| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2483096 | 184 (0.970) | 24 (0.150) | 12/136 | NT | 13.7% | intergenic (+16/‑147) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2483113 | 146 (0.900) | intergenic (+33/‑130) | hssS/USA300HOU_RS12790 | Heme sensor protein HssS/putative HTH‑type transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
ACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGG > USA300TCH1516_ALE/2483023‑2483203 | attttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 1:2237394‑M1/63‑91 (MQ=255)agtttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTa > 2:1890078‑M1/63‑91 (MQ=255) cAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAt < 2:1456053‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtt < 2:2309790‑M2/91‑3 (MQ=255) aaaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtt < 2:2667467‑M2/91‑3 (MQ=255) ttgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt > 2:200925‑M1/60‑91 (MQ=255) aaGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAttt < 1:3830296‑M2/91‑4 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:587645‑M1/59‑91 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:2277190‑M1/59‑91 (MQ=255) tgttgaatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTc > 1:20175‑M1/59‑91 (MQ=255) gTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttca > 2:2192837‑M2/1‑86 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 2:430256‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcag > 2:504966‑M2/1‑85 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagg < 1:1275795‑M2/91‑8 (MQ=255) aaCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagg < 2:917992‑M2/91‑8 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAATAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga < 2:3358190‑M2/91‑9 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga > 1:2104057‑M2/1‑83 (MQ=255) aCGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcagga > 2:655622‑M2/1‑83 (MQ=255) cGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggag > 1:1564789‑M2/1‑82 (MQ=255) aatggtagaaattaaatgttaagtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCaggag > 2:3877570‑M1/54‑91 (MQ=255) aTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc < 1:1825548/91‑1 (MQ=255) aTGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATc < 1:3794584/91‑1 (MQ=255) gTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCtt < 1:2512757/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCttt < 1:2620385/91‑1 (MQ=255) tAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACAATTCTGTTTTTATTTCAGGAGATATCttt > 2:708988/1‑91 (MQ=255) aaCCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCtttt > 2:2531779/1‑91 (MQ=255) aaCCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCtttt < 1:1149570/91‑1 (MQ=255) accaccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTta > 2:2751544/1‑91 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata > 2:1654970/1‑91 (MQ=255) caccTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTtata > 2:208677/1‑91 (MQ=255) accTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTatat < 1:2177679/91‑1 (MQ=255) tttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGa > 1:705346/1‑91 (MQ=255) tttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGa > 1:1362420/1‑91 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt > 2:339854/1‑91 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt < 2:958861/91‑1 (MQ=255) ttACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAt < 2:2966896/91‑1 (MQ=255) tACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGAtt < 1:773297/91‑1 (MQ=255) cTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAg < 2:342212/91‑1 (MQ=255) cTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAg > 2:1442765/1‑91 (MQ=255) agtggctagaaagcgctaatcaatataaaagaTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgc > 1:338236‑M1/33‑91 (MQ=255) aTTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgcg > 1:3815758/1‑91 (MQ=255) aTTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgcg < 1:3648364/91‑1 (MQ=255) aTTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgcg > 1:2783594/1‑91 (MQ=255) aTTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAgcg > 1:789786/1‑91 (MQ=255) tACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCt > 1:1681625/1‑91 (MQ=255) tACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCt < 1:3204976/91‑1 (MQ=255) tACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCt < 1:2751544/91‑1 (MQ=255) tGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTa < 2:2242141/91‑1 (MQ=255) gCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAg > 2:1504880/1‑91 (MQ=255) ataatTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACt > 1:188614/1‑91 (MQ=255) ataatTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACt > 2:2811686/1‑91 (MQ=255) ataatTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACt > 2:2839235/1‑91 (MQ=255) atTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTaa > 2:1811309/1‑91 (MQ=255) atTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTaa > 1:3401769/1‑91 (MQ=255) atTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTaa < 1:1474562/91‑1 (MQ=255) aCTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAtt > 2:2920861/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATCTCTACCTCCCGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAtt < 1:3415125/91‑1 (MQ=255) cTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAttt > 2:307609/1‑91 (MQ=255) cTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAttt < 1:332485/91‑1 (MQ=255) cTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACAttt < 1:1717472/91‑1 (MQ=255) ttAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTaa > 1:728777/1‑91 (MQ=255) aaTCTCTTCCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAGCATTTAAtt < 1:1952745/91‑1 (MQ=255) aaTCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAAtt < 1:1190511/91‑1 (MQ=255) ttctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCt > 1:1626638/2‑91 (MQ=255) ctctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCt < 2:3753244/91‑1 (MQ=255) tctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTa > 1:1518989/1‑91 (MQ=255) ctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacata < 2:130305‑M2/91‑62 (MQ=255) ctACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTCCTAc > 2:3068406/1‑91 (MQ=255) tACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatac < 1:545796‑M2/91‑63 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 2:1539300‑M1/91‑1 (MQ=255) TACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTAcc < 1:2494740‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCAt < 1:915103‑M1/91‑1 (MQ=255) ctGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgtta < 2:2400662‑M2/91‑69 (MQ=255) CTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTcaa > 2:1681625‑M1/1‑91 (MQ=255) tGAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttac < 1:822521‑M2/91‑70 (MQ=255) TGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTcaac < 2:3210599‑M1/91‑1 (MQ=255) TGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTcaac > 1:435672‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAAAAACATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttact < 1:1818405‑M2/91‑71 (MQ=255) 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aaaaCATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttactttg < 2:226611‑M2/91‑74 (MQ=255) aaaCATTTCTGTTTTTAtttcaggaggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaaggtggttacatactcgttactttgt < 2:2558288‑M2/91‑75 (MQ=255) aaCATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAAtt > 1:959700/1‑91 (MQ=255) aaCATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAAtt > 1:1675322/1‑91 (MQ=255) cATTTCTGTTTTTAtttcaggcggtagagattaaagtgaattatttggcagtgtaatagtaaagctgtttacatactcgttactttgtgtg < 2:3489189‑M2/91‑78 (MQ=255) cATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTa > 2:570792/1‑91 (MQ=255) tttCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTaaa > 1:3077959/1‑91 (MQ=255) ttCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAat < 2:1726166/91‑1 (MQ=255) tCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAata > 1:3535743/1‑91 (MQ=255) cTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAatat < 2:821389/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAatata > 2:2124084/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAatata < 1:1379757/91‑1 (MQ=255) tttttATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATc < 2:1362420/91‑1 (MQ=255) aTTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATgg > 1:2258245/1‑91 (MQ=255) | ACAAAGTAACGAGTATGTAACCACCTTTACTATTACACTGCCAAATAATTCACTTTAATCTCTACCTCCTGAAAAAACATTTCTGTTTTTATTTCAGGAGGTATCTTTTATATTGATTAGCGCTTTCTAGCCACTTAACATTTAATTTCTACCATTCAACAAAATTTAAATATATCGATGG > USA300TCH1516_ALE/2483023‑2483203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |