| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421927 | 149 (0.780) | 35 (0.200) | 18/146 | NT | 20.0% | intergenic (+43/+49) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2421954 | 145 (0.840) | intergenic (+70/+22) | USA300HOU_RS12475/hpxO | Putative 2‑hydroxyacid dehydrogenase/FAD‑dependent urate hydroxylase | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CCACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTATTTTTCTTTCGATTTATATAAGAATTTAGTTTGTCCAGCTGCTAATGCATTTGGCATCATTTTCAT > USA300TCH1516_ALE/2421864‑2422044 | ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAc < 2:471378/91‑1 (MQ=255)ccACAATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATAc < 2:3662262/91‑1 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:1324381‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg > 1:3405838‑M2/1‑90 (MQ=255) cacaATTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACg < 2:1715980‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTTGTCGTTAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggg < 2:1023960‑M2/91‑5 (MQ=255) 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ttAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCata < 1:1053937/91‑1 (MQ=255) tAACTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCatat > 2:2685746/1‑91 (MQ=255) aaCTAATAATTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAtt > 1:448779/1‑91 (MQ=255) taataaTTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAttgtt < 2:2132977/91‑1 (MQ=255) aataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAttgttg < 1:1670013/91‑1 (MQ=255) aataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATAttgttg > 1:2275822/1‑91 (MQ=255) ataatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATtgttgt < 1:268006/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta < 2:141671/91‑1 (MQ=255) taatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGta < 1:753470/91‑1 (MQ=255) aatTGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACgggggttcttgtctttataatg < 1:3717864‑M2/91‑23 (MQ=255) ttGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACGCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatta < 2:3836527/91‑1 (MQ=255) ttGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatta < 2:669985/91‑1 (MQ=255) ttGAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatta < 1:3781786/91‑1 (MQ=255) taactcgaaagaaaaataatacaacaatatgaaAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGtatta > 1:3124812‑M1/34‑91 (MQ=255) gAATTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTattatt < 2:3366529/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTATAATAACATTATAAAAACAAGAACCCCCATATGTTGAGCTCTCGTTTCAACATACGGGGGTTTTCATATTGTTGTATTAttt < 1:3577692/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |