| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2792627 | 131 (0.690) | 23 (0.150) | 13/132 | NT | 16.1% | intergenic (+78/+34) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2792641 | 132 (0.840) | intergenic (+92/+20) | yvyI/yueB | Putative mannose‑6‑phosphate isomerase YvyI/ESX secretion system protein YueB | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGTTACTTTGGTCAACTTTTTCAGATACGCGCTTCATCAATGGATCTGTTACAGGTTTTA > USA300TCH1516_ALE/2792551‑2792731 | aGCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAAccc < 2:927553/91‑1 (MQ=255) gCAATGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCt > 1:3770951‑M2/1‑90 (MQ=255) aaTGATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaa < 1:204563‑M2/91‑4 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3202831‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3028862‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:2148249‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:2148417‑M2/91‑7 (MQ=255) gATAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACAAAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgt < 2:3501722‑M2/91‑7 (MQ=255) tAACAACCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgt < 1:3122986‑M2/91‑9 (MQ=255) aacaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtg > 2:2271822‑M2/1‑82 (MQ=255) aacaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtg > 1:3858202‑M2/1‑82 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 2:2643937‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 2:2884852‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 2:544980‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg < 1:1153773‑M2/91‑11 (MQ=255) acaacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgg > 2:1848787‑M2/1‑81 (MQ=255) caacCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtgga < 2:11095‑M2/91‑12 (MQ=255) acCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtggatt < 1:219176‑M2/91‑14 (MQ=255) acCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtggatt > 1:2534592‑M2/1‑78 (MQ=255) acCGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCtaatgtgtggatt < 1:3330312‑M2/91‑14 (MQ=255) cGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTa < 1:2375902/91‑1 (MQ=255) cGTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTa < 1:1763256/91‑1 (MQ=255) gTCCCATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTaa > 1:597278/1‑91 (MQ=255) cccATAAAAGACTGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtt > 1:2977169/1‑91 (MQ=255) cccATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtt < 1:1730635/91‑1 (MQ=255) ccATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAttt < 2:2472519/91‑1 (MQ=255) cATAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAtttt > 2:1143104/1‑91 (MQ=255) aTAAAAGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAAttttt > 2:1731949/1‑91 (MQ=255) aaaGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTAtt > 1:1561508/1‑91 (MQ=255) aGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCt > 1:309449/1‑91 (MQ=255) aGACAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCt > 1:1112537/1‑91 (MQ=255) aCAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGt < 1:3144658/91‑1 (MQ=255) cAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTa > 1:2289408/1‑91 (MQ=255) cAGAAATTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTa > 1:874049/1‑91 (MQ=255) aaaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACg < 1:1081044/91‑1 (MQ=255) aaaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACg < 1:555188/91‑1 (MQ=255) aaTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATCCACACATTAAGGAGCTATAACCCTAATGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGt < 1:3297472/91‑1 (MQ=255) aTTACTATCTCTTCTGTCTAAAAACATAAAAATGCACACATTAAGGAGCTATAACCCTATTGTGTGGATTTAATTTTTATTCTGTAACGtt < 1:3446693/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |