| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476453 | 197 (1.030) | 9 (0.060) | 6/136 | NT | 4.9% | intergenic (‑198/+42) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476476 | 180 (1.110) | intergenic (‑221/+19) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2476363‑2476543 | cAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAA > 2:602654‑M1/1‑91 (MQ=255) aGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAata > 2:747237/1‑91 (MQ=255) gAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatac < 2:3167031/91‑1 (MQ=255) gAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatac > 2:3103311/1‑91 (MQ=255) gAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatac > 1:2032524/1‑91 (MQ=255) gAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatac < 1:1863432/91‑1 (MQ=255) aaaTGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAataca > 2:1499121/1‑91 (MQ=255) aaTGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatacat > 1:140292/1‑91 (MQ=255) tGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAatacatac < 1:522547/91‑1 (MQ=255) gATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAtacataca < 2:934286/91‑1 (MQ=255) gATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAtacataca > 2:3778077/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATacatacat > 1:834953/1‑91 (MQ=255) aTTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATacatacat < 2:3206257/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATAcatacata < 1:2860030/91‑1 (MQ=255) ttAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATAcatacata > 2:1030757/1‑91 (MQ=255) tAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGCAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAGAGAAGGTGTTCAATACATACatat > 2:3601840/1‑91 (MQ=255) tAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACatat < 2:3628200/91‑1 (MQ=255) aaCTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATAtt < 2:3497100/91‑1 (MQ=255) aaCTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATAtt > 1:2162024/1‑91 (MQ=255) ctttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTa < 2:2354969/91‑1 (MQ=255) ctttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTa < 1:2323890/91‑1 (MQ=255) tttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAg < 1:2962062/91‑1 (MQ=255) ttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAGCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGt < 1:1906385/91‑1 (MQ=255) ttactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGt < 1:2750234/91‑1 (MQ=255) tactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTc > 2:1140425/1‑91 (MQ=255) tactttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTc > 1:1751088/1‑91 (MQ=255) actttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCt > 2:1654374/1‑91 (MQ=255) tttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTta > 1:311773/1‑91 (MQ=255) tttaGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTta > 2:2445756/1‑91 (MQ=255) taGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTtata < 1:2003508/91‑1 (MQ=255) aGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTatat > 1:1597242/1‑91 (MQ=255) aGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTatat < 1:1964848/91‑1 (MQ=255) gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:3680556‑M2/91‑2 (MQ=255) aTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattg < 1:2449899‑M1/91‑27 (MQ=255) gTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaac < 1:1016346‑M2/91‑7 (MQ=255) tACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaaca < 1:711462‑M1/91‑31 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 1:3785787‑M2/1‑82 (MQ=255) tattaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttc > 2:2881823‑M2/1‑79 (MQ=255) ttaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaa < 2:2485342/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa > 2:266577/1‑91 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 2:1706625/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 2:1875046/91‑1 (MQ=255) cATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaaa > 2:449787/1‑91 (MQ=255) ttatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAAcc < 1:2269729/91‑1 (MQ=255) ttatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTAAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAAcc > 1:2576777/1‑91 (MQ=255) tatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCt < 1:3232702/91‑1 (MQ=255) tatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCt > 1:1371708/1‑91 (MQ=255) tttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAt < 1:1525734/91‑1 (MQ=255) ttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAtt > 2:2735106/1‑91 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 1:1547342/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 2:2679990/91‑1 (MQ=255) atGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTa < 2:1243025/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt < 1:6199/91‑1 (MQ=255) aaaGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGa > 1:1011901/1‑91 (MQ=255) aGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGAtt > 1:2472079/1‑91 (MQ=255) gTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTg < 2:617164/91‑1 (MQ=255) gTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTg < 2:1635926/91‑1 (MQ=255) tACTCTCTCAATTATAGCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGc < 2:3706386/91‑1 (MQ=255) tACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGc < 1:3258634/91‑1 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt < 1:881726/91‑1 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt < 1:2591545/91‑1 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt > 2:2221747/1‑91 (MQ=255) ctctctCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCta > 2:3741092/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat > 2:2033/1‑91 (MQ=255) ctctctATTATAACTAAAAAGAAGGCGTTCAATACATACTTATTTAGTCTTATGTTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtata < 1:3606954/91‑1 (MQ=255) ctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtata < 2:3372800/91‑1 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg > 1:735905/1‑91 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg < 2:2239793/91‑1 (MQ=255) tcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGt < 1:2479240/91‑1 (MQ=255) cAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtt < 1:3833784/91‑1 (MQ=255) cAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtt < 2:2188877/91‑1 (MQ=255) aaTTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGttt < 1:2222432/91‑1 (MQ=255) aTTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtttt > 1:849225/1‑91 (MQ=255) ttATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTa > 1:1219518/1‑91 (MQ=255) ttATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTa < 2:1107634/91‑1 (MQ=255) taACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATg < 2:1794290/91‑1 (MQ=255) aCTACAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCg > 1:3066191/1‑91 (MQ=255) aCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCg > 1:254880/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatg < 1:151375‑M2/91‑52 (MQ=255) aaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga < 2:2512906/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga > 1:3722858/1‑91 (MQ=255) gaagGTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttccttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaata > 1:1587830‑M1/1‑12 (MQ=255) agGTGTTCAATACATCCATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataaatgagagagtactttcataaataatgtaataag < 1:3312915‑M2/91‑59 (MQ=255) agGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataag < 1:423066‑M2/91‑59 (MQ=255) agGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAGAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatg > 2:3474034/1‑91 (MQ=255) agGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatg < 1:2209137/91‑1 (MQ=255) ggTGTTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg > 2:3446295‑M1/1‑9 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:1091882/1‑91 (MQ=255) tgtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta > 2:1970356‑M1/1‑7 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta < 1:712513‑M2/91‑62 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACt > 1:136453/1‑91 (MQ=255) gtTCAAatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtac < 2:1446533‑M1/91‑86 (MQ=255) gtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtac < 1:942931‑M2/91‑63 (MQ=255) ttCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTc > 2:555441/1‑91 (MQ=255) cAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTa < 1:1446533/91‑1 (MQ=255) aaatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaatt > 1:2613775‑M1/1‑2 (MQ=255) aaatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaatt > 1:2095100‑M1/1‑2 (MQ=255) aaatataagactaaatatgtatgtattgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtacaatt > 1:1786690‑M1/1‑2 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAt > 2:2826736/1‑91 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATTTGAACAAAATAAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAt < 2:810416/91‑1 (MQ=255) | CAAGAAATGATTAACTTTACTTTAGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAT > USA300TCH1516_ALE/2476363‑2476543 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |