| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2504209 | 189 (0.990) | 8 (0.050) | 7/144 | NT | 4.1% | intergenic (+134/‑131) | ydaG/USA300HOU_RS12890 | General stress protein 26/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2504234 | 209 (1.220) | intergenic (+159/‑106) | ydaG/USA300HOU_RS12890 | General stress protein 26/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
AACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAG > USA300TCH1516_ALE/2504119‑2504299 | aaCAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACAC > 1:2348785‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACttt > 1:3825392/1‑91 (MQ=255) aTGTTAAATGCTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACCCACTTTa > 1:1947152/1‑91 (MQ=255) aTGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTa > 1:2018457/1‑91 (MQ=255) ttAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTc < 1:3467912/91‑1 (MQ=255) tAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTca < 2:645681/91‑1 (MQ=255) aaTACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTcaca > 2:752013/1‑91 (MQ=255) aTACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACAt < 2:405461/91‑1 (MQ=255) tACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACAtt < 2:3423651/91‑1 (MQ=255) tAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAAc > 1:1209878/1‑91 (MQ=255) tAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAAc < 2:17857/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACg < 1:880721/91‑1 (MQ=255) aaTAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTg < 2:1742309/91‑1 (MQ=255) aaTAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTg > 1:2507588/1‑91 (MQ=255) aTAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGa < 2:2468323/91‑1 (MQ=255) aCTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTa < 1:3741000/91‑1 (MQ=255) cTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAg > 1:2595047/1‑91 (MQ=255) tCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAgg > 1:99377/1‑91 (MQ=255) cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg < 2:92361‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg < 2:2909841‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg > 1:471801‑M2/1‑90 (MQ=255) cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg < 2:2657559‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg > 2:1269025‑M2/1‑90 (MQ=255) gCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgt < 1:1640497‑M2/91‑3 (MQ=255) cTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtg < 2:387612‑M2/91‑4 (MQ=255) ataATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtg > 1:319004‑M2/1‑86 (MQ=255) taATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACcctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgt < 1:3294727‑M1/91‑32 (MQ=255) taATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgt < 1:1431629‑M2/91‑7 (MQ=255) aTTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtct < 1:2608334‑M2/91‑9 (MQ=255) aTTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtct < 1:3816263‑M2/91‑9 (MQ=255) tAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttt < 2:2892905/91‑1 (MQ=255) tAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttt < 2:3838189/91‑1 (MQ=255) aaaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCtttt > 2:805517/1‑91 (MQ=255) aaaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCtttt > 1:3640450/1‑91 (MQ=255) aaaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCtttt > 1:1402862/1‑91 (MQ=255) aaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttttt < 2:470373/91‑1 (MQ=255) aaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttttt < 1:2560461/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaa > 2:662796/1‑91 (MQ=255) gtgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaa < 2:2487650/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaa < 1:2760985/91‑1 (MQ=255) tgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaaa > 1:2272017/1‑91 (MQ=255) tgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaaa < 2:15621/91‑1 (MQ=255) tatGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAttt < 2:1902259/91‑1 (MQ=255) tatGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAttt < 2:1900567/91‑1 (MQ=255) atGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAtttt < 1:2085454/91‑1 (MQ=255) atGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAtttt < 1:1592634/91‑1 (MQ=255) gTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTAt < 2:1125882/91‑1 (MQ=255) tttACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATg > 1:2484826/1‑91 (MQ=255) aCAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTaa > 2:2980091/1‑91 (MQ=255) tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa < 2:2809961/91‑1 (MQ=255) tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa > 1:3406345/1‑91 (MQ=255) caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa < 1:1801/91‑1 (MQ=255) caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa > 1:148694/1‑91 (MQ=255) caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTAATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa > 1:1001265/1‑91 (MQ=255) aattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAAt > 1:1855498/1‑91 (MQ=255) aattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAAt < 2:2022399/91‑1 (MQ=255) attTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATa > 2:564963/1‑91 (MQ=255) attTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATa < 2:442889/91‑1 (MQ=255) ttGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACt > 1:2695889/1‑91 (MQ=255) ttGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACt < 2:3580068/91‑1 (MQ=255) tGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTg < 2:1386964/91‑1 (MQ=255) gCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAGTGc > 1:3125420/1‑91 (MQ=255) gCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGc < 1:1880990/91‑1 (MQ=255) gCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGc < 1:3701916/91‑1 (MQ=255) cAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAGTACTGCa > 1:1938560/1‑91 (MQ=255) cAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCa > 1:2475094/1‑91 (MQ=255) tGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCAttt < 1:3067550/91‑1 (MQ=255) gTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTg < 2:941796/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTCATATAAATACTGCATTTGCaaa > 2:2951530/1‑91 (MQ=255) tGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCaaa > 1:3243538/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACt > 2:144476/1‑91 (MQ=255) ttttttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACt < 2:1254743/91‑1 (MQ=255) tttttAGACACACcctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacact < 2:3758654‑M1/91‑79 (MQ=255) ttAGTCACACTTTATTCACTTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATTAATACTGCATTTGCAAACTGTTg < 2:1154320/91‑1 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTg < 1:3799785/91‑1 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTg < 2:2091069/91‑1 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTg < 1:444941/91‑1 (MQ=255) ttAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTg < 1:2547423/91‑1 (MQ=255) aGACACACcctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaat < 1:3816134‑M1/91‑84 (MQ=255) aGACACACcctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaat < 1:2995208‑M1/91‑84 (MQ=255) aGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaat < 1:601471‑M2/91‑59 (MQ=255) gACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCAc < 2:1809830/91‑1 (MQ=255) acacaccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaatta < 1:1126998‑M1/91‑86 (MQ=255) acacacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACt > 1:2511475/1‑91 (MQ=255) acacacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAAATAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACt > 2:3476191/1‑91 (MQ=255) cacaccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattat > 1:338460‑M1/1‑5 (MQ=255) cacacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattat < 1:764153‑M2/91‑62 (MQ=255) cacacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACtt > 1:2160149/1‑91 (MQ=255) acaccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattata < 2:2316202‑M1/91‑88 (MQ=255) acacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACttt < 1:2951530/91‑1 (MQ=255) cacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattatag < 1:3867456‑M2/91‑64 (MQ=255) cacTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACtttt < 1:351728/91‑1 (MQ=255) accctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattatagc < 1:3580068‑M1/91‑90 (MQ=255) accctaatcacgttaaatgtgaataaagtatgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttcattatagc > 2:3381513‑M1/1‑2 (MQ=255) acTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTa < 1:2657559/91‑1 (MQ=255) acTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTa < 2:368612/91‑1 (MQ=255) ccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattatagcg > 1:470781‑M1/1‑1 (MQ=255) ccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattatagcg < 1:2091517‑M1/91‑91 (MQ=255) ccctaatcacgttaaatgtgaataaagtgtgtctaaaaaacaatacattgcaaattgaattgtaaacatattaaacactttaattatagcg > 1:1624853‑M1/1‑1 (MQ=255) cTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAg < 1:678018/91‑1 (MQ=255) | AACAATGTTAAATACTTAAAATAACTCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAG > USA300TCH1516_ALE/2504119‑2504299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |