| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 393589 = | 139 (0.730) | 21 (0.120) | 12/142 | NT | 14.0% | intergenic (+12/+48) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 393631 = | 135 (0.800) | intergenic (+54/+6) | USA300HOU_RS01800/USA300HOU_RS01805 | NAD(P)H‑dependent FAD/FMN reductase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
AGTGTTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATAAAGGCAAGTGATGACAAGCATATTGAGGTAATAATGATTGTCATAAGCGGTTTAAG > USA300TCH1516_ALE/393541‑393720 | catcacttgcctttatcgtcgttcattggctatatagttaatatgaaAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCtttt > 2:1054226‑M1/48‑91 (MQ=255) taactGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTc < 2:2272114/87‑1 (MQ=255) gtTTGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCa > 2:1824264/1‑91 (MQ=255) tttGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCat > 1:2924735/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCata > 2:325788/1‑91 (MQ=255) ttGAAGAAGAAAACAACCAATACGACTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCata < 2:741635/91‑1 (MQ=255) 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aCTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacgac > 2:1402730/1‑91 (MQ=255) aCTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAacgac < 1:434342/91‑1 (MQ=255) cTTTTAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAACTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGACAATGAacgacg > 2:2562501/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAAtgacga > 2:3588443/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAAcgacga > 2:3158155/1‑91 (MQ=255) tttAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGAt < 1:3647909/91‑1 (MQ=255) tAAAGTATAAAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATaa > 1:1486527/1‑91 (MQ=255) aaaGTATATAAATAAGACGCTCGGCACACTAAATTTGTAAGTGTTTGAGCGTCTTTTCATATTAACTATATAGCCAATGAACGACGATaaa < 2:3374275/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |