| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854319 | 190 (1.000) | 25 (0.140) | 14/150 | NT | 11.5% | intergenic (+17/+396) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854338 | 208 (1.170) | intergenic (+36/+377) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCT > USA300TCH1516_ALE/2854229‑2854409 | ttAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAAGTGGTATATTTTAAAATATTAAAATTAGCGCTc < 2:3816273/91‑1 (MQ=255) ggTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGaa > 1:3330863/1‑91 (MQ=255) tttCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGCTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAAtc > 2:2996632/1‑91 (MQ=255) cGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCa < 2:2889783/91‑1 (MQ=255) gTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCAt > 2:1246800/1‑91 (MQ=255) cTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgag < 2:1339593‑M1/91‑14 (MQ=255) tACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGGTGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgaga < 2:3061513‑M1/91‑15 (MQ=255) tACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGa > 1:2372870/1‑91 (MQ=255) aCTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAt < 1:2823026/91‑1 (MQ=255) cTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAtt > 1:544482/1‑91 (MQ=255) cTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAtt > 1:1234847/1‑91 (MQ=255) tttATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgagattc < 1:784186‑M1/91‑18 (MQ=255) tttATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAttt < 1:2964334/91‑1 (MQ=255) tttATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAttt > 2:275866/1‑91 (MQ=255) tttATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGAttt < 1:1260834/91‑1 (MQ=255) ttattaTCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgagattcg < 1:3385347‑M1/91‑19 (MQ=255) ttattaTCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTg < 2:696291/91‑1 (MQ=255) ttattaTCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAA‑AAGCGCccaaatcaatgagattcga < 2:849902‑M1/91‑20 (MQ=255) ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc > 1:3530926‑M2/1‑89 (MQ=255) atCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgagattcgagcgc < 1:3215880‑M1/91‑24 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 1:72551/91‑1 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 2:220580/91‑1 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 1:2687522/91‑1 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt > 1:2737476/1‑91 (MQ=255) tGGATTGGTTTAGGATCACTTTTGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt < 2:1692526/91‑1 (MQ=255) tGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt > 1:1602273/1‑91 (MQ=255) gATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCccaaatcaatgagattcgagcgctaatt < 2:3781009‑M1/91‑29 (MQ=255) gATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttttt > 1:1704920/1‑91 (MQ=255) tGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAAt < 2:1546089/91‑1 (MQ=255) tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg < 1:405024/91‑1 (MQ=255) tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg < 1:1693500/91‑1 (MQ=255) tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg > 1:115120/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 2:3348912/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 1:1822078/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 1:3406684/1‑91 (MQ=255) aGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTAt > 2:3401193/1‑91 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAGAGATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa < 2:1400245/91‑1 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa > 2:1991789/1‑91 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa > 1:2352047/1‑91 (MQ=255) aCTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaaa > 1:2096971/1‑91 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 1:1042066/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCAAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 2:1086477/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:1396162/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:3819294/91‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCa < 1:2231107/91‑1 (MQ=255) tGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCaa > 2:95929/1‑91 (MQ=255) 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ttGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATc > 1:2244984/1‑91 (MQ=255) tGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCa > 1:2344410/1‑91 (MQ=255) ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa < 2:2325023/91‑1 (MQ=255) gTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAg > 2:3480680/1‑91 (MQ=255) tataTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGa < 1:1666091/91‑1 (MQ=255) atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc < 2:1234847/91‑1 (MQ=255) atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc < 2:2143121/91‑1 (MQ=255) atTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATGTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATGTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTc > 1:628138/1‑91 (MQ=255) 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aGCGCccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccaga > 1:3079081‑M1/1‑5 (MQ=255) aGCGCccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccaga < 2:3465506‑M1/91‑87 (MQ=255) gcgcccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagat > 2:3274999‑M1/1‑4 (MQ=255) gcgcccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagat < 1:2325023‑M1/91‑88 (MQ=255) gcgcccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagat > 2:587409‑M1/1‑4 (MQ=255) gcgcTCGAATATCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattacaatcatccaaagtgatcctaaactaatccagat < 2:426368‑M2/91‑69 (MQ=255) cgcTCGAATCTCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagata < 1:598091‑M2/91‑70 (MQ=255) cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc > 1:826447/1‑91 (MQ=255) cgcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATc < 2:923389/91‑1 (MQ=255) gcccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagataa > 1:3530617‑M1/1‑2 (MQ=255) gcTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATcc < 2:48909/91‑1 (MQ=255) cccaaatcaatgagattcgagcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagataat > 1:1099420‑M1/1‑1 (MQ=255) cTCGAATCTCATTGATTTGGgcgctaatttaaatattttaaaatataccaattactttcatccaaagtgatcctaaaccaatccagataaa < 2:1119031‑M2/91‑72 (MQ=255) cTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCt < 1:2823477/91‑1 (MQ=255) | TATTAGGTTTCGTCTACTTTATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCT > USA300TCH1516_ALE/2854229‑2854409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |