| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1005781 = | 204 (1.070) | 29 (0.180) | 13/138 | NT | 15.4% | intergenic (+417/+43) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1005817 = | 142 (0.870) | intergenic (+453/+7) | pepF1_1/USA300HOU_RS04965 | Oligoendopeptidase F, plasmid/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGATATTTAAGTTTTTCAATTTTTTGTTGAATGGC > USA300TCH1516_ALE/1005727‑1005907 | gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa > 2:1224051/1‑91 (MQ=255)gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa > 1:2075010/1‑91 (MQ=255)gATGTGTAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTa < 1:2402193/91‑1 (MQ=255) gtgtAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatt < 1:659605/91‑1 (MQ=255) tAACATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttat > 2:3098453/1‑91 (MQ=255) tgtctggagatctaaaatgcctaaaatcaaatcaaaataaatagattAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatt > 2:1595244‑M1/48‑91 (MQ=255) aCATTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttattt < 2:1737113/91‑1 (MQ=255) aTTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttat > 1:157939/1‑91 (MQ=255) aTTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttat < 2:718926/91‑1 (MQ=255) aTTACGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAatttatttat > 1:2906127/1‑91 (MQ=255) aCGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTAtttt < 1:591902/91‑1 (MQ=255) cGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 1:1026382/1‑91 (MQ=255) cGTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttg > 2:1327013/1‑91 (MQ=255) gTTCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttga > 1:3544863/1‑91 (MQ=255) ttCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgat < 2:1627673/91‑1 (MQ=255) tCTAATAATTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatt < 2:1192018/91‑1 (MQ=255) aataatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATtttgatttga > 2:477750/1‑91 (MQ=255) aatTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTgatttgattt < 2:3458556/91‑1 (MQ=255) atTTAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGAtttt > 2:1963740/1‑91 (MQ=255) ttAATGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAg < 1:432799/91‑1 (MQ=255) aTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCa > 2:3002436/1‑91 (MQ=255) aTGTTGCAAAATTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCa > 2:264874/1‑91 (MQ=255) 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ccAAAGTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACTTTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTGGATTTGATTTTAGGCATTTTa < 2:596065/90‑1 (MQ=255) aaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAtt > 1:396126/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACAGTTATGGTGTACGTGGTCTTTACTTTTTTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAtt < 1:3098453/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGAttt < 1:2752611/91‑1 (MQ=255) ttAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTc > 1:237729/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTc > 2:2760289/1‑91 (MQ=255) ttAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTc > 2:2273345/1‑91 (MQ=255) tAAGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTcc > 1:3282668/1‑91 (MQ=255) aaGAGTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCa < 1:173884/91‑1 (MQ=255) agagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAg > 2:320221/1‑91 (MQ=255) agagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAg > 1:2128260/1‑91 (MQ=255) agagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAg > 1:1452335/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa < 2:1812672/91‑1 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 2:2935792/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 2:2466093/1‑91 (MQ=255) gagTCAGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGa > 2:765592/1‑91 (MQ=255) aataaattaaagacctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGaaa > 1:711437‑M2/45‑91 (MQ=255) aGTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCg > 1:3808337/1‑91 (MQ=255) gTAAAAAGGCCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAAgcgc < 2:601709/91‑1 (MQ=255) gTAAAAAGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGc > 1:277002/1‑91 (MQ=255) aaaaaGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCa > 2:2738867/1‑91 (MQ=255) aaaaGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCAt > 1:2951889/1‑91 (MQ=255) aaaaGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCAt > 2:2189846/1‑91 (MQ=255) aaaaGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCAt < 2:1805684/91‑1 (MQ=255) aaaaGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCAt > 2:2191606/1‑91 (MQ=255) AGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTg < 2:1162188‑M1/91‑1 (MQ=255) AGACCTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTg > 2:124598‑M1/1‑91 (MQ=255) ctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 1:933575‑M2/31‑91 (MQ=255) ctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 1:212088‑M2/31‑91 (MQ=255) ctcgtacaccataaatgtaacgaggtctttAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 1:1869279‑M2/31‑91 (MQ=255) CTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata < 1:2407000‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCGTTACATTTATGGTGTACGAGGTCTTTAATTTATTTATTTTGATTTGATTTTAGGCATTTTAGATTTCCAGAAATCGCCATCTGGata > 2:72900‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |