BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	2632646 =	169 (0.890)	9 (0.050)	8/146	NT	5.7%	intergenic (‑437/+245)	fnbA_1/fnbA_2	Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A
*	?	USA300TCH1516_ALE	2632670 =	144 (0.830)	9 (0.050)	8/146	NT	5.7%	intergenic (‑461/+221)	fnbA_1/fnbA_2	Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

GTCACTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATT  >  USA300TCH1516_ALE/2632556‑2632736

gTCACTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAAtt                                                                                            >  1:955252/1‑91 (MQ=255)

aacgaactgagagataaagttagaattttaaactagtttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattat                                                                                            >  2:2662546‑M1/91‑91 (MQ=255)

  cACTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTa                                                                                          <  1:3813874/91‑1 (MQ=255)

  cACTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTa                                                                                          >  1:1607721/1‑91 (MQ=255)

   aCTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTaa                                                                                         <  1:1072198/91‑1 (MQ=255)

   aCTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTaa                                                                                         >  1:2383660/1‑91 (MQ=255)

   aCTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTaa                                                                                         >  2:3020339/1‑91 (MQ=255)

    cTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAAc                                                                                        >  1:3477739/1‑91 (MQ=255)

    cTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAAc                                                                                        <  1:2002344/91‑1 (MQ=255)

      ctgagagataaagttagaattttaaactagtttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattaTTAACTa                                                                                      <  1:2561091‑M1/7‑1 (MQ=255)

      ataATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTa                                                                                      <  1:1655067/91‑1 (MQ=255)

        aaTTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTaaa                                                                                    <  1:2812346/91‑1 (MQ=255)

         aTTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAAt                                                                                   >  1:2522914/1‑91 (MQ=255)

         aTTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAAt                                                                                   >  2:351082/1‑91 (MQ=255)

         aTTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAAt                                                                                   >  1:1195208/1‑91 (MQ=255)

          tttttATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAAtt                                                                                  >  2:146221/1‑91 (MQ=255)

            tttATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAGTTAAAttta                                                                                <  2:1129526/91‑2 (MQ=255)

            tttATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTg                                                                                >  2:3160800/1‑91 (MQ=255)

            tttATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTg                                                                                <  2:2819474/91‑1 (MQ=255)

              taaagttagaattttaaactagtttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattaTTAACTAAATTTGCa                                                                              >  2:554108‑M1/77‑91 (MQ=255)

               atatCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCAt                                                                             >  1:453717/1‑91 (MQ=255)

                tatCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATc                                                                            >  2:1845965/1‑91 (MQ=255)

                tatCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATc                                                                            >  1:3831192/1‑91 (MQ=255)

                tatCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATc                                                                            >  1:536701/1‑91 (MQ=255)

                 atCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCt                                                                           <  1:2807286/91‑1 (MQ=255)

                  tCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTa                                                                          >  1:491641/1‑91 (MQ=255)

                  tCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTa                                                                          <  1:3400394/91‑1 (MQ=255)

                  tCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTa                                                                          >  2:2812673/1‑91 (MQ=255)

                   cGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAg                                                                         <  2:1935437/91‑1 (MQ=255)

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                       cGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGttga                                                                     <  2:2782379/91‑3 (MQ=255)

                       cGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaa                                                                     <  1:2866002/91‑1 (MQ=255)

                       cGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaa                                                                     >  1:2928483/1‑91 (MQ=255)

                       cGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATGATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCGAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaa                                                                     <  2:3607580/91‑1 (MQ=255)

                        ggTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACTTTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaat                                                                    >  2:3477562/1‑91 (MQ=255)

                         gTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaata                                                                   <  2:2581475/91‑1 (MQ=255)

                          tttaaactagtttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattaTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaataa                                                                  >  1:3647408‑M1/65‑91 (MQ=255)

                                  tgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCAttt                                                          <  1:2964040/91‑1 (MQ=255)

                                  tgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCAttt                                                          <  1:1827197/91‑1 (MQ=255)

                                   gATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTa                                                         >  1:1915619/1‑91 (MQ=255)

                                    aTTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTAt                                                        <  1:260881/91‑1 (MQ=255)

                                     ttttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATc                                                       >  1:3262827/1‑91 (MQ=255)

                                     ttttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATc                                                       <  1:1851950/91‑1 (MQ=255)

                                      tttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCa                                                      <  1:2368845/91‑1 (MQ=255)

                                       ttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaa                                                     <  1:409183/91‑1 (MQ=255)

                                       ttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaa                                                     <  1:3480465/91‑1 (MQ=255)

                                        tAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaaa                                                    >  2:1726243/1‑91 (MQ=255)

                                        tAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaaa                                                    <  1:789214/91‑1 (MQ=255)

                                         aaTGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAAt                                                   <  1:2291891/91‑1 (MQ=255)

                                         aaTGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAAt                                                   >  1:3318871/1‑91 (MQ=255)

                                         aaTGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAAt                                                   >  1:3556856/1‑91 (MQ=255)

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                                            gATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTg                                                <  2:722230/91‑1 (MQ=255)

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                                              ttatttatACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTc                                              <  2:2555961/91‑1 (MQ=255)

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                                                      aCAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGAt                                      >  1:3027134/1‑91 (MQ=255)

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                                                       cAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATc                                     <  2:143047/91‑1 (MQ=255)

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                                                         aaaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCa                                   >  1:1093428/1‑91 (MQ=255)

                                                          aaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCaa                                  >  1:3538202/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAAt                                 >  1:1211691/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAAt                                 >  1:2046806/1‑91 (MQ=255)

                                                           aaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAAt                                 >  2:2726480/1‑91 (MQ=255)

                                                             cAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCt                               >  1:1715293/1‑91 (MQ=255)

                                                             cAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCt                               >  1:3215596/1‑91 (MQ=255)

                                                              aGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTa                              >  2:3829380/1‑91 (MQ=255)

                                                              aGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTa                              >  1:2185102/1‑91 (MQ=255)

                                                               gCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTaa                             <  2:505664/91‑1 (MQ=255)

                                                               gCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTaa                             <  2:1093428/91‑1 (MQ=255)

                                                                ccGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAAt                            >  1:469591/1‑91 (MQ=255)

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                                                                   tATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTg                         >  2:1953979/1‑91 (MQ=255)

                                                                      ttCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTAc                      <  1:3771280/91‑1 (MQ=255)

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                                                                         aaGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTca                   >  1:914768/1‑91 (MQ=255)

                                                                         aaGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTca                   <  2:2338389/91‑1 (MQ=255)

                                                                          aGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcac                  <  2:701196/91‑1 (MQ=255)

                                                                           gCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcaca                 >  1:1337036/1‑91 (MQ=255)

                                                                           gCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcaca                 <  1:2716256/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ccGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACaa                >  1:178885/1‑91 (MQ=255)

                                                                               aCATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACt             >  1:1099183/1‑91 (MQ=255)

                                                                               aCATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACt             >  2:1642520/1‑91 (MQ=255)

                                                                                cATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTa            >  2:2413979/1‑91 (MQ=255)

                                                                                 aTTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAg           <  2:1336882/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttttAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGt          >  2:2380538/1‑91 (MQ=255)

                                                                                      aaaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa      <  1:1389379/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      aaaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGACCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa      >  1:3323405/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       aaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaaa     <  2:1915619/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        aTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaaaa    >  2:1824899/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         tttAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAAt   <  1:2435162/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         tttAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAAt   <  2:14837/91‑1 (MQ=255)

GTCACTATAATTTTTATATCGTTCGGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATT  >  USA300TCH1516_ALE/2632556‑2632736

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.