| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2537764 | 149 (0.780) | 22 (0.130) | 14/138 | NT | 13.0% | intergenic (+118/+36) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2537785 | 166 (1.010) | intergenic (+139/+15) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
CTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGC > USA300TCH1516_ALE/2537674‑2537854 | tAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCata > 1:3687026/1‑91 (MQ=255) cTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATac > 1:3596002/1‑91 (MQ=255) cTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATac > 2:116939/1‑91 (MQ=255) cTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACGATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATac < 2:2952652/91‑1 (MQ=255) atatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATacac < 1:49887/91‑1 (MQ=255) tatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcact < 1:2030424/91‑1 (MQ=255) tatTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcact < 2:1438984/91‑1 (MQ=255) tttCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATAcactcac > 1:3758399/1‑91 (MQ=255) tCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATgtacacaaggag > 2:163086‑M1/1‑79 (MQ=255) tCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACactcactc < 2:2658960/91‑1 (MQ=255) tCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACactcactc < 2:1230223/91‑1 (MQ=255) gAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACCATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTCCATATACACTCACTCCt > 2:1501556/1‑91 (MQ=255) cTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATgtacacaaggagtgagtgtata < 2:1237118‑M1/91‑23 (MQ=255) tAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatat < 1:2745766‑M1/91‑24 (MQ=255) gCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgc > 1:2598489‑M2/1‑87 (MQ=255) cTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATTTTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgca > 1:346645‑M2/1‑86 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcag > 2:967417‑M2/1‑85 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcag > 2:2722764‑M2/1‑85 (MQ=255) cGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagc < 2:2679222‑M2/91‑8 (MQ=255) gTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCAGATATTTAAGAGCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagct < 1:3090947‑M1/91‑30 (MQ=255) gTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagct < 1:2834895‑M2/91‑9 (MQ=255) tAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctct < 1:544160‑M2/91‑11 (MQ=255) tAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctct < 1:2615618‑M2/91‑11 (MQ=255) atatAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttt < 1:2164124/91‑1 (MQ=255) tataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaa < 1:3299268‑M1/91‑35 (MQ=255) aaaCTCTATACTTCACTATGTCCTTACATGACTTCACTTATTTAAGAGCTGCATATTCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt < 2:3200644/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt < 1:758494/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt > 1:1133313/1‑91 (MQ=255) aaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTta > 1:2884260/1‑91 (MQ=255) aCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtat < 1:3506547/91‑1 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:3542259/91‑1 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGCGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaa < 1:2139617‑M2/91‑23 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 2:1870936/91‑1 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta > 1:1013328/1‑91 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTC‑TTTTTTATAagtagt > 2:3654922/1‑91 (MQ=255) aCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtagt > 1:3130429/1‑91 (MQ=255) cTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAgtagta < 1:2214780/91‑1 (MQ=255) cTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAgtagta < 1:92533/91‑1 (MQ=255) ttAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAt > 1:1330048/1‑91 (MQ=255) aCTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTa > 2:2428149/1‑91 (MQ=255) cTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTAt > 2:2768655/1‑91 (MQ=255) tATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATc < 1:1746457/91‑1 (MQ=255) ttCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtat < 2:1960353/91‑1 (MQ=255) cTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAAc < 2:2193236/91‑1 (MQ=255) ttACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAACTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACt < 1:1599920/91‑1 (MQ=255) tACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACtt < 1:2284640/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagtt < 1:163086‑M2/91‑42 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc < 2:3539770/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc > 2:1667749/1‑91 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc > 1:873860/1‑91 (MQ=255) cATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCt < 1:3373651/91‑1 (MQ=255) aCTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa > 2:3475904/1‑65 (MQ=255) aCTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAat > 2:3435452/1‑91 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACCCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc > 1:709289/1‑91 (MQ=255) ttCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTGTTTATCTATAACTTCTAAatca < 1:3190395/91‑1 (MQ=255) ttCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatca > 2:1744873/1‑91 (MQ=255) tCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcat < 2:1810683/91‑1 (MQ=255) tCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCCATAACTTCTAAatcat > 2:3709276/1‑91 (MQ=255) cacaTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcatc > 2:2706972/1‑91 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 2:1532396/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 1:533485/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg > 2:877872/1‑91 (MQ=255) 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agagCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatcgagtttatatta < 1:3004608‑M1/91‑82 (MQ=255) agagCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatatta < 2:2371024‑M1/91‑82 (MQ=255) agagCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatatta < 1:3787233‑M1/91‑82 (MQ=255) agagCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatatta < 1:2852486‑M2/91‑61 (MQ=255) agagCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCa > 2:3843372/1‑91 (MQ=255) gagCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaa < 2:3152771‑M1/91‑83 (MQ=255) gagCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCAt > 1:399986/1‑91 (MQ=255) agCTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaac > 1:2453098‑M1/1‑8 (MQ=255) agCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATa < 1:2443945/91‑1 (MQ=255) cTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacga > 2:1039887‑M1/1‑6 (MQ=255) cTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacga > 2:1135233‑M1/1‑6 (MQ=255) cTGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacga > 1:850785‑M1/1‑6 (MQ=255) cTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacga < 1:3379458‑M2/91‑65 (MQ=255) cTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaaa > 1:1223412/1‑91 (MQ=255) tGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgag < 1:97556‑M1/91‑87 (MQ=255) tGCATgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgag > 1:31714‑M1/1‑5 (MQ=255) 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atatACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgagcta < 1:1174255‑M2/91‑69 (MQ=255) atatACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATGAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAg < 2:3409492/91‑1 (MQ=255) aTgtacacaaggagtgagtgtatatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgagcta < 2:3114571‑M1/91‑90 (MQ=255) tataCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGc < 2:3549322/91‑1 (MQ=255) tataCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGc < 1:1370441/91‑1 (MQ=255) tataCACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGc < 1:2221835/91‑1 (MQ=255) | CTAACTATATTTTCGAGTATCCCTAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGC > USA300TCH1516_ALE/2537674‑2537854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |