| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854319 | 190 (1.000) | 25 (0.140) | 14/150 | NT | 11.5% | intergenic (+17/+396) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2854338 | 208 (1.170) | intergenic (+36/+377) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TATTATCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTAAAATACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTC > USA300TCH1516_ALE/2854248‑2854428 | tattatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTgg < 1:2047259/91‑1 (MQ=255) attatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGg > 1:1099420‑M2/1‑90 (MQ=255) ttatCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgc > 1:3530926‑M2/1‑89 (MQ=255) atCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgc > 2:587409‑M2/1‑87 (MQ=255) atCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgc > 2:3274999‑M2/1‑87 (MQ=255) tCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgct < 2:3465506‑M2/91‑6 (MQ=255) tCTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGgcgct < 2:1561054‑M2/91‑6 (MQ=255) cTGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCtt < 1:417323/91‑1 (MQ=255) tGGATTGGTTTAGGATCACTTTTGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt < 2:1692526/91‑1 (MQ=255) tGGATTGGTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCttt > 1:1602273/1‑91 (MQ=255) gTTTAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAAttt > 2:824218/1‑91 (MQ=255) tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg < 1:2614243/91‑1 (MQ=255) tttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTg < 1:1693530/91‑1 (MQ=255) ttAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGt > 1:3573494/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 2:3348912/1‑91 (MQ=255) tAGGATCACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTa > 1:3406800/1‑91 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAGAGATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa < 2:1400245/91‑1 (MQ=255) cACTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa > 1:2677287/1‑91 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 2:2889221/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 1:1042066/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCAAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAAt < 2:1086477/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:2737126/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:324791/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:3820166/91‑1 (MQ=255) tttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATc < 1:1396162/91‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCa < 1:2232784/91‑1 (MQ=255) tGGATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCaa > 2:95929/1‑91 (MQ=255) ggATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAAc > 2:3387143/1‑91 (MQ=255) ggATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAAc > 1:937880/1‑91 (MQ=255) ggATGAAAGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAAc > 1:1084845/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc > 2:2150848/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGc > 1:706366/1‑91 (MQ=255) aGTAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCt < 2:1539807/91‑1 (MQ=255) gTAATTGGTATGTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTa < 1:3512089/91‑1 (MQ=255) tAATTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTaa < 2:1623059/91‑1 (MQ=255) aaTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTaaa < 1:1476176/91‑1 (MQ=255) aaTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTaaa > 2:1375352/1‑91 (MQ=255) aTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTaaa > 1:3443663/1‑74 (MQ=255) aTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAAt > 2:2527909/1‑91 (MQ=255) aTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAAt > 1:2387441/1‑91 (MQ=255) aTTGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAAt > 1:3130657/1‑91 (MQ=255) ttGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATc > 1:2244984/1‑91 (MQ=255) tGGTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCa > 1:2344410/1‑91 (MQ=255) ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa < 2:2325023/91‑1 (MQ=255) ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa > 2:3865506/1‑91 (MQ=255) ggTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGCGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCaa < 2:2996237/91‑1 (MQ=255) gTATATTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAg < 1:2200404/91‑1 (MQ=255) tataTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGa > 1:2348303/1‑91 (MQ=255) tataTTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGa < 1:1666142/91‑1 (MQ=255) atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc < 2:2143121/91‑1 (MQ=255) atatTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGAc < 1:2080504/91‑1 (MQ=255) atTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATGTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATGTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTc > 1:628138/1‑91 (MQ=255) atTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTc < 1:3215975/91‑1 (MQ=255) atTTTAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTc < 2:2592950/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCt < 1:993686/91‑1 (MQ=255) aaaTATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCtttt < 2:1670754/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCttttt < 2:1995666/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCttttt < 2:89608/91‑1 (MQ=255) aaTATTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCttttt < 1:1199572/91‑1 (MQ=255) tatTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaa > 1:2504516/1‑91 (MQ=255) tatTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaa < 1:1246800/91‑1 (MQ=255) atTTAAATTAGCGCTCGAATCTCATTGATTTGGGCGCTTTTTAATTTGTATTTAAAATCAACCTTTGCTAAATCAAGACTCCCTTTTTaaa > 2:512166/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |