New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 633311 = | 143 (0.750) | 16 (0.100) | 12/134 | NT | 10.8% | intergenic (+35/‑509) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
? | USA300TCH1516_ALE | 633354 = | 146 (0.920) | intergenic (+78/‑466) | proP/yhfT | Proline/betaine transporter/putative acyl‑‑CoA ligase YhfT |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
ACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGG > USA300TCH1516_ALE/633264‑633444 | gTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCttttt > 2:2716314/1‑91 (MQ=255) aGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTaaa > 1:1159106/1‑91 (MQ=255) gAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAt < 2:14618/91‑1 (MQ=255) gAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAt > 1:1821673/1‑91 (MQ=255) aaTTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAAtt < 2:1887657/91‑1 (MQ=255) aTTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTg > 2:375766/1‑91 (MQ=255) tAGAGACCTTACTAAAAAGTACAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTACTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTCTTTAAATagag > 2:2582441/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTg < 1:3467303/91‑1 (MQ=255) ttttAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGt < 2:285768/91‑1 (MQ=255) taataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAt < 1:3807078/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAtt < 2:80553/91‑1 (MQ=255) aataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAAtt > 1:2178255/1‑91 (MQ=255) ataaAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTa > 2:3681685/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 1:442137/91‑1 (MQ=255) aaaaaGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGc < 1:1553467/91‑1 (MQ=255) aGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGta > 1:2875376/1‑91 (MQ=255) gTATAAATCAATGGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:2967003/1‑91 (MQ=255) gTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:208153/1‑91 (MQ=255) gTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa > 1:2531307/1‑91 (MQ=255) tataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaat < 2:3505592/91‑1 (MQ=255) tataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaa < 2:1918835/90‑1 (MQ=255) ataAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaata > 1:866571/1‑91 (MQ=255) taAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGtaataa < 1:3385351/91‑1 (MQ=255) aatcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAg < 2:334580/91‑1 (MQ=255) aatcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAg < 2:615719/91‑1 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGt < 2:2193526/91‑1 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGt > 1:2200582/1‑91 (MQ=255) atcaatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGt > 2:3067025/1‑91 (MQ=255) aatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGtttt < 2:1329101/91‑1 (MQ=255) aatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGtttt < 2:1958697/91‑1 (MQ=255) aatcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGtttt < 2:169853/91‑1 (MQ=255) atcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttttt > 2:927547/1‑91 (MQ=255) atcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGttttt > 1:2223239/1‑91 (MQ=255) tcGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTg < 2:1609442/91‑1 (MQ=255) atataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtata < 1:3044466/91‑1 (MQ=255) atataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtata > 1:3535009/1‑91 (MQ=255) tataAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGtatat > 2:19517/1‑91 (MQ=255) taAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATAc > 1:2452502/1‑91 (MQ=255) aagcactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACa > 1:2964373‑M2/44‑91 (MQ=255) AAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACa < 1:2095249‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACAt < 1:2734374‑M1/91‑1 (MQ=255) gcactttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATa > 1:186195‑M2/42‑91 (MQ=255) ACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATaaa > 1:3237771‑M1/1‑91 (MQ=255) CTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAc > 1:1059982‑M1/1‑91 (MQ=255) TTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAcc < 2:369845‑M1/91‑1 (MQ=255) ttaaagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAccc > 1:505905‑M2/37‑91 (MQ=255) AAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAccccc < 2:2165489‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAccccc > 1:1483934‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAccccc < 1:3755608‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAAccccc < 2:1307448‑M1/91‑1 (MQ=255) aagttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCa > 2:2671530‑M2/34‑91 (MQ=255) AAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCa > 2:314283‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCa < 2:518093‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCAc < 2:3875818‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCAc > 2:2953891‑M1/1‑91 (MQ=255) gttagcagaacctactagctttaaagtgcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACt > 2:1126097‑M2/32‑91 (MQ=255) GCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACt < 1:1276991‑M1/91‑1 (MQ=255) tagtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGc < 1:2141855/91‑1 (MQ=255) tagtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGc < 1:2646541/91‑1 (MQ=255) agtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTg < 2:2355417/37‑1 (MQ=255) agtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCa > 1:2367113/1‑91 (MQ=255) gtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCaa < 1:1307448/91‑1 (MQ=255) gtagGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCaa < 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gTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGAt < 2:1266713/91‑1 (MQ=255) ttCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGAtt > 2:277210/1‑91 (MQ=255) ttCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGAtt < 1:3681685/91‑1 (MQ=255) cTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTAt < 2:3027284/91‑1 (MQ=255) cTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTAt < 1:1928225/91‑1 (MQ=255) tGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATc > 1:2320846/1‑91 (MQ=255) tGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATc < 1:3092118/91‑1 (MQ=255) gCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCg > 2:204978/1‑91 (MQ=255) 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> 2:55040‑M2/5‑91 (MQ=255) gcttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAaga < 2:1159106‑M2/87‑1 (MQ=255) cttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCTATGATTATCGCAATGGGGGAAagag > 2:2442768‑M2/4‑91 (MQ=255) ttTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAgg > 1:1035982‑M2/3‑91 (MQ=255) tTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAggg < 1:386839‑M2/90‑1 (MQ=255) | ACGTAAGAATTAGAGATTTTAATAAAAAGTATAAATCAATCGTATATAAGCACTTTAAAGCTAGTAGGTTCTGCTAACTTTAAAGTGCTTTTTAAATTGAGAACTGTAATTAGCCGTAATAAAGTTTTTGTATATACATAAACCCCCACTGCAATGATTATCGCAATGGGGGAAAGAGGGG > USA300TCH1516_ALE/633264‑633444 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |