New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2693372 | 153 (0.800) | 22 (0.130) | 13/144 | NT | 15.1% | intergenic (+43/+313) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2693412 | 110 (0.640) | intergenic (+83/+273) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
ATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACAC > USA300TCH1516_ALE/2693283‑2693462 | atatTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAc < 1:2500723/91‑1 (MQ=255) atttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACg > 1:3407362‑M1/85‑91 (MQ=255) tttagatagcggctttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGa < 1:2969115‑M1/8‑1 (MQ=255) tttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGa > 1:3459137‑M1/84‑91 (MQ=255) atTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGa < 1:2445340/91‑1 (MQ=255) ttGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGAt > 2:2272380/1‑91 (MQ=255) ttGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAAATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGAt > 1:3078999/1‑91 (MQ=255) tagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttcatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATa < 1:3782053‑M1/10‑1 (MQ=255) gATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAg < 2:3723395/91‑1 (MQ=255) agatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAg < 1:1593519‑M1/11‑1 (MQ=255) agatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAg < 2:545350‑M1/11‑1 (MQ=255) agatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAg < 1:1334038‑M1/11‑1 (MQ=255) aTAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAgt > 2:1341727/1‑91 (MQ=255) tAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAgtg < 1:1177240/91‑1 (MQ=255) aaCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAgtgt < 1:1771872/91‑1 (MQ=255) aCATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTa > 1:789985/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTaca > 2:1719172/1‑91 (MQ=255) ttttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACGTTCATAATAAAAACGATAGTGTacac < 2:2219994/91‑1 (MQ=255) ttttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTacac > 2:589699/1‑91 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGt > 1:3863068/1‑91 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGt > 2:1836802/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGtt > 1:1405462/1‑91 (MQ=255) 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tAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTc > 1:580437/1‑91 (MQ=255) aTCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATCAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgt > 1:3271043/1‑91 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg < 2:63086/91‑1 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg > 2:3705056/1‑91 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgt < 1:1310870‑M1/91‑30 (MQ=255) aaTATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgt < 2:2096429‑M1/91‑32 (MQ=255) tagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtact > 1:3164928‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 2:1926161/1‑91 (MQ=255) gtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGtactac > 1:3328254‑M1/53‑91 (MQ=255) tAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTactact < 1:863964/91‑1 (MQ=255) aaGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTTATAAT‑AAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacacta < 2:574549‑M1/91‑38 (MQ=255) aGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTAt > 1:2728816/1‑91 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatc < 1:1060641‑M1/91‑40 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCg < 1:3429817/91‑1 (MQ=255) aTTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcg < 2:3102352‑M1/91‑41 (MQ=255) ttAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGt < 2:1563950/91‑1 (MQ=255) 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agtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgttttta < 2:3010442‑M1/91‑47 (MQ=255) agtagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgttttta < 2:1281906‑M1/91‑47 (MQ=255) tagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttatt < 1:524750‑M1/91‑49 (MQ=255) tagATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttatt > 1:1823633‑M2/1‑83 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt > 1:2025076/1‑91 (MQ=255) agATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattt < 2:816201/91‑1 (MQ=255) cagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATa > 1:2628496‑M1/36‑45 (MQ=255) tGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttattatga < 1:53792‑M1/91‑53 (MQ=255) 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aaaaaacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactattgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctacta < 1:2957742‑M1/91‑87 (MQ=255) aaaaaacgatagtagtacacgaattcattaacgtgtacactatcgtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctacta < 2:2366474‑M1/91‑87 (MQ=255) aaaaaCGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTtttttattatgaatgttggtaacgctcatgagtttctcatctacta < 1:2080193‑M2/91‑47 (MQ=255) AAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaa > 2:2753176‑M1/1‑91 (MQ=255) aCGGTAGTGTACACGTTAATGGATTCGTGTACTACTAGCGTTTTTGATTTTTATCGTGGTTATCGCTATTAAAACGACTGATgcacaacac < 2:2498380/91‑1 (MQ=255) ACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATacacaacac > 1:1025540‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACAACAC > USA300TCH1516_ALE/2693283‑2693462 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |