| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476453 | 197 (1.030) | 9 (0.060) | 6/136 | NT | 4.9% | intergenic (‑198/+42) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2476476 | 180 (1.110) | intergenic (‑221/+19) | tcaA/tcaR | Membrane‑associated protein TcaA/HTH‑type transcriptional regulator TcaR | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAATATC > USA300TCH1516_ALE/2476386‑2476566 | aGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTatat < 1:1964848/91‑1 (MQ=255) gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:2164060‑M2/91‑2 (MQ=255) gAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATt < 1:3680556‑M2/91‑2 (MQ=255) aaTTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATtt > 1:1785157‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTGTACCTTATTAAATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttg > 1:2593173‑M2/1‑88 (MQ=255) tGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaa < 2:3757275‑M2/91‑6 (MQ=255) gTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaac < 2:672522‑M2/91‑7 (MQ=255) ccTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacacc > 2:3446054‑M2/1‑82 (MQ=255) tattaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttc > 2:2881823‑M2/1‑79 (MQ=255) attaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCa > 2:494488/1‑91 (MQ=255) ttaCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaa < 2:2485342/91‑1 (MQ=255) taCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaa > 1:2475284/1‑91 (MQ=255) taCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaa < 1:3078472/91‑1 (MQ=255) taCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaa < 1:1403777/91‑1 (MQ=255) taCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAAGACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaa < 1:3273987/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa < 2:1706480/91‑1 (MQ=255) aCATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCaaaa > 2:565652/1‑91 (MQ=255) ttatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAAcc < 1:2269729/91‑1 (MQ=255) ttatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTAAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAAcc > 1:2576777/1‑91 (MQ=255) tatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCt < 1:3232702/91‑1 (MQ=255) tatttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCt > 1:1371641/1‑91 (MQ=255) tttatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAt < 1:1525734/91‑1 (MQ=255) tatGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTAttt < 1:1547342/91‑1 (MQ=255) atGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTa < 2:1243025/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt < 1:6199/91‑1 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt > 1:878571/1‑91 (MQ=255) tGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTAt > 1:2512906/1‑91 (MQ=255) aaaGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGa > 1:1011901/1‑91 (MQ=255) gTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTg < 2:1635926/91‑1 (MQ=255) gTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTg > 1:189713/1‑91 (MQ=255) tACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGc < 2:934068/91‑1 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt > 2:3528446/1‑91 (MQ=255) aCTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCt > 2:2717318/1‑91 (MQ=255) ctctctCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCta > 1:1214282/1‑91 (MQ=255) tctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtat < 1:1323568/91‑1 (MQ=255) ctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGGTTGCtata < 2:2773396/91‑1 (MQ=255) ctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtata < 1:2666009/91‑1 (MQ=255) ctctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCtata < 1:3814492/91‑1 (MQ=255) tctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTatat > 2:3857117/1‑91 (MQ=255) tctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTatat > 1:1254028/1‑91 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg > 1:2457237/1‑91 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg < 2:2239793/91‑1 (MQ=255) ctcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATg > 1:735905/1‑91 (MQ=255) tcAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGt < 2:1931122/91‑1 (MQ=255) cAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtt < 1:3833784/91‑1 (MQ=255) cAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGtt > 1:473045/1‑91 (MQ=255) aaTTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGttt < 2:1059542/91‑1 (MQ=255) aaTTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGttt > 2:2335272/1‑91 (MQ=255) ttATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTa > 2:2194698/1‑91 (MQ=255) tataAGTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACGCCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTaa < 2:3141004/91‑1 (MQ=255) tataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTaa > 1:1585552/1‑91 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 2:3321819/91‑1 (MQ=255) ataACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAAt < 2:2666285/91‑1 (MQ=255) aaCTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGc > 1:3387198/1‑91 (MQ=255) tAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTg < 1:2007573/72‑1 (MQ=255) tAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgat < 2:2159338/91‑1 (MQ=255) aaaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatg < 1:151375‑M2/91‑52 (MQ=255) aaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga < 2:2512906/91‑1 (MQ=255) aaaaGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatga > 1:2215011/1‑91 (MQ=255) aaaGAAGGTGTTCAATTCATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCgatgat < 2:3712352/91‑1 (MQ=255) aagaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgatt < 2:2421275/91‑1 (MQ=255) agaagGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGAtgattg > 1:324995/1‑91 (MQ=255) agGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataag < 1:423066‑M2/91‑59 (MQ=255) agGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAGAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatg > 2:3474034/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataagg < 2:3669634‑M2/91‑60 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga > 1:1091882/1‑91 (MQ=255) ggTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATtgatga < 1:2389851/91‑1 (MQ=255) tgtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggta < 1:711462‑M2/91‑62 (MQ=255) gtTCAATACATACATATTTAGTCTTATATttgaacaccttctttttagttataattgagagagtactttcataaataatgtaataaggtac < 1:942931‑M2/91‑63 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:3782774/91‑1 (MQ=255) tCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCt < 1:822141/91‑1 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAt > 2:3069166/1‑91 (MQ=255) atacatacATATTTAGTCTTATATTTGAACAAAATAAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAAt < 2:810416/91‑1 (MQ=255) tacatacaTATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATa < 1:2821136/91‑1 (MQ=255) atacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACtt < 2:1101907/91‑1 (MQ=255) atacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACtt > 1:3119895/1‑91 (MQ=255) tacataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTg < 1:2481635/91‑1 (MQ=255) cataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGcc < 2:2658234/91‑1 (MQ=255) cataTTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGcc > 1:2260529/1‑91 (MQ=255) atatTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCt > 2:179714/1‑91 (MQ=255) atatTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCt < 1:3476988/91‑1 (MQ=255) atTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTa < 2:2738582/91‑1 (MQ=255) tttAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTAc < 1:2851007/91‑1 (MQ=255) ttAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACa > 2:1831893/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt > 1:1882165/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt > 1:1508635/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt > 2:3258226/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAt > 2:1678042/1‑91 (MQ=255) tAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCCTACAt > 2:3139329/1‑91 (MQ=255) aGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAtt > 2:171066/1‑91 (MQ=255) tCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACAtttt > 1:1640590/1‑91 (MQ=255) cTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTc < 2:1488710/91‑1 (MQ=255) cTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTc < 2:835010/91‑1 (MQ=255) cTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTc > 2:1874408/1‑91 (MQ=255) ttATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCa > 2:605416/1‑91 (MQ=255) ttATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCa < 2:198809/91‑1 (MQ=255) tataTTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCaa < 1:93727/91‑1 (MQ=255) tataTTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCaa > 2:1438038/1‑91 (MQ=255) tatTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAata < 1:1678042/91‑1 (MQ=255) atTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAatat > 1:3715741/1‑91 (MQ=255) | AGAATTGTACCTTATTACATTATTTATGAAAGTACTCTCTCAATTATAACTAAAAAGAAGGTGTTCAATACATACATATTTAGTCTTATATTTGAACACCTTCAAAAACCTATTTATGATTGCTATATGTTTTAATGCGATGATTGATGACTTCTAATACTTGCCTTACATTTTCAATATC > USA300TCH1516_ALE/2476386‑2476566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |