| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383757 | 136 (0.710) | 28 (0.170) | 15/136 | NT | 18.7% | intergenic (‑76/+41) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2383774 | 128 (0.790) | intergenic (‑93/+24) | swrC/femX | Swarming motility protein SwrC/Lipid II:glycine glycyltransferase | |||||
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
TACTTCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATATTTTAATTTTAGCTTTTGTTAAACGCGGTTTAACTTGCTCA > USA300TCH1516_ALE/2383684‑2383864 | cgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 1:462693‑M1/63‑91 (MQ=255)cgtttaacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGa > 1:2322799‑M1/63‑91 (MQ=255) aCTCCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAg > 2:3201177‑M2/1‑90 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg > 2:960504‑M2/1‑88 (MQ=255) ttCCCCCTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcg > 1:3431120‑M2/1‑88 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt < 1:3450713‑M2/91‑6 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 2:2091561‑M2/1‑86 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:3659327‑M2/1‑86 (MQ=255) cccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgtt > 1:1497270‑M2/1‑86 (MQ=255) aacaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGtt > 1:1897266‑M1/58‑91 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc < 1:1682190‑M2/91‑7 (MQ=255) ccccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttc < 2:1082738‑M2/91‑7 (MQ=255) acaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaataggtgaacgactgAGATCTGAACGCAAATGCCAGTCTTATGAGCGTTc > 2:1977323‑M1/57‑91 (MQ=255) acaaaagctaaaattaaaatatctcgtaaattaaaacgaaaatagattaacgactgAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTc > 1:985342‑M1/57‑91 (MQ=255) ccTCTTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcag > 2:698542‑M2/1‑83 (MQ=255) tctTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 2:1840341‑M2/1‑81 (MQ=255) tctTTCACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagat > 1:1688194‑M2/1‑81 (MQ=255) tCACGATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCa < 1:3235890/91‑1 (MQ=255) cACTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAg > 2:1914383/1‑91 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 1:2267902/1‑91 (MQ=255) aCTATATTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGt > 2:330357/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 1:3582913/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 1:283711/1‑91 (MQ=255) tataTTCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCg > 2:1416206/1‑91 (MQ=255) attaaaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTa > 2:2308087/5‑91 (MQ=255) tCAAAAATATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAAt < 1:2908965/91‑1 (MQ=255) aaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCt > 2:3354159/1‑91 (MQ=255) aaaaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCt < 1:2189026/91‑1 (MQ=255) aaaaTATTTTACGCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTa < 2:3229511/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 2:3073915/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 1:349969/1‑91 (MQ=255) aaaTATTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAt > 1:2657992/1‑91 (MQ=255) atatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAttt < 2:1564160/91‑1 (MQ=255) tatTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTAtttt > 1:2120671/1‑91 (MQ=255) atTTTACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTc < 2:62671/91‑1 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAATAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 2:796873/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAATGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:3097280/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 2:3747464/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt > 1:2549961/1‑91 (MQ=255) ttACTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtt < 1:1964791/91‑1 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt < 2:2227273/91‑1 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt < 2:1381166/91‑1 (MQ=255) aCTCAACCATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGtttt > 2:238763/1‑91 (MQ=255) ccATTCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAgcgttcagatttttttacacaatatagaatggttgagtaaaa < 2:3520250‑M2/91‑43 (MQ=255) ttCTATATTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACga < 2:2520254/91‑1 (MQ=255) atatTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGata > 2:2857770/1‑91 (MQ=255) atatTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGata > 1:2131931/1‑91 (MQ=255) atTGTGTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatt < 1:2082277/91‑1 (MQ=255) tgtgTAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATatttt < 2:260601/91‑1 (MQ=255) gtAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaat < 1:363970/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCTAATGACAGTCTTATTAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt < 1:3323103/91‑1 (MQ=255) tAAAAAAATCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt > 1:3390731/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaatt < 1:1024782/90‑1 (MQ=255) aaaaaaaTCTGAACGCAAATGACAGTCTTATGAGCGTTCAGATTTCAGTCGTTAATCTATTTTCGTTTTAATTTACGAGATattttaattt < 2:2075288/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |