New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 2504209189 (0.990)8 (0.050) 7/144 NT 4.1% intergenic (+134/‑131) ydaG/USA300HOU_RS12890 General stress protein 26/hypothetical protein
?USA300TCH1516_ALE = 2504234 209 (1.220)intergenic (+159/‑106) ydaG/USA300HOU_RS12890 General stress protein 26/hypothetical protein
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 278 total aligned reads displayed.

TCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAA  >  USA300TCH1516_ALE/2504144‑2504324
                                                                                          |                                                                                          
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 cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg                                                                                           <  1:2224164‑M2/91‑2 (MQ=255)
 cGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGg                                                                                           <  2:2657559‑M2/91‑2 (MQ=255)
  gCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgt                                                                                          <  1:1640497‑M2/91‑3 (MQ=255)
   cTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtg                                                                                         <  2:387612‑M2/91‑4 (MQ=255)
    tataATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgt                                                                                        <  2:2316202‑M2/91‑5 (MQ=255)
       aaTTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGgtgtgtc                                                                                     >  1:2590835‑M2/1‑84 (MQ=255)
          tAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttt                                                                                  <  2:2892905/91‑1 (MQ=255)
           aaaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCtttt                                                                                 >  1:1482461/1‑91 (MQ=255)
            aaGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCttttt                                                                                <  2:470373/91‑1 (MQ=255)
             aGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTa                                                                               >  1:3205100/1‑91 (MQ=255)
              gtgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaa                                                                              <  2:2487843/91‑1 (MQ=255)
              gtgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaa                                                                              >  2:662643/1‑91 (MQ=255)
               tgtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTaaa                                                                             >  1:2272017/1‑91 (MQ=255)
                gtTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaat                                                                            <  1:3252668/91‑1 (MQ=255)
                 tttAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTACCGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt                                                                           <  1:2524172/91‑1 (MQ=255)
                 tttAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt                                                                           <  1:804095/91‑1 (MQ=255)
                 tttAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaatt                                                                           >  1:3804926/1‑91 (MQ=255)
                    aaTATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAaattaat                                                                        <  1:3550069/91‑1 (MQ=255)
                      tatGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAttt                                                                      <  2:1900567/91‑1 (MQ=255)
                      tatGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAAttt                                                                      <  2:3795627/91‑1 (MQ=255)
                         gTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTAt                                                                   <  2:1128535/91‑1 (MQ=255)
                            tACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTa                                                                >  2:761275/1‑91 (MQ=255)
                             aCAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTaa                                                               <  2:894021/91‑1 (MQ=255)
                                  tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa                                                          >  1:250317/1‑91 (MQ=255)
                                  tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa                                                          <  1:1964719/91‑1 (MQ=255)
                                  tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa                                                          <  1:3760460/91‑1 (MQ=255)
                                  tcaattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaa                                                          >  1:3406345/1‑91 (MQ=255)
                                   caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa                                                         <  1:1801/91‑1 (MQ=255)
                                   caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa                                                         >  1:2084878/1‑91 (MQ=255)
                                   caattTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTAATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATaaa                                                         >  1:1001265/1‑91 (MQ=255)
                                     attTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATa                                                       <  2:442889/91‑1 (MQ=255)
                                     attTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATa                                                       >  1:979626/1‑91 (MQ=255)
                                      tttGCAATGTATTGTTTTTTAGACAGACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATAc                                                      <  1:3621979/91‑1 (MQ=255)
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                                        tGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTg                                                    <  2:1386964/91‑1 (MQ=255)
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                                                                       tCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATaa                     <  1:1416015/91‑1 (MQ=255)
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                                                                          caTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAg                  <  1:2087672/91‑1 (MQ=255)
                                                                           aTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGa                 >  1:1610106/1‑91 (MQ=255)
                                                                           aTTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGa                 <  2:3075922/91‑1 (MQ=255)
                                                                             ttAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAAt               <  1:1999346/91‑1 (MQ=255)
                                                                              tAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAAtt              >  2:2766953/1‑91 (MQ=255)
                                                                               aaCGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTa             <  1:1400130/91‑1 (MQ=255)
                                                                               aaCGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTa             >  1:3327138/1‑91 (MQ=255)
                                                                                aCGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTaa            >  1:918354/1‑91 (MQ=255)
                                                                                 cGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAAc           <  1:1866726/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 cGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAAc           <  2:2320627/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 cGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAAc           <  1:2452925/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  gTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACt          >  1:3525493/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  gTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACt          <  2:502289/91‑1 (MQ=255)
                                                                                    gATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTAc        >  1:1111370/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACa       >  1:1528983/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       tAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACAtt     >  1:2106330/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        aGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACAttt    <  2:3421481/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        aGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACAttt    <  2:2358719/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         gggTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGTATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTa   >  2:2767726/1‑91 (MQ=255)
                                                                                         gggTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTa   >  1:527205/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          ggTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTaa  <  1:1133109/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
TCGCTATAATTAAAGTGTTTAATATGTTTACAATTCAATTTGCAATGTATTGTTTTTTAGACACACTTTATTCACATTTAACGTGATTAGGGTGTGTCTTTTTAAATTAATTTTATGTAATATAAATACTGCATTTGCAAACTGTTGCACTTTTAGGTATAACAGAATTAACTACATTTAA  >  USA300TCH1516_ALE/2504144‑2504324

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.