaCGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagaggggg < 2:2722559‑M2/91‑70 (MQ=255) cGCtcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaa > 2:960504‑M1/1‑3 (MQ=255) cGCtcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaa > 2:3535166‑M1/1‑3 (MQ=255) cGCtcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaa < 1:3655337‑M1/91‑89 (MQ=255) CGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTACTTTTAGCTTTTGTTaa < 2:2977736‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTaa > 2:3207882‑M1/1‑91 (MQ=255) ctcataagactgtcatttgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaagt > 2:3203805‑M1/1‑1 (MQ=255) cAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaagt < 1:747516‑M2/91‑74 (MQ=255) cAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaagt < 1:2665134‑M2/91‑74 (MQ=255) cAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaagt < 1:824139‑M2/91‑74 (MQ=255) cAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaatatttttgaatatagtgaaagagggggaagt < 2:1202316‑M2/91‑74 (MQ=255) CAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAc > 1:2403082‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAc > 1:1686390‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAGCTTTTTTATCACAGTACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAAC > USA300TCH1516_ALE/2383667‑2383847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |