| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2537764 | 149 (0.780) | 22 (0.130) | 14/138 | NT | 13.0% | intergenic (+118/+36) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2537785 | 166 (1.010) | intergenic (+139/+15) | USA300TCH1516_02423/gpmA_2 | hypothetical protein/2,3‑bisphosphoglycerate‑dependent phosphoglycerate mutase | |||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2537697‑2537875 | aGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatg > 1:946161‑M2/1‑88 (MQ=255) cTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgca < 2:2337997‑M2/91‑6 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcag > 2:1135233‑M2/1‑85 (MQ=255) tCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcag > 2:1039887‑M2/1‑85 (MQ=255) cGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagc < 2:2679222‑M2/91‑8 (MQ=255) gTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagct > 2:354595‑M2/1‑83 (MQ=255) gTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagct > 1:2453098‑M2/1‑83 (MQ=255) tAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTAACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctct < 2:3198430‑M2/91‑11 (MQ=255) tAATATAAACTCGATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctct < 1:3004608‑M2/91‑11 (MQ=255) aaTATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctctt > 1:2498252‑M2/1‑80 (MQ=255) atatAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttt < 1:2161070/91‑1 (MQ=255) ataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttt > 2:137568/1‑91 (MQ=255) ataAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttt < 2:3754232/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCttttttt > 1:1133313/1‑91 (MQ=255) aCTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTtat < 1:3505786/91‑1 (MQ=255) tctATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATaa < 1:3542259/91‑1 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGCGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaa < 1:2139617‑M2/91‑23 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 1:734521/91‑1 (MQ=255) tataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagt < 2:3440689/91‑1 (MQ=255) ataCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagta > 1:1013328/1‑91 (MQ=255) taCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTC‑TTTTTTATAagtagt > 2:3656624/1‑91 (MQ=255) aCTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAagtagt > 1:3130429/1‑91 (MQ=255) ttAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAt > 1:1330048/1‑91 (MQ=255) ttAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTAt > 1:2295150/1‑91 (MQ=255) cTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTAt < 1:3695614/91‑1 (MQ=255) cTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTAt > 1:2916080/1‑91 (MQ=255) tATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATc < 1:1746457/91‑1 (MQ=255) tATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATc > 1:3760283/1‑91 (MQ=255) tttCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCta > 1:3400434/1‑91 (MQ=255) tCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCtata > 1:3509791/1‑91 (MQ=255) cTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAAc < 2:2193236/91‑1 (MQ=255) cTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAAc > 1:2425932/1‑91 (MQ=255) ttACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAACTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACt < 1:1599920/91‑1 (MQ=255) aCATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTc > 1:873860/1‑91 (MQ=255) cATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCt < 1:3373651/91‑1 (MQ=255) ttACTTCTCATATTTAAGAGCTGCATATACCCAAACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTGCTaa < 2:2817067/91‑1 (MQ=255) aCTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAat > 2:3435452/1‑91 (MQ=255) cTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatc < 1:549763/91‑1 (MQ=255) cTTCACATAGTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTC‑TTTTTTATAAGTAGTATTTATCTTTAACTTCTAAatca < 2:3300544/91‑1 (MQ=255) ttCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatca > 2:1744873/1‑91 (MQ=255) tCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcat < 2:1810683/91‑1 (MQ=255) cacaTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcatc > 2:2706972/1‑91 (MQ=255) cacaTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAatcatc < 2:3264966/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 2:1532396/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 2:819002/91‑1 (MQ=255) caTATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCg < 1:533485/91‑1 (MQ=255) tatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGtt > 2:1699442/1‑91 (MQ=255) tatTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTC‑TTTTTTATAAGTAGTATTTCTCTATAACTTCTAAATCATCCGTTa > 1:902354/1‑91 (MQ=255) atTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGGACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTa < 1:3184728/91‑1 (MQ=255) tttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTaa > 2:3529682/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAt > 1:3013498/1‑91 (MQ=255) tAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAAtt < 1:2607907/91‑1 (MQ=255) gagcgCTGCATATACACTCCCTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTCGTACGTAGTATTTATCCATAACGGCTCACTCATCCGGCAATTc < 2:1680704/87‑1 (MQ=255) aaGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTc < 1:3808140/91‑1 (MQ=255) 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agCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTCATTCATa > 2:3843429/1‑91 (MQ=255) gCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaa > 1:2235202/1‑91 (MQ=255) cTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATaaa > 1:1223412/1‑91 (MQ=255) tGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAAc > 1:3042893/1‑91 (MQ=255) cATATACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgagct < 2:1920102‑M2/91‑68 (MQ=255) atatACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaatgaaatagttaagtatagagtttatattaacgagcta < 2:3051983‑M2/91‑69 (MQ=255) atatACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgagcta < 1:2745766‑M2/91‑69 (MQ=255) atatACACTCACTCCTTGTGTACatgcagctcttaaatatgtgaagtaatgtaaggaaatagttaagtatagagtttatattaacgagcta < 1:1174255‑M2/91‑69 (MQ=255) 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tgtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAt < 1:3643141/91‑1 (MQ=255) tgtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAt < 1:2879579/91‑1 (MQ=255) tgtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAt > 1:178953/1‑91 (MQ=255) gtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTCTAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAtt > 1:3271255/1‑91 (MQ=255) gtACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAAtt > 1:2851068/1‑91 (MQ=255) aCATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTc < 1:25457/91‑1 (MQ=255) | TAGCTCGTTAATATAAACTCTATACTTAACTATTTCCTTACATTACTTCACATATTTAAGAGCTGCATATACACTCACTCCTTGTGTACATGCAGCTCTTTTTTTATAAGTAGTATTTATCTATAACTTCTAAATCATCCGTTAATTCATAAACAAGCGGTGCACCTGTTTTAATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2537697‑2537875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |