| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2792627 | 131 (0.690) | 23 (0.150) | 13/132 | NT | 16.1% | intergenic (+78/+34) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2792641 | 132 (0.840) | intergenic (+92/+20) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB | |||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATC > USA300TCH1516_ALE/2792538‑2792717 | aTCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAg > 2:395104/1‑91 (MQ=255) tCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAgg < 1:2580102/91‑1 (MQ=255) tCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAgg < 1:3141085/91‑1 (MQ=255) ccTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggt > 2:151716‑M1/1‑87 (MQ=255) tGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGc < 2:651000/91‑1 (MQ=255) tGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGc < 1:953568/91‑1 (MQ=255) ggATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCt > 1:2392080/1‑91 (MQ=255) ataataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatag < 2:1702328‑M1/91‑10 (MQ=255) ataataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCtat > 1:707748/1‑91 (MQ=255) aataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATaa > 2:2548632/1‑91 (MQ=255) ataGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAAc > 1:435128/1‑91 (MQ=255) taGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAAcc > 2:849525/1‑91 (MQ=255) taGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAAcc < 2:526783/91‑1 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctcct < 2:2843142‑M1/91‑15 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctcct < 2:3333321‑M1/91‑15 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAAccc < 2:927553/91‑1 (MQ=255) aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAAccc > 2:379987/1‑91 (MQ=255) cAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctcctta < 1:1028923‑M1/91‑17 (MQ=255) aaTGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaa < 2:687079‑M1/91‑18 (MQ=255) aTGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATTAAATCCACACATTAgggttatagctcc < 1:2501517‑M1/91‑14 (MQ=255) ggtaaCAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCGCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt > 2:1041889‑M2/3‑85 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3202831‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:2148417‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:2148297‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 1:1329808‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACACAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3501594‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACAAAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3501722‑M2/91‑7 (MQ=255) tAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgt < 1:3122986‑M2/91‑9 (MQ=255) aacaacCGTCCTATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtg < 1:2431145‑M1/91‑24 (MQ=255) aacaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtg < 1:1561628‑M1/91‑24 (MQ=255) aacaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtg < 1:1012034‑M1/91‑24 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtgg < 2:1593006‑M1/91‑25 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtgg < 1:151716‑M1/91‑25 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 1:1153773‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg > 1:573939‑M2/1‑81 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 2:544980‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 2:2884852‑M2/91‑11 (MQ=255) caacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAGAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgga > 1:1373056‑M2/1‑80 (MQ=255) caacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgga < 2:2425352‑M2/91‑12 (MQ=255) cGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTa < 1:1763256/91‑1 (MQ=255) gTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTaa > 1:597542/1‑91 (MQ=255) cccATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtt > 1:2024081/1‑91 (MQ=255) cccATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtt > 2:2967422/1‑91 (MQ=255) cATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtttt > 2:1143104/1‑91 (MQ=255) aGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCt > 1:309449/1‑91 (MQ=255) aGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCt > 1:3881057/1‑91 (MQ=255) aGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCt > 1:1112537/1‑91 (MQ=255) gACAGAAATTGCTATCTCGTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttaga < 2:240580‑M1/91‑42 (MQ=255) cAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTa > 1:2289408/1‑91 (MQ=255) aGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTaa > 1:292573/1‑91 (MQ=255) aaaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACg < 1:555188/91‑1 (MQ=255) aaaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACg < 1:1709509/91‑1 (MQ=255) aaaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACg < 1:1081044/91‑1 (MQ=255) aTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATGCACACATTAAGGAGCTATAACCCTATTGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGtt < 1:3446693/91‑1 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aaaaCATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGGGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAg < 2:476250/91‑1 (MQ=255) aaaCATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGa < 1:849047/91‑1 (MQ=255) aaCATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt < 1:2195051/91‑1 (MQ=255) aaCATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt < 2:597278/91‑1 (MQ=255) aaCATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGAt > 2:1360932/1‑91 (MQ=255) aTAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAcg > 2:715945/1‑91 (MQ=255) aTAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGCGTGGATTTAATTTGTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCACATAcg > 1:3603764/1‑91 (MQ=255) aa‑‑‑‑‑aaaTCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATAcgcg > 2:3023544/1‑91 (MQ=255) 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aaTCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggt < 1:3328094‑M1/91‑79 (MQ=255) aaTCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggt > 1:2534592‑M1/1‑13 (MQ=255) tCCACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttg < 2:11095‑M1/91‑81 (MQ=255) tCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtca < 2:764844/91‑1 (MQ=255) ccACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgt < 2:2099516‑M1/91‑82 (MQ=255) ccACACATTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgt < 2:2003979‑M1/91‑82 (MQ=255) ccACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcgt < 2:2489095/91‑3 (MQ=255) cacacaTTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgtt > 2:2271822‑M1/1‑9 (MQ=255) cacacaTTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgtt > 1:2858804‑M1/1‑9 (MQ=255) cacacaTTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatc < 2:3038119/91‑1 (MQ=255) acacaTTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgtta < 1:3832‑M2/91‑70 (MQ=255) acacaTTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTtcatca < 2:2281277/91‑1 (MQ=255) acaTTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatc < 2:2148249‑M1/91‑86 (MQ=255) acaTTAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatc < 1:680192‑M1/91‑86 (MQ=255) caTTTAGTAGCTGTAGCCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACATTTCGTTGGTCAACTTTTTCAGCTACGCGCTTCATCAATg < 2:3194501/91‑1 (MQ=255) caTTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatca < 1:2255130‑M2/91‑73 (MQ=255) tAgggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgccttttatgggacggttgttatcattg < 2:944881‑M1/91‑90 (MQ=255) agggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatcattgc > 1:3770951‑M1/1‑1 (MQ=255) agggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatcattgc < 1:912289‑M1/91‑91 (MQ=255) agggttatagctccttaatgtgtggatttttatgtttttagacagaagagatagtaatttctgtcttttatgggacggttgttatcattgc > 1:1557297‑M1/1‑1 (MQ=255) aaGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATc < 1:3183357/91‑1 (MQ=255) aaGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATc > 2:1446145/1‑91 (MQ=255) | CATCCTGGATAATAGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAA‑‑‑‑‑AAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATC > USA300TCH1516_ALE/2792538‑2792717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |