| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2442806 = | 127 (0.670) | 19 (0.130) | 14/128 | NT | 16.9% | intergenic (+3/+55) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2442855 = | 86 (0.570) | intergenic (+52/+6) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TTCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAT > USA300TCH1516_ALE/2442716‑2442896 | tatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaaa < 1:2985748‑M1/4‑1 (MQ=255) tAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAA > 1:950633‑M1/1‑91 (MQ=255) atcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAg > 2:3267699‑M1/87‑91 (MQ=255) atcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAg > 2:1336870‑M1/87‑91 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg > 2:2368162‑M1/86‑91 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg < 2:3539006‑M1/6‑1 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg < 2:2311071‑M1/6‑1 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTCCTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 1:2945836‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG < 1:1018415‑M1/91‑1 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 1:2892604‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 2:584352‑M1/1‑91 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 2:2306947‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAA > 2:2503590‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAA > 1:850763‑M1/1‑91 (MQ=255) tgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTa > 2:2886633‑M1/80‑91 (MQ=255) ggccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTa > 2:1684840‑M1/80‑91 (MQ=255) gTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGA > 2:2985748‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGA > 1:542578‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAT < 2:3339453‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAT > 2:3709452‑M1/1‑91 (MQ=255) ttATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAT > 2:2845466‑M1/1‑91 (MQ=255) tCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTa > 2:759414/1‑91 (MQ=255) tatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTCTTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGc < 2:3065592/91‑1 (MQ=255) tatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGc > 2:1876545/1‑91 (MQ=255) atTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGcc < 1:592064/91‑1 (MQ=255) ttCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCt < 1:2004166/91‑1 (MQ=255) tCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCtt < 1:989085/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTg < 1:3162898/91‑1 (MQ=255) tttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGa < 2:2829040/91‑1 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg > 1:2311071/1‑91 (MQ=255) ttGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAg > 2:1039527/1‑91 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc < 1:1904328/91‑1 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc > 2:689470/1‑91 (MQ=255) aaaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCt > 2:2757174/1‑91 (MQ=255) aaaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAACGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAACTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCt > 2:3610685/1‑91 (MQ=255) ttgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa > 1:3020105‑M1/58‑91 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 1:1229393‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 2:649136‑M2/91‑2 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 2:310654‑M2/91‑2 (MQ=255) tgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAt > 1:501082‑M1/57‑91 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaat < 1:192947‑M1/91‑20 (MQ=255) cacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatc < 1:3649638‑M2/91‑4 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTaa > 2:3024864/1‑73 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 1:2491065‑M2/1‑86 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 2:3216895‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:727030‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:3811610‑M2/91‑6 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataa < 2:2447800‑M2/91‑8 (MQ=255) tGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataa > 1:2131112‑M2/1‑84 (MQ=255) tgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACt > 1:3712839‑M1/50‑91 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 2:431738‑M2/91‑10 (MQ=255) aaGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataactt < 1:2839626‑M1/91‑28 (MQ=255) aaGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataactt > 1:3687683‑M2/1‑81 (MQ=255) gAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGGTATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcc > 2:3348150‑M2/1‑79 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct > 1:3530465‑M2/1‑78 (MQ=255) aaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctt > 2:2267329‑M2/1‑77 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAACGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt < 2:1588094‑M2/91‑16 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt > 1:2460270‑M2/1‑76 (MQ=255) atatAATTAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcatatcttcctttt > 1:1947401‑M2/1‑75 (MQ=255) atatAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctttt < 2:885825‑M2/91‑17 (MQ=255) tataATGAGTA‑TTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:3545931/91‑1 (MQ=255) gtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgaaAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 2:2768422‑M1/41‑91 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttcctttttt < 2:966297‑M1/91‑36 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 1:431738/91‑1 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt < 2:200260/91‑1 (MQ=255) taccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc > 1:1487162‑M1/40‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:109567/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:1535666/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:154535/91‑1 (MQ=255) tGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtt > 1:1393437/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |