| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2483096 | 184 (0.970) | 24 (0.150) | 12/136 | NT | 13.7% | intergenic (+16/‑147) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2483113 | 146 (0.900) | intergenic (+33/‑130) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
GTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAA > USA300TCH1516_ALE/2483007‑2483186 | tACAAGCCAATTCACACAAAGTAACTAGTATGTAACCACGTTTACTATTACACGGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaaaaa < 1:3609722/91‑1 (MQ=255) aCAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaaaaaa > 2:1286704/1‑91 (MQ=255) aCAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGaaaaaa > 1:1614768/1‑91 (MQ=255) aaTCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACa < 1:2906707/91‑1 (MQ=255) cAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTc < 1:3634239/91‑1 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg > 2:607185/1‑91 (MQ=255) aTTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTg < 2:2763898/91‑1 (MQ=255) ttCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGt > 2:256902/1‑91 (MQ=255) ttCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGt < 1:2472124/91‑1 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAGTAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatg < 2:895352‑M1/91‑15 (MQ=255) cacacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttt < 2:457461/91‑1 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt < 1:3025893/91‑1 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt < 1:269715/91‑1 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:2498417/1‑91 (MQ=255) cacaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:483314/1‑91 (MQ=255) aattttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGttttt > 1:1007731‑M1/64‑91 (MQ=255) attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 2:2199549‑M1/63‑91 (MQ=255) agtttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 2:1890078‑M1/63‑91 (MQ=255) acaAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 2:3480362/1‑91 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttt < 2:226611‑M1/91‑19 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttt < 2:2484967‑M1/91‑19 (MQ=255) caAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttt < 1:1177645‑M1/91‑19 (MQ=255) aaaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtt < 2:2667635‑M2/91‑3 (MQ=255) ttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt > 2:200925‑M1/60‑91 (MQ=255) ttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCT‑AAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 2:1761572‑M1/60‑91 (MQ=255) aaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgtttttt < 2:990545‑M1/91‑21 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:587645‑M1/59‑91 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:20175‑M1/59‑91 (MQ=255) aGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttc < 1:1819233‑M1/91‑22 (MQ=255) aGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttc > 2:1571192‑M2/1‑87 (MQ=255) gttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCa > 1:723853‑M1/58‑91 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 2:481092‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag < 2:3509530‑M2/91‑7 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagg < 1:1275795‑M2/91‑8 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAATAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga < 2:3358190‑M2/91‑9 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggag > 1:1564789‑M2/1‑82 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggag < 2:2083279‑M2/91‑10 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggag > 2:1437488‑M2/1‑82 (MQ=255) gAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggagg < 1:1200698‑M2/91‑11 (MQ=255) aGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCGGAAAAAACATTTCTCTTTTTAtttcaggaggt < 1:3320253‑M2/91‑12 (MQ=255) gTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggta < 1:545796‑M1/91‑30 (MQ=255) aTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc < 1:3794584/91‑1 (MQ=255) tGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCt > 2:1689436/1‑91 (MQ=255) tGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCt > 1:3053256/1‑91 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 1:2276258/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 1:2620385/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACAATTCTGTTTTTATTTCAGGAGATATCttt > 2:708988/1‑91 (MQ=255) aaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt > 2:1348486‑M1/46‑91 (MQ=255) accTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTatat < 1:2177679/91‑1 (MQ=255) accTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTatat < 1:3213752/91‑1 (MQ=255) accTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTAACTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTatat < 2:2308966/91‑1 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGaa < 2:2311552/91‑2 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt > 2:339854/1‑91 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt < 1:773297/91‑1 (MQ=255) 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acggCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGATAGAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTc < 1:814598/88‑1 (MQ=255) tGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTa < 1:3401790/91‑1 (MQ=255) gCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAg > 1:3783182/1‑91 (MQ=255) aataatTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCAc < 2:417748/91‑1 (MQ=255) ataatTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACt > 1:188614/1‑91 (MQ=255) atTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTaa < 1:1474562/91‑1 (MQ=255) tCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACa > 1:2218237/1‑91 (MQ=255) cACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAt < 2:2650505/91‑1 (MQ=255) 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TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 2:1539300‑M1/91‑1 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 1:653976‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCAt < 1:1794011‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCAt < 1:915211‑M1/91‑1 (MQ=255) ctcctGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcg > 1:1842847‑M1/1‑9 (MQ=255) tcctGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgt < 1:1663533‑M1/91‑84 (MQ=255) tcctGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgt > 2:655622‑M1/1‑8 (MQ=255) cctGAAAtaaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgtt < 2:918122‑M1/91‑85 (MQ=255) 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AAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTcaacaa > 2:1377247‑M1/1‑91 (MQ=255) aataaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttacttt > 1:564831‑M1/1‑2 (MQ=255) aaaaaCATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttacttt < 1:1949602‑M2/91‑73 (MQ=255) ataaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttactttg > 2:302414‑M1/1‑1 (MQ=255) ataaaaacagaaatgttttttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttactttg < 2:1456053‑M1/91‑91 (MQ=255) aaaaCATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttactttg < 1:2395726‑M2/91‑74 (MQ=255) | GTACAATCCAATTCACACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAA > USA300TCH1516_ALE/2483007‑2483186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |