| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442880 | 94 (0.490) | 12 (0.070) | 9/142 | NT | 10.4% | coding (488/507 nt) | USA300HOU_RS12585 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2442902 | 123 (0.730) | coding (466/507 nt) | USA300HOU_RS12585 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
ATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCTTGTATTCTAAAT > USA300TCH1516_ALE/2442792‑2442970 | atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 1:479680/1‑91 (MQ=255)atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg > 2:224413/1‑91 (MQ=255)atTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCg < 2:3108613/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa > 2:2775441/1‑91 (MQ=255) ttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGAt < 1:3481037/91‑1 (MQ=255) cAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATaa > 2:1675569/1‑91 (MQ=255) aaTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACg < 1:1697729/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGt > 2:832208/1‑91 (MQ=255) aTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGt < 1:263985/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGt < 1:1957804/91‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAAGGTg > 1:3054459/1‑91 (MQ=255) ttAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTg > 1:667762/1‑91 (MQ=255) tAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTgg < 1:2129821/91‑1 (MQ=255) gataaaaggaagttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTa > 1:1487162‑M2/53‑91 (MQ=255) gAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAGCGTGGTa > 1:1942588/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc > 2:2304240/1‑91 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt > 1:2588804‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATc < 1:3855828‑M1/91‑1 (MQ=255) aaggaagttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTCGATGTTTCGATAACGTGGTACATCt > 2:3355334‑M2/48‑91 (MQ=255) aggaagttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCtt > 1:1150509‑M2/47‑91 (MQ=255) aGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTgataagatgtaccacgtta < 2:3520874‑M1/91‑20 (MQ=255) ggaagttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTa > 1:658997‑M2/46‑91 (MQ=255) ggAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTgataagatgtaccacgttat < 2:2663925‑M1/91‑21 (MQ=255) ggAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTgataagatgtaccacgttat < 2:7398‑M1/91‑21 (MQ=255) agttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa > 1:3712839‑M2/43‑91 (MQ=255) AGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCa < 1:402896‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTATATCTTATCaa < 2:2462178‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaa > 2:3275802‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaa > 1:3146799‑M1/1‑91 (MQ=255) ttatgataggctcaaggccattaaatcataacttccttttATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa > 1:956447‑M2/41‑91 (MQ=255) TTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTAACATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTGGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaa < 1:3396607‑M1/91‑1 (MQ=255) TATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTACCAAAc < 2:2557532‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACa > 1:2272161‑M1/1‑91 (MQ=255) tGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTgataagatgtaccacgttatcgaaacat < 1:835399‑M1/91‑29 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAGCATc < 2:2118444‑M1/91‑1 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:837070‑M1/1‑91 (MQ=255) GATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATc > 1:3766152‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTCATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACAtcg < 2:3838465‑M1/91‑2 (MQ=255) 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tgtgttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaacatcaacacaacaataaaatgataaaaggaagttatgataggctcaaggccat < 2:1366825‑M2/91‑57 (MQ=255) tgtgttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaacatcaacacaacaataaaatgataaaaggaagttatgataggctcaaggccat < 1:2447800‑M2/91‑57 (MQ=255) tgtgttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCt > 1:2025666/1‑91 (MQ=255) gttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCTTGt < 2:670712/91‑1 (MQ=255) gttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCTTGt < 1:1444037/91‑1 (MQ=255) ttgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCaaacatcaacacaacaataaaatgataaaaggaagttatgataggctcaaggccattaaa < 1:614483‑M2/91‑61 (MQ=255) tgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCTTGTAt < 1:2768422/91‑1 (MQ=255) tgATGTTTCGATAACGTGGTACATCTTATCAAACATCAATTCGAAACCATGCACCATGGCATCATGATATTCTTTTTTCTTTTGCTTGTAt < 1:1328704/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |