BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	2632646 =	169 (0.890)	9 (0.050)	8/146	NT	5.7%	intergenic (‑437/+245)	fnbA_1/fnbA_2	Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A
*	?	USA300TCH1516_ALE	2632670 =	144 (0.830)	9 (0.050)	8/146	NT	5.7%	intergenic (‑461/+221)	fnbA_1/fnbA_2	Fibronectin‑binding protein A/Fibronectin‑binding protein A

Only 100 of 207 total aligned reads displayed.

GGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAGTTCGTT  >  USA300TCH1516_ALE/2632580‑2632759

 gTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaata                                                                                          <  2:2581475/91‑1 (MQ=255)

  tttaaactagtttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattaTTAACTAAATTTGCATCTAGTtaataa                                                                                         >  1:3647408‑M1/65‑91 (MQ=255)

   ttttGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTaataat                                                                                        <  2:2970839/91‑1 (MQ=255)

     ttgtttgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTg                                                                                      >  2:1467052/1‑91 (MQ=255)

      tgtttgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCAGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAATTAATAAtttc                                                                                     >  2:3559591/1‑89 (MQ=255)

          tgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCAttt                                                                                 <  1:2964040/91‑1 (MQ=255)

          tgATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCAttt                                                                                 <  1:1827197/91‑1 (MQ=255)

           gATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTa                                                                                >  1:1916018/1‑91 (MQ=255)

            aTTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTAt                                                                               <  2:1908449/91‑1 (MQ=255)

            aTTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTAt                                                                               <  1:2399100/91‑1 (MQ=255)

             ttttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATc                                                                              >  1:3262827/1‑91 (MQ=255)

             ttttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATc                                                                              <  1:1851950/91‑1 (MQ=255)

             ttttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATc                                                                              >  1:2616891/1‑91 (MQ=255)

             ttgtgagtacaaattagattggatcaataagacaaatttgataaatgcaattattaactaaatttgcatctagttaaTAATTGCATTTATc                                                                              <  1:3026964‑M2/14‑1 (MQ=255)

              tttAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCa                                                                             <  1:2368845/91‑1 (MQ=255)

                tAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaaa                                                                           >  2:1726243/1‑91 (MQ=255)

                tAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCaaa                                                                           <  1:789214/91‑1 (MQ=255)

                 aaTGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAAt                                                                          >  1:3318871/1‑91 (MQ=255)

                 aaTGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAAt                                                                          >  1:3556491/1‑91 (MQ=255)

                    gATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTg                                                                       <  2:722230/91‑1 (MQ=255)

                     attattTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGt                                                                      >  1:2342647/1‑91 (MQ=255)

                      ttatttatACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTc                                                                     <  2:2555961/91‑1 (MQ=255)

                       tatttatACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCt                                                                    >  1:1269600/1‑91 (MQ=255)

                             taCAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGa                                                              >  1:706805/1‑91 (MQ=255)

                              aCAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGAt                                                             >  1:3696486/1‑91 (MQ=255)

                               cAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATc                                                            >  1:407409/1‑91 (MQ=255)

                               cAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATc                                                            <  2:143047/91‑1 (MQ=255)

                                aaaaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATcc                                                           <  2:588689/91‑1 (MQ=255)

                                 aaaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCa                                                          >  1:505664/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCa                                                          >  2:1488055/1‑91 (MQ=255)

                                 aaaaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCa                                                          >  1:1093428/1‑91 (MQ=255)

                                   aaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAAt                                                        >  1:1210660/1‑91 (MQ=255)

                                   aaCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAAt                                                        >  2:2726480/1‑91 (MQ=255)

                                    aCAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATc                                                       <  1:2640745/91‑1 (MQ=255)

                                     cAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCt                                                      <  2:511664/91‑1 (MQ=255)

                                      aGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTa                                                     >  1:2818015/1‑91 (MQ=255)

                                      aGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTa                                                     >  2:3829380/1‑91 (MQ=255)

                                       gCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTaa                                                    <  1:1689154/91‑1 (MQ=255)

                                       gCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTaa                                                    <  2:1093428/91‑1 (MQ=255)

                                         cGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAAtt                                                  >  2:851739/1‑91 (MQ=255)

                                         cGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAAtt                                                  >  1:2020052/1‑91 (MQ=255)

                                          gTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAAttt                                                 >  1:310947/1‑91 (MQ=255)

                                              ttCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTAc                                             <  1:3771280/91‑1 (MQ=255)

                                                cAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTc                                           >  2:689992/1‑91 (MQ=255)

                                                 tttgataaatgcaattaTTAACTAGATGCAAATTTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTca                                          <  1:2296717‑M1/74‑1 (MQ=255)

                                                 aaGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTca                                          <  2:2338389/91‑1 (MQ=255)

                                                 aaGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTca                                          >  1:914768/1‑91 (MQ=255)

                                                  aGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcac                                         <  2:701196/91‑1 (MQ=255)

                                                   gCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcaca                                        >  1:1337036/1‑91 (MQ=255)

                                                   gCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTcaca                                        <  1:2716256/91‑1 (MQ=255)

                                                    ccGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACaa                                       >  1:178885/1‑91 (MQ=255)

                                                       aCATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACt                                    >  1:1099183/1‑91 (MQ=255)

                                                       aCATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACt                                    >  1:1886700/1‑91 (MQ=255)

                                                       aCATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACt                                    >  1:3476872/1‑91 (MQ=255)

                                                        cATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTa                                   >  2:2413979/1‑91 (MQ=255)

                                                         aTTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAg                                  <  2:1336882/91‑1 (MQ=255)

                                                          ttttAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGt                                 >  1:433424/1‑91 (MQ=255)

                                                          ttttAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGt                                 >  2:2380538/1‑91 (MQ=255)

                                                           tttAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATTAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGtt                                <  2:3487777/91‑1 (MQ=255)

                                                           gcaattaTTAACTAGATGCAAATTTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGtt                                <  1:3790459‑M1/84‑1 (MQ=255)

                                                             tAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTa                              <  2:2818015/91‑1 (MQ=255)

                                                             aattattaactagatgcaaatttagttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTa                              >  2:2042772‑M2/30‑91 (MQ=255)

                                                              attattaactagatgcaaatttagttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa                             >  1:2210432‑M2/29‑91 (MQ=255)

                                                              aaaTTTAACTATATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCACATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa                             <  1:1614238/91‑1 (MQ=255)

                                                              aaaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa                             >  1:214495/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa                             >  2:3203284/1‑91 (MQ=255)

                                                              aaaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGACCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaa                             >  1:3323405/1‑91 (MQ=255)

                                                               aaTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaaa                            <  2:1916018/91‑1 (MQ=255)

                                                                aTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaaaa                           >  2:1825313/1‑91 (MQ=255)

                                                                aTTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTaaaa                           >  2:1824899/1‑91 (MQ=255)

                                                                 tttAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAAt                          <  1:2435162/91‑1 (MQ=255)

                                                                  TTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAAtt                         <  1:306312‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                   taccTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTc                        <  2:175589/88‑1 (MQ=255)

                                                                   TAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTc                        >  1:404707‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                   TAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTc                        >  1:107509‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                    AACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCt                       <  1:3157167‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                     gtTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTAACAAACTAGTTTAAAATTctg                      <  2:3852666‑M1/89‑2 (MQ=255)

                                                                     actagatgcaaatttagttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTa                      >  1:2531110‑M2/22‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTTTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    >  2:3404165‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    >  2:223109‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    >  1:3588820‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    >  2:2037878‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    >  1:2288105‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                                                       TAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAAc                    <  1:655137‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                                                         aaTTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACtt                  <  2:2729974/91‑1 (MQ=255)

                                                                         aaTTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACtt                  >  2:1238622/1‑91 (MQ=255)

                                                                          aTTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACttt                 >  2:2521794/1‑91 (MQ=255)

                                                                             tGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTAtc              >  1:3535524/1‑91 (MQ=255)

                                                                              gCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTAtct             <  2:2486755/91‑1 (MQ=255)

                                                                              gCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTAtct             >  1:3618961/1‑91 (MQ=255)

                                                                               cATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTAtctc            <  1:1423177/91‑1 (MQ=255)

                                                                               cATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTAtctc            >  2:2177163/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCa         <  1:219186/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  cTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCa         >  2:2802519/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCa         <  1:3222644/91‑1 (MQ=255)

                                                                                   tagttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAg        <  1:2561114‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                   tagataaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAg        <  2:3234000‑M2/84‑1 (MQ=255)

                                                                                    agttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAGt       <  1:2882377‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                      ttaaTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAGTTc     <  2:1607721‑M2/87‑1 (MQ=255)

                                                                                         aTAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAGTTCGtt  >  2:2662546‑M2/2‑91 (MQ=255)

GGTTTTTGTTTGATTTTAATGATTATTTATACAAAAACAGCCGTATTTCAAGCCGACATTTTAAATTTAACTAAATTTGCATCTAGTTAATAATTGCATTTATCAAATTTGTCTTATTGATCCAATCTAATTTGTACTCACAAACTAGTTTAAAATTCTAACTTTATCTCTCAGTTCGTT  >  USA300TCH1516_ALE/2632580‑2632759

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.