| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 712543 | 147 (0.770) | 23 (0.130) | 12/148 | NT | 13.7% | intergenic (+22/‑77) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 712566 | 153 (0.870) | intergenic (+45/‑54) | tagG/tarB | Teichoic acid translocation permease protein TagG/Teichoic acid glycerol‑phosphate primase | |||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
TACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTGGTA > USA300TCH1516_ALE/712477‑712655 | tACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTg < 1:2144630‑M2/91‑2 (MQ=255) tACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggt < 2:1123261‑M2/91‑6 (MQ=255) cacaTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTc < 2:3581738/91‑1 (MQ=255) cacaTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTc < 1:1843335/91‑1 (MQ=255) acaTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCa > 1:2761571/1‑91 (MQ=255) acaTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCa < 2:3239072/91‑1 (MQ=255) caTGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAt < 2:2701368/91‑1 (MQ=255) aaTATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTg > 1:205732/1‑91 (MQ=255) atatAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGt > 2:600317/1‑91 (MQ=255) atatAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGt > 1:2122862/1‑91 (MQ=255) ataGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGttt < 1:1814362/91‑1 (MQ=255) agagATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtat < 2:2737488/91‑1 (MQ=255) gagcTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTtata < 1:3126552/91‑1 (MQ=255) agaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATaa > 2:1112417/1‑91 (MQ=255) gaTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCAt > 1:2691147/1‑78 (MQ=255) aTCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAtt < 1:1522041/91‑1 (MQ=255) tCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAAttt < 1:3035497/91‑1 (MQ=255) aaTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTaa < 2:778902/91‑1 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg < 2:2071936/91‑1 (MQ=255) aTTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAg > 1:3475968/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACTTCTTGTAATGTATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTa > 1:3164391/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACTTCTTGTAATGTATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTa > 1:1412646/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTa > 2:2471802/1‑91 (MQ=255) aCTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAAc < 1:2203298/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAAc < 1:2215770/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAAc < 1:2377457/91‑1 (MQ=255) aCTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAAc < 1:2377780/91‑1 (MQ=255) cttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACa < 2:2144383/91‑1 (MQ=255) ttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACat < 2:1912249/91‑1 (MQ=255) ttcttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACat < 2:1042962/91‑1 (MQ=255) tcttGTAATATATTTATATGACTAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACata < 2:3133311/91‑1 (MQ=255) cttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACatat < 1:2330983/91‑1 (MQ=255) ttGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATAtt < 2:2868262/91‑1 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa < 1:565230/91‑1 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa > 2:1665238/1‑91 (MQ=255) gTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTaa > 2:153922/1‑91 (MQ=255) tAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAg < 2:303953/91‑1 (MQ=255) aaTATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGt > 2:1261913/1‑91 (MQ=255) tatatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTg < 1:1371272/91‑1 (MQ=255) atatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTgg > 2:2678355/1‑91 (MQ=255) tatTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgt > 2:1787826/1‑91 (MQ=255) tttATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctcta < 1:837011‑M2/91‑51 (MQ=255) tttATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgtgt > 1:2594680/1‑91 (MQ=255) tttATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGgtgt > 1:1900675/1‑91 (MQ=255) tatGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGtatta < 2:1725491/91‑1 (MQ=255) tGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATg < 2:3157270/91‑1 (MQ=255) tGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATg < 1:3651663/91‑1 (MQ=255) tGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATg > 1:1318741/1‑91 (MQ=255) gACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAATGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTGGGTGTATTATGa < 1:2983026/91‑1 (MQ=255) aCGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGaa < 1:3376990/91‑1 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc < 2:2353721/91‑1 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc > 1:2639211/1‑91 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc < 1:1120829/91‑1 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc < 2:3488111/91‑1 (MQ=255) cGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAAc < 1:1029807/91‑1 (MQ=255) gAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACg > 2:2440099/1‑91 (MQ=255) aaaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGt < 2:1875898/91‑1 (MQ=255) aaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgt < 1:912707‑M2/91‑63 (MQ=255) aaCCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGtt > 1:3576562/1‑91 (MQ=255) cccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaag < 1:2038978‑M2/91‑66 (MQ=255) cccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTta < 2:216892/91‑1 (MQ=255) ccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagt < 1:1454721‑M2/91‑67 (MQ=255) ccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagt < 2:2172022‑M2/91‑67 (MQ=255) ccGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaa > 1:1591820/1‑91 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta < 1:2215546‑M2/91‑68 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagta < 1:3332034‑M2/91‑68 (MQ=255) cGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaat < 2:3207626/91‑1 (MQ=255) gCTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagtac < 1:3798852‑M2/91‑69 (MQ=255) gCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaata > 2:785321/1‑91 (MQ=255) cTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagtacg < 2:1010928‑M2/91‑70 (MQ=255) cTAACCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagtacg < 2:424260‑M2/91‑70 (MQ=255) cTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaataa > 1:3502702/1‑91 (MQ=255) cTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTtaataa > 1:2172492/1‑91 (MQ=255) tAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATaaa < 1:1278462/91‑1 (MQ=255) aaCCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAg < 1:975652/91‑1 (MQ=255) aaCCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAg < 2:220506/91‑1 (MQ=255) tccATTTATTAATGGTAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGa > 1:3761428/2‑91 (MQ=255) aCCATTAATAAATGGAAGTggggtttcgtcatataaatatattacaagaagtctgcaaattgatctctatatttcatgtgtaagtacgcac < 2:75564‑M2/91‑73 (MQ=255) aCCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGa > 2:1956554/1‑91 (MQ=255) aCCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGa < 1:3289842/91‑1 (MQ=255) ccATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGaa > 2:1518168/1‑91 (MQ=255) cATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGaaa > 2:1497802/1‑91 (MQ=255) aTTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAt < 2:23749/91‑1 (MQ=255) aTTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAt < 1:745665/91‑1 (MQ=255) aTTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAt < 1:2522418/91‑1 (MQ=255) taataaATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAttt < 2:1227958/91‑1 (MQ=255) aataaATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAtttt < 2:1336263/91‑1 (MQ=255) aataaATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAtttt < 2:684106/91‑1 (MQ=255) aataaATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAAtttt < 1:2051554/91‑1 (MQ=255) aaaTGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATc < 1:1149554/91‑1 (MQ=255) aTGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCAt > 2:356361/1‑91 (MQ=255) tGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCAtt < 1:1112417/91‑1 (MQ=255) gAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTg < 2:893441/91‑1 (MQ=255) gAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTg > 1:2460775/1‑91 (MQ=255) aaGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTgg < 2:3748109/91‑1 (MQ=255) aaGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTgg < 1:463250/91‑1 (MQ=255) aaGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTgg > 1:2712186/1‑91 (MQ=255) aaGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTgg < 1:1776090/91‑1 (MQ=255) aGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTGGt > 1:634529/1‑91 (MQ=255) gTGGGGTTCATTTTTATTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGCACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTGGTa > 1:3306960/1‑91 (MQ=255) | TACTTACACATGAAATATAGAGATCAATTTGCAGACTTCTTGTAATATATTTATATGACGAAACCCCGCTAACCATTAATAAATGGAAGTGGGGTTCATTTTTGTTTATAATTTAAGTAAATAACATATTAAGTTGGTGTATTATGAACGTTTTAATAAAGAAATTTTATCATTTGGTA > USA300TCH1516_ALE/712477‑712655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |