| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421927 | 149 (0.780) | 35 (0.200) | 18/146 | NT | 20.0% | intergenic (+43/+49) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421954 | 145 (0.840) | intergenic (+70/+22) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
GCAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTGTCCAGC > USA300TCH1516_ALE/2421837‑2422017 | tatgaaaatgatgccaaatgcattagcagctggacaaactaaattcttatataaatcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAAccccc < 1:346222‑M1/7‑1 (MQ=255)gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 1:2761007‑M1/1‑91 (MQ=255)gcAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCC > 2:3747849‑M1/1‑91 (MQ=255) cAATTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTAAAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCa < 2:731166/91‑1 (MQ=255) aaTTAGTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCat > 2:2183061/1‑91 (MQ=255) gTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGtt < 2:1973512/91‑1 (MQ=255) gTGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGtt > 2:3500709/1‑91 (MQ=255) tGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTg < 2:666355/91‑1 (MQ=255) tGCCGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTg > 1:3738141/1‑91 (MQ=255) ccGTTCAAGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAg > 1:713768/1‑91 (MQ=255) aGGTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagag > 1:1503872‑M1/1‑74 (MQ=255) gTGAGAAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagct < 2:3876043‑M1/91‑20 (MQ=255) gagaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCa > 1:2390980/1‑91 (MQ=255) gagaAACCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCa < 1:2798327/91‑1 (MQ=255) 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ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatat < 1:2299110‑M1/91‑28 (MQ=255) ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAc < 2:3662262/91‑1 (MQ=255) ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAc < 2:471378/91‑1 (MQ=255) cccaatTTTTCGTTAACCAACAATTGAATCTATTATAATACCATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatg < 2:2674589‑M1/89‑29 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatg < 2:2653923‑M1/91‑29 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg < 2:1715980‑M2/91‑2 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:3623486‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:3078215‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:1324382‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:3405838‑M2/1‑90 (MQ=255) acaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatgg < 2:2457709‑M1/91‑30 (MQ=255) caATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatggg < 1:1473658‑M1/91‑31 (MQ=255) aaTTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatgggg < 2:1360946‑M1/91‑32 (MQ=255) aaTTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggg < 2:2030516‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggg < 2:1243728‑M2/91‑5 (MQ=255) aTTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCgtatgttgaaacgagagctcaacatatggggg < 2:1503872‑M1/91‑33 (MQ=255) 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aactaaattcttatataaatcgaaagaataataatacaacactatgagAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGtttt > 2:1452411‑M1/49‑91 (MQ=255) tCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTc < 2:3415193/91‑1 (MQ=255) cGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCa > 2:199762/1‑91 (MQ=255) gTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCat < 2:1972864/91‑1 (MQ=255) tAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCatat < 2:3343808/91‑1 (MQ=255) aaCTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAtt > 1:448779/1‑91 (MQ=255) aCTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAttg > 2:2683822/1‑91 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:268006/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta < 2:281135/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta < 1:1065201/91‑1 (MQ=255) atTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatt < 2:2826908/91‑1 (MQ=255) gAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGTGGTTTTCATATTGTTGTattatt < 2:3084865/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAttt < 1:3577692/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAtttt < 1:3807859/91‑1 (MQ=255) tttATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAttttt > 2:1351464/1‑91 (MQ=255) ttattaTAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTtttc < 1:1282189/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |